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Workflow-Definitionsdateien in HealthOmics
Sie verwenden eine Workflow-Definition, um Informationen über den Workflow, die Läufe und die Aufgaben in den Läufen anzugeben. Sie erstellen Workflow-Definitionen in einer oder mehreren Dateien mithilfe einer Workflow-Definitionssprache. HealthOmics unterstützt in WDL, Nextflow oder CWL geschriebene Workflow-Definitionen.
HealthOmics unterstützt die folgenden Optionen für WDL-Workflow-Definitionen:
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WDL — Stellt eine spezifikationskonforme WDL-Engine bereit.
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WDL lenient — Konzipiert für Workflows, die von Cromwell migriert wurden. Es unterstützt Kundenrichtlinien von Cromwell und einige nichtkonforme Logiken. Details hierzu finden Sie unter Implizite Typkonvertierung in WDL Lenient.
Informationen zu den einzelnen Workflow-Sprachen finden Sie in den sprachspezifischen Abschnitten weiter unten.
In der Workflow-Definition geben Sie die folgenden Arten von Informationen an:
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Language version— Die Sprache und Version der Workflow-Definition.
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Compute and memory— Die Rechen- und Speicheranforderungen für Aufgaben im Workflow.
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Inputs— Speicherort der Eingaben für die Workflow-Aufgaben. Weitere Informationen finden Sie unter HealthOmics Eingaben ausführen.
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Outputs— Speicherort für die von den Aufgaben generierten Ausgaben.
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Task resources— Rechen- und Speicheranforderungen für jede Aufgabe.
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Accelerators— andere Ressourcen, die für die Aufgaben erforderlich sind, z. B. Beschleuniger.
Themen
