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Caractéristiques de la définition du flux de travail Nextflow

HealthOmics prend en charge DSL1 Nextflow et. DSL2 Pour en savoir plus, consultez Support de la version Nextflow.

Nextflow DSL2 est basé sur le langage de programmation Groovy, les paramètres sont donc dynamiques et la coercition de type est possible en utilisant les mêmes règles que Groovy. Les paramètres et valeurs fournis par le JSON d'entrée sont disponibles dans la carte parameters (params) du flux de travail.

Utilisation des plugins nf-schema et nf-validation

HealthOmics fournit le support suivant pour les plugins Nextflow :

Spécification du stockage URIs

Lorsqu'un Amazon S3 ou un HealthOmics URI est utilisé pour créer un fichier ou un objet de chemin Nextflow, l'objet correspondant est mis à la disposition du flux de travail, à condition que l'accès en lecture soit accordé. L'utilisation de préfixes ou de répertoires est autorisée pour Amazon S3 URIs. Pour obtenir des exemples, consultez Formats de paramètres d'entrée Amazon S3.

HealthOmics prend en charge l'utilisation de modèles globaux dans Amazon S3 URIs ou HealthOmics Storage URIs. Utilisez des modèles Glob dans la définition du flux de travail pour la création de path file canaux.

Définition de la durée maximale des tâches à l'aide de directives temporelles

HealthOmics fournit un quota ajustable (voirHealthOmics quotas de service) pour spécifier la durée maximale d'une course. Pour les flux de travail Nextflow v23 et v24, vous pouvez également spécifier la durée maximale des tâches à l'aide des directives temporelles de Nextflow.

Lors du développement d'un nouveau flux de travail, la définition de la durée maximale des tâches vous permet de détecter les tâches intempestives et les tâches de longue durée.

Pour plus d'informations sur la directive temporelle Nextflow, voir directive time dans la référence Nextflow.

HealthOmics fournit le support suivant pour les directives temporelles de Nextflow :

Spécifiez la durée du délai d'expiration en utilisant une ou plusieurs des unités suivantes :ms,s, mh, oud. Vous pouvez spécifier des directives temporelles dans le fichier de configuration Nextflow et dans la définition du flux de travail. La liste suivante indique l'ordre de priorité, de la priorité la plus faible à la plus élevée :

L'exemple suivant montre comment spécifier une configuration globale dans le fichier de configuration Nextflow. Il définit un délai d'expiration global de 1 heure et 30 minutes :

process {
    time = '1h30m'
}     

L'exemple suivant montre comment spécifier une directive temporelle dans la section des tâches de la définition du flux de travail. Cet exemple définit un délai d'expiration de 3 jours, 5 heures et 4 minutes. Cette valeur est prioritaire sur la valeur globale du fichier de configuration, mais pas sur une directive temporelle spécifique à une tâche car my_label dans le fichier de configuration :

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

L'exemple suivant montre comment spécifier des directives temporelles spécifiques à une tâche dans le fichier de configuration Nextflow, en fonction du nom ou des sélecteurs d'étiquette. Cet exemple définit un délai d'expiration global de la tâche de 30 minutes. Il définit une valeur de 2 heures pour la tâche myTask et une valeur de 3 heures pour les tâches avec étiquettemy_label. Pour les tâches correspondant au sélecteur, les valeurs suivantes ont priorité sur la valeur globale et sur la valeur de la définition du flux de travail :

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

Exporter le contenu des tâches

Pour les flux de travail écrits dans Nextflow, définissez une directive PublishDir pour exporter le contenu des tâches vers votre compartiment Amazon S3 de sortie. Comme indiqué dans l'exemple suivant, définissez la valeur PublishDir sur. /mnt/workflow/pubdir Pour exporter des fichiers vers Amazon S3, les fichiers doivent se trouver dans ce répertoire.

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }