HealthOmics でのプライベートワークフローの作成 - AWS HealthOmics

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HealthOmics でのプライベートワークフローの作成

プライベートワークフローは、ワークフローを作成する前に作成および設定するさまざまなリソースによって異なります。

  • Workflow definition file: WDL、Nextflow、または で記述されたワークフロー定義ファイルCWL。ワークフロー定義は、ワークフローを使用する実行の入力と出力を指定します。また、コンピューティングやメモリの要件など、ワークフローの実行タスクと実行タスクの仕様も含まれています。ワークフロー定義ファイルは .zip形式である必要があります。詳細については、「ワークフロー定義ファイル」を参照してください。

  • (Optional) Parameter template file: で記述されたパラメータテンプレートファイルJSON。ファイルを作成して実行パラメータを定義するか、HealthOmics がパラメータテンプレートを生成します。詳細については、HealthOmics ワークフローのパラメータテンプレートファイル」を参照してください。

  • Amazon ECR container images: ワークフローのプライベート Amazon ECR リポジトリを作成します。プライベートリポジトリにコンテナイメージを作成するか、サポートされているアップストリームレジストリの内容を Amazon ECR プライベートリポジトリと同期します。

  • (Optional) Sentieon licenses: プライベートワークフローでSentieonソフトウェアを使用するSentieonライセンスをリクエストします。

必要に応じて、ワークフローの作成前または作成後に、ワークフロー定義で linter を実行できます。このlinterトピックでは、HealthOmics で使用できる linters について説明します。

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