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Surveillance à HealthOmics l'aide de CloudWatch journaux
HealthOmics génère divers journaux pour vous aider à comprendre et à résoudre vos problèmes. Les journaux sont disponibles à deux endroits : CloudWatch et Amazon S3.
Par défaut, la journalisation est activée pour les exécutions. Vous pouvez éventuellement désactiver la journalisation d'une exécution en le paramétrant LogLevel
= OFF dans la startrun demande.
Note
Pour les mises à jour des services, configurez et surveillez votre tableau de bord de santé personnel
Rubriques
Types de journaux pour les HealthOmics flux de travail
HealthOmics fournit les types de journaux suivants pour les flux de travail :
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Journaux du moteur : journaux du moteur tels que
.nextflow.loget produits parworkflow.logles moteurs de flux de travail sous-jacents (Nextflow, WDL et CWL). Ces journaux peuvent vous aider à résoudre les problèmes de définition des flux de travail. Journaux des manifestes d'exécution : ces journaux fournissent des informations de haut niveau sur chaque tâche exécutée, telles que l'état de la tâche, l'heure de début, l'heure de fin et la raison de l'échec (si la tâche a échoué).
Les journaux des manifestes d'exécution fournissent également des statistiques d'utilisation des ressources qui peuvent être utiles pour comprendre les opportunités d'optimisation des ressources. Ces statistiques incluent :
Moyenne du processeur
Puissance maximale du processeur
CPU réservés
GPU réservés
mémoire AverageGi B
mémoire MaximumGi B
mémoire ReservedGi B
Secondes de fonctionnement
Les métriques d'exécution sont également disponibles en temps quasi réel via CloudWatch OpenTelemetry les métriques. Pour plus d’informations, consultez Exécutez des métriques pour les flux de travail privés.
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Journaux d'exécution — Les journaux d'exécution fournissent l'état général de l'exécution et l'heure à laquelle les tâches individuelles démarrent, s'exécutent, s'arrêtent et se terminent. Les journaux d'exécution vous donnent également une visibilité sur les étapes d'importation et d'exportation des fichiers.
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Journaux de tâches : les journaux de tâches fournissent des informations de journalisation détaillées sur les tâches individuelles de votre exécution. Les résultats de votre journal des tâches dépendent de la définition de la tâche et de l'endroit où vous utilisez les instructions du journal dans votre code. Si vos journaux de tâches ne fournissent pas le niveau d'informations dont vous avez besoin, pensez à ajouter des instructions de journal supplémentaires à votre définition de tâche afin de produire des journaux de tâches plus pertinents.
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Journaux de cache d'exécution — Les journaux de cache d'exécution fournissent l'état général des caches d'exécution et la mise en cache des résultats des tâches. Les journaux d'exécution du cache vous donnent une visibilité sur les accès et les échecs du cache pour chaque exécution utilisant la mise en cache.
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Outputs.json — Pour les flux de travail WDL et CWL, HealthOmics envoie un fichier généré par le moteur, nommé
outputs.json, à votre compartiment Amazon S3 une fois l'exécution terminée. Ce fichier inclut une liste et une carte de toutes les sorties de l'exécution.
Se connecte CloudWatch
CloudWatch génère des journaux de flux de travail pour les exécutions échouées et les exécutions réussies. Tous les journaux sont disponibles pour les exécutions réussies et les échecs.
Vous pouvez trouver les journaux CloudWatch de flux de travail dans le groupe de journaux suivant :/aws/omics/WorkflowLog. En outre, la sortie de l'opération d'API get-run fournit les ARN du flux de CloudWatch journaux pour les journaux du moteur et les journaux d'exécution.
Par défaut, AWS conserve les CloudWatch journaux indéfiniment. Vous pouvez ajuster la politique de conservation du groupe de journaux afin de définir une période de conservation comprise entre 10 ans et un jour.
