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Einzelheiten der Nextflow-Workflow-Definition

HealthOmics unterstützt DSL1 Nextflow und. DSL2 Details hierzu finden Sie unter Unterstützung für die Nextflow-Version.

Nextflow DSL2 basiert auf der Programmiersprache Groovy, sodass Parameter dynamisch sind und Typzwang nach den gleichen Regeln wie Groovy möglich ist. Parameter und Werte, die von der JSON-Eingabe bereitgestellt werden, sind in der Parameters () -Map des Workflows verfügbar. params

Verwenden Sie die Plugins nf-schema und nf-validation

HealthOmics bietet die folgende Unterstützung für Nextflow-Plugins:

Speicher angeben URIs

Wenn ein Amazon S3 oder HealthOmics URI verwendet wird, um eine Nextflow-Datei oder ein Nextflow-Pfadobjekt zu erstellen, stellt es das entsprechende Objekt für den Workflow zur Verfügung, sofern Lesezugriff gewährt wird. Die Verwendung von Präfixen oder Verzeichnissen ist für Amazon S3 URIs zulässig. Beispiele finden Sie unter Amazon S3 S3-Eingabeparameterformate.

HealthOmics unterstützt die Verwendung von Glob-Mustern in Amazon S3 URIs oder HealthOmics Storage URIs. Verwenden Sie Glob-Muster in der Workflow-Definition für die Erstellung von Or-Kanälenpath. file

Nextflow-Direktiven

Sie konfigurieren Nextflow-Direktiven in der Nextflow-Konfigurationsdatei oder Workflow-Definition. Die folgende Liste zeigt die Rangfolge, in der die HealthOmics Konfigurationseinstellungen angewendet werden, von der niedrigsten zur höchsten Priorität:

Strategie zur Wiederholung von Aufgaben unter Verwendung von errorStrategy

Verwenden Sie die errorStrategy Direktive, um die Strategie für Aufgabenfehler zu definieren. Wenn eine Aufgabe mit einer Fehleranzeige (einem Exit-Status ungleich Null) zurückkehrt, wird die Aufgabe standardmäßig gestoppt und die gesamte HealthOmics Ausführung beendet. Wenn Sie errorStrategy auf festlegen, wird HealthOmics versuchtretry, die fehlgeschlagene Aufgabe erneut zu versuchen. Informationen zur Erhöhung der Anzahl der Wiederholungen finden Sie unter. Versuche, Aufgaben erneut zu versuchen, verwenden maxRetries

process {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'

    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Informationen darüber, wie mit Wiederholungsversuchen HealthOmics von Aufgaben während einer Ausführung umgegangen wird, finden Sie unter. Die Aufgabe wird erneut versucht

Versuche, Aufgaben erneut zu versuchen, verwenden maxRetries

Führt standardmäßig HealthOmics keine Wiederholungsversuche für eine fehlgeschlagene Aufgabe durch, oder versucht einen erneuten Versuch, wenn Sie dies konfigurieren. errorStrategy Um die maximale Anzahl von Wiederholungen zu erhöhen, legen errorStrategy Sie die maximale Anzahl von Wiederholungen fest retry und konfigurieren Sie sie mithilfe der Direktive. maxRetries

Im folgenden Beispiel wird die maximale Anzahl von Wiederholungen in der globalen Konfiguration auf 3 festgelegt.

process {
    errorStrategy = 'retry'
    maxRetries = 3
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie maxRetries im Aufgabenbereich der Workflow-Definition festgelegt wird.

process myTask {
    label 'my_label'
    errorStrategy 'retry'
    maxRetries 3
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine aufgabenspezifische Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelselektoren angegeben wird.

process {
    withLabel: 'my_label' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }

    withName: 'myTask' {
        errorStrategy = 'retry'
        maxRetries = 3
    }
}   

Deaktivieren Sie die Aufgabenwiederholung mit omicsRetryOn5xx

HealthOmics Unterstützt für Nextflow v23 und v24 Aufgabenwiederholungen, wenn die Aufgabe aufgrund von Dienstfehlern fehlgeschlagen ist (5XX-HTTP-Statuscodes). Standardmäßig werden bis zu zwei Wiederholungen einer fehlgeschlagenen Aufgabe HealthOmics versucht.

