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Versionsunterstützung für HealthOmics Workflow-Definitionssprachen - AWS HealthOmics
Unterstützung der WDL-VersionUnterstützung der CWL-VersionUnterstützung der Nextflow-Version

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Versionsunterstützung für HealthOmics Workflow-Definitionssprachen

HealthOmics unterstützt Workflow-Definitionsdateien, die in Nextflow, WDL oder CWL geschrieben wurden. Die folgenden Abschnitte enthalten Informationen zur HealthOmics Versionsunterstützung für diese Sprachen.

Unterstützung der WDL-Version

HealthOmics unterstützt die Versionen 1.0, 1.1 und die Entwicklungsversion der WDL-Spezifikation.

Jedes WDL-Dokument muss eine Versionsanweisung enthalten, um anzugeben, welcher Version (Haupt- und Nebenversion) der Spezifikation es entspricht. Weitere Informationen zu Versionen finden Sie unter WDL-Versionierung

Die Versionen 1.0 und 1.1 der WDL-Spezifikation unterstützen diesen Typ nicht. Directory Um den Directory Typ für Eingaben oder Ausgaben zu verwenden, setzen Sie die Version development in der ersten Zeile der Datei auf:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Unterstützung der CWL-Version

HealthOmics unterstützt die Versionen 1.0, 1.1 und 1.2 der CWL-Sprache.

Sie können die Sprachversion in der CWL-Workflow-Definitionsdatei angeben. Weitere Informationen zu CWL finden Sie im CWL-Benutzerhandbuch

Unterstützung der Nextflow-Version

HealthOmics unterstützt fünf stabile Nextflow-Versionen. Nextflow veröffentlicht in der Regel alle sechs Monate eine stabile Version. HealthOmics unterstützt die monatlichen „Edge“ -Veröffentlichungen nicht.

HealthOmics unterstützt veröffentlichte Funktionen in jeder Version, jedoch keine Vorschaufunktionen.

Unterstützte Versionen

HealthOmics unterstützt die folgenden Nextflow-Versionen:

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 und DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 (Standard)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

  • Nextflow v25.10.0 DSL 2

  • Nextflow v26.04.0 DSL 2

Anmerkung

Nextflow v26.04.0 verwendet standardmäßig den strikten Syntaxparser (v2). Um den Legacy-Parser zu verwenden, setzen engineSettings.syntaxVersion Sie ihn beim Starten eines Laufs auf. v1 Unterstützt für Nextflow v25.10.0 und früher HealthOmics keinen strikten Syntaxmodus und der einzig zulässige Wert ist. v1

HealthOmics Führt separat den integrierten strikten Nextflow-Linter während der Workflow-Erstellung aus. Der Linter gilt für alle DSL2-Versionen (v22.04, v23.10, v24.10, v25.10 und v26.04). DSL1-Workflows sind nicht überlastet. Die Ergebnisse von Lint werden im statusMessage Feld der Antwort angezeigt. GetWorkflow Weitere Informationen finden Sie unter Der Arbeitsablauf zeigt an HealthOmics.

Um Ihren Workflow auf die neueste unterstützte Version (v26.04.0) zu migrieren, folgen Sie der Nextflow-Upgrade-Anleitung.

Bei der Migration zu Nextflow v24, v25 oder v26 gibt es einige wichtige Änderungen. Folgen Sie der Nextflow-Migrationsanleitung. https://www.nextflow.io/docs/latest/migrations/index.html

Erkennen und verarbeiten Sie Nextflow-Versionen

HealthOmics erkennt die von Ihnen angegebene DSL-Version und Nextflow-Version. Basierend auf diesen Eingaben wird automatisch die beste Nextflow-Version für die Ausführung bestimmt.

DSL-Version

HealthOmics erkennt die angeforderte DSL-Version in Ihrer Workflow-Definitionsdatei. Sie können beispielsweise Folgendes angeben:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics unterstützt standardmäßig DSL 2. Es bietet Abwärtskompatibilität mit DSL 1, sofern dies in Ihrer Workflow-Definitionsdatei angegeben ist.