Le tableau suivant fournit un résumé CloudWatch des connexions HealthOmics. Tous les journaux de flux de travail sont disponibles pour les exécutions réussies et les exécutions échouées.
| Nom du journal | Disponible dans les CloudWatch journaux | Quand le journal est-il disponible | Format de flux de journaux |
|---|---|---|---|
| Journaux du moteur | Oui | En temps réel | exécuter/ /moteur runID |
| Exécuter les journaux des manifestes | Oui |
Une fois l'exécution terminée |
manifest/run/runID/runUUID |
| Journaux d'exécution | Oui | En temps réel | exécuter/ runID |
| Journaux de tâches | Oui | En temps réel | exécuter/ /tâche/ runID taskID |
| Exécuter des journaux de cache | Oui | En temps réel | Exécuter le cache//runCacheIdrunCacheUUID |
| Outputs.json (WDL et CWL) | Non | n/a | n/a |
Se connecte à Amazon S3
Parmi ceux-ciTypes de journaux pour les HealthOmics flux de travail, seuls les journaux du moteur et le outputs.json fichier sont transmis à Amazon S3.
Une fois l'exécution terminée, les journaux du moteur sont envoyés à votre compartiment S3 et sont disponibles indéfiniment jusqu'à ce que vous les supprimiez. Ces journaux se trouvent dans le répertoire des journaux de l'URI de sortie S3 que vous avez spécifié pour le flux de travail.
Le chemin d'accès au répertoire des journaux est au format suivant :s3://{user_provided_path}/logs/.
Le tableau suivant fournit un résumé des HealthOmics journaux disponibles dans votre compartiment Amazon S3.
| Nom du journal | Disponible sur Amazon S3 | Quand le journal est-il disponible | Trajectoire du flux de journaux |
|---|---|---|---|
| Journaux du moteur | Oui | Une fois l'exécution terminée | s3 ://user_provided_path//logs/engine.log |
| Outputs.json (WDL et CWL) | Oui |
Une fois l'exécution terminée |
s3 ://user_provided_path/runIDrunUUID/logs/outputs.json |
| Exécuter des journaux de manifestes, des journaux d'exécution et des journaux de tâches | Non | n/a | n/a |
CloudWatch Journaux interactifs dans la CLI
Vous pouvez consulter les CloudWatch journaux de manière interactive à l'aide de la commande Live Tail en mode interactif. Vous pouvez suivre la progression de la course en temps réel et définir jusqu'à 5 mots clés à mettre en évidence dans les journaux :
aws logs start-live-tail \ --mode interactive \ --log-group-identifiers arn:aws:logs:region:account-ID:log-group:/aws/omics/WorkflowLog
Pour plus d'informations, voir Démarrer live tail
Accès aux CloudWatch journaux depuis la console
Pour accéder aux journaux d'une exécution, vous pouvez accéder directement à ces journaux depuis la page Détails de l'exécution de la HealthOmics console.
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Ouvrez la console HealthOmics
. -
Si nécessaire, ouvrez le volet de navigation de gauche (≡). Choisissez Runs.
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Sélectionnez l'essai dans le tableau des essais.
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Sur la page des détails de l'exécution, vous pouvez choisir l'une des actions suivantes :
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Dans Résumé de l'exécution, choisissez Afficher les journaux d'exécution. La console ouvre les journaux d'exécution dans la CloudWatch console.
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Dans Résumé de l'exécution, choisissez Afficher les journaux dans Amazon S3. La console ouvre le dossier des journaux dans la console Amazon S3.
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Dans Exécuter les tâches, choisissez Afficher les journaux, Afficher les journaux d'exécution ou Afficher les journaux du manifeste d'exécution d'une tâche. La console ouvre les journaux dans la CloudWatch console.
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Vous pouvez également accéder aux journaux depuis la CloudWatch console :
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Ouvrez la CloudWatch console https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/
. -
Dans le menu de gauche, choisissez Log groups.
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Sélectionnez le groupe
/aws/omics/WorkflowLog.Si la liste des groupes de journaux est longue, vous pouvez saisir des paramètres omiques dans la zone de texte de recherche pour affiner la liste.
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Lorsque la page des détails du groupe de journaux s'ouvre, choisissez le flux de journaux que vous souhaitez afficher. La console affiche les événements de ce flux de journaux.
