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Crear flujos de trabajo privados en HealthOmics
Los flujos de trabajo privados dependen de una variedad de recursos que se crean y configuran antes de crear el flujo de trabajo:
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Workflow definition file:Un archivo de definición de flujo de trabajo escrito en WDLNextflow, oCWL. La definición del flujo de trabajo especifica las entradas y salidas de las ejecuciones que utilizan el flujo de trabajo. También incluye especificaciones para las ejecuciones y tareas de ejecución del flujo de trabajo, incluidos los requisitos de procesamiento y memoria. El archivo de definición del flujo de trabajo debe estar en
.zipformato. Para obtener más información, consulte Archivos de definición de flujos de trabajo.-
Puede usar Amazon Q CLI para crear y validar sus archivos de definición de flujo de trabajo en WDL, Nextflow y CWL. Para obtener más información, consulte Ejemplos de instrucciones para Amazon Q CLI y el tutorial sobre HealthOmics IA generativa de Agentic
en. GitHub
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(Optional) Parameter template file:Un archivo de plantilla de parámetros escrito en. JSON Cree el archivo para definir los parámetros de ejecución o HealthOmics genere la plantilla de parámetros automáticamente. Para obtener más información, consulte Archivos de plantillas de parámetros para HealthOmics flujos de trabajo.
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Amazon ECR container images:Cree un repositorio privado de Amazon ECR para el flujo de trabajo. Cree imágenes de contenedores en el repositorio privado o sincronice el contenido de un registro upstream compatible con su repositorio privado de Amazon ECR.
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(Optional) Sentieon licenses:Solicite una Sentieon licencia para usar el Sentieon software en flujos de trabajo privados.
Si lo desea, puede ejecutar un resumen de la definición del flujo de trabajo antes o después de crearlo. En linter este tema se describen las linters disponibles en. HealthOmics
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