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Exécuter le cycle de vie dans un HealthOmics flux de travail
Vous pouvez suivre la progression d'une course en surveillant son état. HealthOmics met à jour l'état de l'exécution au fur et à mesure de son cycle de vie.
Vous pouvez récupérer le statut d'exécution à l'aide de l'une des méthodes suivantes :
La HealthOmics console affiche le statut de chaque exécution sur la Runs page.
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L'opération GetRun d'API renvoie l'état d'exécution actuel.
Vous pouvez surveiller l'état de l'exécution à l'aide d' EventBridge événements. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Utilisation EventBridge avec AWS HealthOmics.
Rubriques
Exécuter les valeurs d'état
Lorsque vous lancez une exécution, HealthOmics définit le statut d'exécution surPending. Au fur et à mesure que l'exécution avance dans son cycle de vie, la valeur du statut est mise à HealthOmics jour pour refléter sa progression actuelle.
Note
Aucuns frais ne vous seront facturés lors d'une course autre que celle en cours d'exécution. Pour en savoir plus, consultez la section suivante.
HealthOmics prend en charge les valeurs d'état d'exécution suivantes :
- En attente
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La course est dans la file d'attente et attend de commencer. Les exécutions restent généralement en attente pendant une brève période avant de commencer.
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Les essais peuvent rester en attente plus longtemps si vous soumettez plusieurs jobs en même temps.
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Les essais restent en attente une fois que votre compte a atteint le nombre maximum d'essais simultanés.
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Une exécution reste en attente si elle fait partie d'un groupe d'exécutions qui a atteint l'une de ses valeurs maximales de ressources.
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Vous pouvez ajuster les priorités d'exécution afin que certaines séries en file d'attente commencent avant les autres. Pour plus d'informations sur la priorité d'exécution, consultezPriorité d'exécution.
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- Démarrage en cours
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HealthOmics crée l'exécution et provisionne les ressources nécessaires à l'exécution (telles que le stockage temporaire des exécutions et le nœud du moteur).
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HealthOmics provisionne le stockage d'exécution temporaire au début de l'exécution et déprovisionne le stockage d'exécution lorsque l'exécution s'arrête.
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- En cours d'exécution
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Une exécution reste en cours d'exécution pendant le processus d'importation, le traitement de chaque tâche et le processus d'exportation.
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HealthOmics importe les fichiers d'entrée dans le système de fichiers de stockage temporaire. Les fichiers d'entrée sont en lecture seule, afin d'empêcher les tâches de modifier les entrées des autres tâches d'un flux de travail.
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Lors de l'exportation de fichiers, HealthOmics exporte les fichiers de sortie du système de fichiers de stockage exécuté vers l'emplacement S3.
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HealthOmics fournit les journaux d'exécution et les journaux de tâches CloudWatch en temps réel lorsque l'état d'exécution est En cours d'exécution. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Se connecte CloudWatch .
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- Arrêt en cours
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Une fois le processus d'exportation terminé, l'exécution passe à l'état d'arrêt.
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HealthOmics déprovisionne toutes les ressources (y compris le système de fichiers de stockage exécuté et le nœud du moteur).
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- Terminé
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L'exécution passe à Terminé une fois le déprovisionnement des ressources HealthOmics terminé.
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HealthOmics a terminé toutes les tâches exécutées et exporté les données de sortie sans erreur.
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Les sorties d'exécution sont disponibles dans l'emplacement de sortie URI Amazon S3 spécifié. Pour WDL et CWL, HealthOmics génère un fichier récapitulatif de sortie d'exécution, qui fournit des informations sur le. HealthOmics exécuter les sorties
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Les journaux du manifeste d'exécution final et les journaux du moteur (le cas échéant) sont disponibles dans CloudWatch.
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Pour les exécutions qui prennent en charge de nouvelles tentatives de tâches, une exécution avec le statut Terminé peut inclure une ou plusieurs tâches qui ont échoué. Tant qu'une nouvelle tentative de tâche a réussi pour chaque tâche ayant échoué, fait passer HealthOmics l'exécution à Terminé. HealthOmics attribue un nouvel ID de tâche à chaque nouvelle tentative, de sorte que l'exécution inclut une tâche IDs pour les tentatives infructueuses et pour la tentative terminée.
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- Échec
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HealthOmics a rencontré une ou plusieurs erreurs et n'a pas réussi à terminer toutes les tâches exécutées.
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Une exécution échouée passe à l'état d'arrêt pendant le HealthOmics déprovisionnement des ressources.
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- Annulée
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Un utilisateur a lancé une demande d'annulation de l'exécution.
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HealthOmics arrête toutes les tâches en cours d'exécution et déprovisionne toutes les ressources.
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HealthOmics n'exporte aucune donnée de sortie d'exécution lorsqu'un utilisateur annule une exécution. Vous n'avez accès à aucun fichier intermédiaire en cas d'annulation d'une exécution.
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Votre compte est débité pour les tâches et les ressources consommées par l'exécution pendant qu'elle était en cours d'exécution avant l'annulation.
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Aucuns frais ne sont facturés si vous annulez une course dont le statut est En attente ou en cours.
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Nouvelles tentatives de tâches
Si une tâche échoue lors d'une exécution, HealthOmics réessayez de l'exécuter, dans les situations suivantes :
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Pour un flux de travail WDL, HealthOmics prend en charge la nouvelle tentative de tâche lorsque la tâche a échoué en raison d'erreurs de service (codes d'état HTTP 5XX).
Par défaut, HealthOmics tente jusqu'à deux tentatives d'une tâche qui a échoué. Vous pouvez désactiver les nouvelles tentatives de tâches en configurant le fichier de définition WDL. Pour accéder à un exemple de configuration, consultez Ressources de tâches dans une définition HealthOmics de flux de travail.
Pour un flux de travail Nextflow, vous pouvez configurer les conditions de nouvelle tentative pour les tâches dans la définition du flux de travail.
Si toutes les tâches de l'exécution finissent par se terminer, même si elles ont nécessité de nouvelles tentatives, HealthOmics passe l'exécution à Terminée.
HealthOmics attribue un nouvel ID de tâche à chaque nouvelle tentative, de sorte que l'exécution inclut une tâche IDs pour les tentatives infructueuses et pour la tentative terminée.
Incidences tarifaires du statut de course
Votre compte peut être débité tant que le statut de course est en cours. Aucun frais ne vous sera facturé lors d'un autre statut de course. Par exemple, les ressources ne sont pas facturées lorsque l'exécution démarre ou s'arrête.
Une course dont le statut est en cours d'exécution a les conséquences de facturation suivantes :
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Votre compte est facturé pour l'utilisation du système de fichiers de stockage lorsque le statut d'exécution est En cours d'exécution. Pour plus d'informations sur les types de stockage exécutés, voirExécuter les types de stockage dans les HealthOmics flux de travail.
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Votre compte entraîne des frais pour l'exécution des tâches, en fonction des ressources de calcul et de mémoire que vous avez spécifiées pour chaque tâche dans la définition du flux de travail et en fonction de la durée de la tâche. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Exigences en matière de calcul et de mémoire pour les HealthOmics tâches.
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Chaque tâche est soumise à un seuil de facturation minimum d'une minute. Si vous exécutez une tâche pendant moins d'une minute, des frais vous seront facturés pour la durée minimale d'utilisation d'une minute. Si possible, regroupez les petites tâches afin d'optimiser les coûts. Le regroupement des tâches réduit également le temps d'exécution en évitant le lancement de plusieurs tâches séquentielles.
Pour plus d'informations sur la HealthOmics tarification, consultez la section HealthOmics Tarification
