Lentes de flujo de trabajo en HealthOmics - AWS HealthOmics

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Lentes de flujo de trabajo en HealthOmics

Tras crear un flujo de trabajo, le recomendamos que ejecute un filtro en el flujo de trabajo antes de iniciar la primera ejecución. El linter detecta errores que pueden provocar un error en la ejecución.

En el caso de WDL, ejecuta HealthOmics automáticamente un linter al crear el flujo de trabajo. El resultado del linter está disponible en el statusMessage campo de la respuesta. get-workflow Utilice el siguiente comando CLI para recuperar la salida de estado (utilice el ID de flujo de trabajo del flujo de trabajo de WDL que creó): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics proporciona linters que puede ejecutar en la definición del flujo de trabajo antes de crearlo. Ejecuta estos linters en las canalizaciones existentes a las que vayas a migrar. HealthOmics

  • WDL— Una imagen pública de Amazon ECR para ejecutar un linter de WDL.

  • Nextflow— Una imagen pública de Amazon ECR para ejecutar las reglas de Linter para Nextflow. Puede acceder al código fuente de este linter desde. GitHub

  • CWL— no disponible