  • Wenn Sie DSL 1 angeben, HealthOmics wird Nextflow v22.04 DSL1 ausgeführt (die einzige unterstützte Version, die DSL 1 ausführt).

  • Wenn Sie keine DSL-Version angeben oder die DSL-Informationen aus irgendeinem Grund nicht analysieren HealthOmics können (z. B. aufgrund von Syntaxfehlern in Ihrer Workflow-Definitionsdatei), wird standardmäßig DSL 2 verwendet und Nextflow v23.10.0 ausgeführt. HealthOmics

  • Informationen zum Upgrade Ihres Workflows von DSL 1 auf DSL 2, um die neuesten Versionen und Softwarefunktionen von Nextflow nutzen zu können, finden Sie unter Migration von DSL 1. https://nextflow.io/docs/latest/dsl1.html

Nextflow-Versionen

HealthOmics erkennt die angeforderte Nextflow-Version in der Nextflow-Konfigurationsdatei (nextflow.config), wenn Sie diese Datei angeben. Wir empfehlen, die nextflowVersion Klausel am Ende der Datei hinzuzufügen, um unerwartete Überschreibungen durch enthaltene Konfigurationen zu vermeiden. Weitere Informationen finden Sie unter Nextflow-Konfiguration.

Sie können eine Nextflow-Version oder eine Reihe von Versionen mithilfe der folgenden Syntax angeben:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics verarbeitet die Nextflow-Versionsinformationen wie folgt:

  • Wenn Sie verwenden=, um eine genaue Version anzugeben, die HealthOmics unterstützt, HealthOmics verwendet diese Version.

  • Wenn Sie verwenden!, um eine genaue Version oder einen Bereich von Versionen anzugeben, die nicht unterstützt werden, HealthOmics löst dies eine Ausnahme aus und die Ausführung schlägt fehl. Erwägen Sie, diese Option zu verwenden, wenn Sie bei Versionsanfragen strikt vorgehen möchten und schnell scheitern möchten, wenn die Anforderung nicht unterstützte Versionen enthält.

  • Wenn Sie einen Versionsbereich angeben, wird die Version mit der höchsten Präferenz in diesem Bereich HealthOmics verwendet. Die Präferenzreihenfolge von der höchsten zur niedrigsten ist v23.10.0, v22.04.0, v24.10.8, v25.10.0 und v26.04.0. Beispiel:

    • Wenn der Bereich HealthOmics v25.10.0 und v26.04.0 abdeckt, wählen Sie v25.10.0.

    • Wenn der Bereich v24.10.8 und v25.10.0 abdeckt, wählen Sie v24.10.8. HealthOmics

  • Wenn es keine angeforderte Version gibt oder wenn die angeforderten Versionen nicht gültig sind oder aus irgendeinem Grund nicht analysiert werden können:

    • Wenn Sie DSL 1 angegeben haben, HealthOmics wird Nextflow v22.04 ausgeführt.

    • Andernfalls wird Nextflow v23.10.0 ausgeführt HealthOmics .

Sie können die automatisch ausgewählte Nextflow-Version überschreiben, indem Sie in der Anfrage eine Einstellung vornehmen. engineSettings.engineVersion StartRun Dadurch wird der Lauf an eine bestimmte Nextflow-Version gebunden, unabhängig von der in der Workflow-Datei angegebenen Version. nextflow.config Weitere Informationen finden Sie unter Geben Sie die Nextflow-Engine-Einstellungen an.

Sie können die folgenden Informationen über die Nextflow-Version abrufen, die für jeden HealthOmics Lauf verwendet wurde:

  • Die Ausführungsprotokolle enthalten Informationen über die tatsächliche Nextflow-Version, die für den Lauf HealthOmics verwendet wurde.

  • HealthOmics fügt Warnungen in den Ausführungsprotokollen hinzu, wenn es keine direkte Übereinstimmung mit Ihrer angeforderten Version gibt oder wenn eine andere Version als die von Ihnen angegebene verwendet werden muss.

  • Die Antwort auf den GetRun API-Vorgang enthält ein Feld (engineVersion) mit der tatsächlichen Nextflow-Version, die für den Lauf HealthOmics verwendet wurde. Beispiel:

    "engineVersion":"22.04.0"