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HealthOmics integración del flujo de trabajo con repositorios basados en Git
Al crear un flujo de trabajo (o una versión del flujo de trabajo), se proporciona una definición del flujo de trabajo para especificar información sobre el flujo de trabajo, las ejecuciones y las tareas. HealthOmics puede recuperar la definición del flujo de trabajo como un archivo.zip (almacenado localmente o en un bucket de Amazon S3) o desde un repositorio compatible basado en Git.
La HealthOmics integración con los repositorios basados en Git permite las siguientes capacidades:
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Creación directa de flujos de trabajo a partir de instancias públicas, privadas y autogestionadas.
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Integración de los archivos README del flujo de trabajo y las plantillas de parámetros de los repositorios.
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Support para GitHub GitLab, y repositorios de Bitbucket.
Al utilizar un repositorio basado en Git, se evitan los pasos manuales de descargar los archivos de definición de flujo de trabajo y los archivos de plantillas de parámetros de entrada, crear un archivo.zip y, a continuación, almacenar el archivo en S3. Esto simplifica la creación de flujos de trabajo para escenarios como los siguientes:
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Desea empezar rápidamente a utilizar un flujo de trabajo común de código abierto, como nf-core. HealthOmicsrecupera automáticamente todos los archivos de plantillas de parámetros de entrada y definición del flujo de trabajo del repositorio de nf-core GitHub y los utiliza para crear su nuevo flujo de trabajo.
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Está utilizando un flujo de trabajo público de GitHub, y estarán disponibles algunas actualizaciones nuevas. Puede crear fácilmente una nueva versión del HealthOmics flujo de trabajo utilizando la definición de flujo de trabajo actualizada GitHub como fuente. Los usuarios del flujo de trabajo pueden elegir entre el flujo de trabajo original o la nueva versión del flujo de trabajo que haya creado.
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Tu equipo está creando una canalización propia que no es pública. Guardas tu código en un repositorio de git privado y utilizas esta definición de flujo de trabajo para tus HealthOmics flujos de trabajo. El equipo actualiza la definición del flujo de trabajo con frecuencia como parte de un ciclo de vida de desarrollo del flujo de trabajo iterativo. Puedes crear fácilmente nuevas versiones del flujo de trabajo según sea necesario desde tu repositorio privado.
Temas
Repositorios basados en Git compatibles
HealthOmics admite repositorios públicos y privados para los siguientes proveedores basados en Git:
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GitHub
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GitLab
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Bitbucket
HealthOmics admite repositorios autogestionados para los siguientes proveedores basados en Git:
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GitHubEnterpriseServer
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GitLabSelfManaged
HealthOmics admite el uso de conexiones entre cuentas para GitHub, GitLab y Bitbucket. Configure los permisos compartidos a través de AWS Resource Access Manager. Para ver un ejemplo, consulte Conexiones compartidas en la guía del CodePipeline usuario.
Configure las conexiones a repositorios de código externos
Conecte sus flujos de trabajo a repositorios basados en Git mediante AWS. CodeConnection HealthOmics utiliza esta conexión para acceder a sus repositorios de código fuente.
nota
El CodeConnections servicio de AWS no está disponible en la región de TLV. Para esta región, configure las conexiones de IAD del servicio para crear flujos de trabajo o versiones de flujos de trabajo a partir de un repositorio.
Cree una conexión de
Antes de poder crear conexiones, siga las instrucciones de Configuración de las conexiones de la Guía del usuario de las herramientas de la consola para desarrolladores.
Configure la autorización para la conexión
Debe autorizar la conexión mediante el OAuth flujo del proveedor. Asegúrese de que el estado de la conexión es AVAILABLE antes de usarla.
Para ver ejemplos, consulta la entrada del blog Cómo crear AWS HealthOmics flujos de trabajo a partir del contenido de Git
Acceder a repositorios autogestionados
Para configurar las conexiones a un repositorio GitLab autogestionado, utiliza un token de acceso personal de administrador al crear un host. Al crear la conexión subsiguiente, se accede a Oauth con la cuenta del cliente.
El siguiente ejemplo configura una conexión a un repositorio autogestionado: GitLab
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Configure el acceso al token de acceso personal de un usuario administrador.
Para configurar una PAT en un repositorio GitLab autogestionado, consulta los tokens de acceso personal
en GitLab Docs. -
Creación de un alojamiento
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Ve a CodePipeline>Configuración>Conexiones.
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Seleccione la pestaña Anfitriones y, a continuación, elija Crear anfitrión.
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Configure los siguientes campos:
Introduzca el nombre del anfitrión
Para el tipo de proveedor, elija GitLab Autogestionado
Introduzca la URL del host
Introduzca la información de la VPC si el host está definido en una VPC
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Elija Crear host, que crea el host en estado PENDIENTE.
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Para completar la configuración, elija Configurar anfitrión.
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Introduzca el token de acceso personal (PAT) de un usuario administrador y, a continuación, seleccione Continuar.
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Creación de la conexión
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Seleccione Crear conexiones en la pestaña Conexiones.
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Para el tipo de proveedor, seleccione GitLab autogestionado.
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En Configuración de la conexión > Introducir el nombre de la conexión, introduzca la URL del host que creó anteriormente.
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Si solo se puede acceder a la instancia GitLab autogestionada a través de una VPC, configure los detalles de la VPC.
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Elija Actualizar conexión pendiente. La ventana modal lo redirige a la página de GitLab inicio de sesión.
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Introduzca el nombre de usuario y la contraseña de la cuenta del cliente y complete el proceso de autorización.
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Para configurarla por primera vez, selecciona Autorizar AWS Connector para Gitlab Self Managed.
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Cuotas relacionadas con los repositorios de código externos
Para HealthOmics la integración con repositorios de código externos, hay un tamaño máximo para un repositorio, cada archivo del repositorio y cada archivo README. Para obtener más información, consulte HealthOmics cuotas de tamaño fijo del flujo de trabajo.
Permisos de IAM necesarios
Añada las siguientes acciones a su política de IAM basada en la identidad:
"codeconnections:CreateConnection", "codeconnections:GetConnection", "codeconnections:GetHost", "codeconnections:ListConnections", "codeconnections:UseConnection"
