Spécificités de définition du flux de travail CWL - AWS HealthOmics

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Spécificités de définition du flux de travail CWL

Les flux de travail écrits en langage de flux de travail commun, ou CWL, offrent des fonctionnalités similaires à celles des flux de travail écrits en WDL et Nextflow. Vous pouvez utiliser Amazon S3 ou le HealthOmics stockage URIs comme paramètres d'entrée.

Si vous définissez une entrée dans un fichier secondaire dans un sous-flux de travail, ajoutez la même définition dans le flux de travail principal.

HealthOmics les flux de travail ne prennent pas en charge les processus opérationnels. Pour en savoir plus sur les processus opérationnels dans les flux de travail CWL, consultez la documentation CWL.

Pour convertir un fichier de définition de flux de travail CWL existant à utiliser HealthOmics, apportez les modifications suivantes :

  • Remplacez tous les conteneurs Docker URIs par Amazon URIs ECR.

  • Assurez-vous que tous les fichiers de flux de travail sont déclarés en entrée dans le flux de travail principal et que toutes les variables sont définies de manière explicite.

  • Assurez-vous que tout le JavaScript code est conforme au mode strict.

Les flux de travail CWL doivent être définis pour chaque conteneur utilisé. Il n'est pas recommandé de coder en dur l'entrée DockerPull avec un URI Amazon ECR fixe.

Voici un exemple de flux de travail écrit en CWL. 


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

Le fichier suivant définit la copy.cwl tâche.


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

Voici un exemple de flux de travail écrit en CWL avec une exigence de GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []