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Empezar con HealthOmics
Para empezar HealthOmics, asegúrese de haber configurado correctamente sus permisos y funciones de IAM para HealthOmics.
Uso de un flujo de trabajo de Ready2Run en la consola HealthOmics
El siguiente ejercicio muestra cómo utilizar un flujo de trabajo de Ready2Run. El flujo de trabajo de Ready2Run está preconfigurado con los parámetros y las referencias de herramientas que necesita para ejecutar el flujo de trabajo. El publicador de flujos de trabajo proporciona datos de muestra, por lo que no es necesario que cree sus propios datos.
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Abra la consola de HealthOmics
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Seleccione el panel de navegación (≡) en la parte superior izquierda y seleccione los flujos de trabajo Ready2Run.
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En la página de flujos de trabajo de Ready2Run, elija el flujo de trabajo. ESMFold for up to 800 residues La consola abre la página de detalles de ese flujo de trabajo.
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La pestaña de detalles proporciona información sobre el flujo de trabajo. Para probar el flujo de trabajo, en la parte superior derecha de la página, selecciona Iniciar ejecución.
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En la página Especificar los detalles de la ejecución, introduzca un nombre de ejecución.
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Introduzca o seleccione una ubicación de Amazon S3 para el resultado de la ejecución.
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En el modo de retención de metadatos de ejecución, elija si desea conservar o eliminar los metadatos de ejecución.
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En el panel de roles de servicio, elija Crear y usar un nuevo rol de servicio.
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Elija Siguiente.
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En la página Añadir valores de parámetros, elija Ejecutar flujo de trabajo con datos de prueba de Ready2Run.
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Elija Siguiente.
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Revisa las entradas y, a continuación, selecciona Iniciar ejecución.
Ejemplos de solicitudes para Amazon Q CLI
Amazon Q CLI puede ejecutar flujos de trabajo genómicos y tareas de análisis AWS HealthOmics mediante comandos de lenguaje natural. Las siguientes instrucciones de ejemplo le permiten crear flujos de trabajo, administrar las ejecuciones y analizar los datos genómicos. Para obtener más información y ejemplos de instrucciones al respecto HealthOmics, consulte el tutorial sobre IA generativa de HealthOmics Agentic
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«Cree un archivo de flujo de trabajo WDL 1.1 en el que se ejecutará
main.wdl. HealthOmics El flujo de trabajo tomará un genoma de referencia como entrada y pares de archivos fastq. Indexará el genoma de referencia mediante BWA y, a continuación, asignará cada par de archivos fastq a la referencia. Finalmente, combine cada BAM mapeado en un solo archivo BAM y genere este archivo y su índice bai». -
«Package el flujo de trabajo y créelo en HealthOmics»
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«Actualice el archivo inputs.json para usar archivos reales de mi bucket de Amazon S3
omics-my-bucket-with-genome-data» (proporcione una ubicación específica del bucket de Amazon S3 o deje que Amazon Q explore) -
«Encuentre los contenedores adecuados en mis repositorios de Amazon ECR y actualice inputs.json para usarlos»
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«Busque o cree un rol de IAM adecuado para usarlo al ejecutar el flujo de trabajo»
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«Crear una caché de ejecución para mi flujo de trabajo»
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«Ejecute el flujo de trabajo en HealthOmics»
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«Compruebe el estado de la ejecución»
aviso
Cuando trabaje con Amazon Q CLI, revise todo el contenido generado y las acciones propuestas antes de continuar. Proporcione comentarios para mejorar la calidad de la respuesta y adaptarla a los requisitos de su flujo de trabajo. Para obtener más información, consulte Consideraciones de seguridad y prácticas recomendadas para Amazon Q.
