Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

HealthOmics exécuter les sorties

Lorsqu'une exécution WDL ou CWL est terminée, les sorties incluent un fichier récapitulatif des sorties (au format JSON) qui répertorie toutes les sorties produites par l'exécution. Vous pouvez utiliser le fichier récapitulatif de sortie aux fins suivantes :

Exécuter le résumé de sortie pour WDL

Lorsqu'une exécution WDL est terminée, HealthOmics crée un fichier récapitulatif de sortie nomméoutput.json.

Pour chaque sortie du flux de travail, il existe une key/value paire correspondante dans le fichier. La clé contient le nom du flux de travail et le nom de sortie au format suivant :WorkflowName.output_name. Pour une sortie de fichier, la valeur est un URI S3 pointant vers l'emplacement de sortie dans S3 où le fichier est stocké. Pour une sortie Array [File], la valeur est un tableau de S3 URIs.

L'exemple suivant montre le output.json fichier d'un flux de travail nomméBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

Si le flux de travail produit des sorties avec des types autres que des fichiers (tels que String, Int, Float ou Bool), la valeur du champ est une primitive JSON. Par exemple :

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

Exécuter le résumé de sortie pour CWL

Lorsqu'une exécution de CWL est terminée, HealthOmics crée un fichier récapitulatif de sortie nommé outputs.json à l'emplacement suivant :

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

Le fichier récapitulatif des sorties inclut une liste des sorties. Chaque sortie est une key/value paire, dont la clé est le nom de la sortie. La valeur est un objet qui inclut les propriétés suivantes :

Dans l'exemple suivant, le fichier output.json contient une liste de deux fichiers de sortie.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}