Sie können so konfigurierenomicsRetryOn5xx, dass die Wiederholung von Aufgaben bei Dienstfehlern deaktiviert wird. Weitere Informationen zur Wiederholung von Aufgaben finden Sie unter HealthOmics. Die Aufgabe wird erneut versucht

Im folgenden Beispiel wird die globale Konfiguration so konfiguriertomicsRetryOn5xx, dass die Aufgabenwiederholung deaktiviert wird.

process {
    omicsRetryOn5xx = false
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie die Konfiguration omicsRetryOn5xx im Aufgabenbereich der Workflow-Definition erfolgt.

process myTask {
    label 'my_label'
    omicsRetryOn5xx = false
    
    script:
    """
    your-command-here
    """
}   

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine aufgabenspezifische Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelauswahl festgelegt omicsRetryOn5xx wird.

process {
    withLabel: 'my_label' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }

    withName: 'myTask' {
        omicsRetryOn5xx = false
    }
}   

Dauer der Aufgabe unter Verwendung der Direktive time

HealthOmics bietet ein einstellbares Kontingent (sieheHealthOmics Servicekontingenten), um die maximale Dauer eines Laufs anzugeben. Für Nextflow v23- und v24-Workflows können Sie mithilfe der Nextflow-Direktive auch die maximale Aufgabendauer angeben. time

Bei der Entwicklung neuer Workflows hilft Ihnen die Festlegung der maximalen Aufgabendauer dabei, außer catch geratene Aufgaben und lang andauernde Aufgaben zu erkennen.

Weitere Informationen zur Nextflow-Zeitdirektive finden Sie unter Zeitdirektive in der Nextflow-Referenz.

HealthOmics bietet die folgende Unterstützung für die Nextflow-Zeitdirektive:

Geben Sie die Timeoutdauer mit einer oder mehreren der folgenden Einheiten an:ms,s, mh, oderd.

Das folgende Beispiel zeigt, wie die globale Konfiguration in der Nextflow-Konfigurationsdatei angegeben wird. Es legt ein globales Timeout von 1 Stunde und 30 Minuten fest.

process {
    time = '1h30m'
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine Zeitanweisung im Aufgabenbereich der Workflow-Definition angegeben wird. In diesem Beispiel wird ein Timeout von 3 Tagen, 5 Stunden und 4 Minuten festgelegt. Dieser Wert hat Vorrang vor dem globalen Wert in der Konfigurationsdatei, hat jedoch keinen Vorrang vor einer aufgabenspezifischen Zeitanweisung für my_label in der Konfigurationsdatei.

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

Das folgende Beispiel zeigt, wie aufgabenspezifische Zeitdirektiven in der Nextflow-Konfigurationsdatei auf der Grundlage der Namens- oder Labelselektoren angegeben werden. In diesem Beispiel wird ein globaler Task-Timeout-Wert von 30 Minuten festgelegt. Es legt einen Wert von 2 Stunden für eine Aufgabe myTask und einen Wert von 3 Stunden für Aufgaben mit Bezeichnung my_label fest. Bei Aufgaben, die dem Selektor entsprechen, haben diese Werte Vorrang vor dem globalen Wert und dem Wert in der Workflow-Definition.

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

Aufgabeninhalt exportieren

Definieren Sie für in Nextflow geschriebene Workflows eine PublishDir-Direktive, um Aufgabeninhalte in Ihren Amazon S3 S3-Ausgabe-Bucket zu exportieren. Wie im folgenden Beispiel gezeigt, setzen Sie den Wert publishDir auf. /mnt/workflow/pubdir Um Dateien nach Amazon S3 zu exportieren, müssen sich die Dateien in diesem Verzeichnis befinden.

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }