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HealthOmics の開始方法
HealthOmics の使用を開始するには、HealthOmics の IAM アクセス許可とロールが適切に設定されていることを確認します。
HealthOmics コンソールでの Ready2Run ワークフローの使用
次の演習では、Ready2Run ワークフローを使用する方法を示します。Ready2Run ワークフローには、ワークフローの実行に必要なパラメータとツールリファレンスが事前設定されています。ワークフローパブリッシャーはサンプルデータを提供するため、独自のデータを作成する必要はありません。
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HealthOmics コンソール
を開きます。 -
左上のナビゲーションペイン (≡) を選択し、Ready2Run ワークフローを選択します。
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Ready2Run ワークフローページで、ESMFold for up to 800 residuesワークフローを選択します。コンソールで、そのワークフローの詳細ページが開きます。
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詳細タブには、ワークフローに関する情報が表示されます。ワークフローを試すには、ページの右上で実行の開始を選択します。
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実行の詳細の指定 ページで、実行名を入力します。
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実行出力の Amazon S3 の場所を入力または選択します。
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Run metadata retention mode で、runmeta data を保持するか削除するかを選択します。
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サービスロールパネルで、新しいサービスロールを作成して使用します。
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[次へ] を選択します。
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パラメータ値の追加ページで、Ready2Run テストデータを使用してワークフローを実行するを選択します。
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[次へ] を選択します。
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入力を確認し、実行の開始を選択します。
Amazon Q CLI のプロンプト例
Amazon Q CLI は、自然言語コマンド AWS HealthOmics を使用して、 でゲノムワークフローと分析タスクを実行できます。次のプロンプト例では、ワークフローの作成、実行の管理、ゲノムデータの分析を行うことができます。HealthOmics の詳細とプロンプトの例については、GitHub の HealthOmics エージェント生成 AI チュートリアル
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HealthOmics で実行される
main.wdlため、WDL 1.1 ワークフローファイルを作成します。ワークフローは、参照ゲノムを fastq ファイルの入力とペアとして受け取ります。BWA を使用して参照ゲノムのインデックスを作成し、fastq ファイルの各ペアをリファレンスにマッピングします。最後に、マッピングされた各 BAM を 1 つの BAM ファイルにマージし、このファイルと bai インデックスを出力します。」 -
「ワークフローをパッケージ化して HealthOmics で作成する」
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「inputs.json ファイルを更新して、Amazon S3 バケットの実際のファイルを使用します
omics-my-bucket-with-genome-data」（特定の Amazon S3 バケットの場所を指定するか、Amazon Q に調査させます） -
「Amazon ECR リポジトリで適切なコンテナを検索し、これらを使用するように input.json を更新する」
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「ワークフローの実行時に使用する適切な IAM ロールを検索または作成する」
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「ワークフローの実行キャッシュを作成する」
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HealthOmics でワークフローを実行する」
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「実行のステータスを確認する」
警告
Amazon Q CLI を使用する場合は、先に進む前に、生成されたすべてのコンテンツと提案されたアクションを確認してください。応答品質を向上させ、ワークフローの要件に合わせてフィードバックを提供します。詳細については、「Amazon Q のセキュリティ上の考慮事項とベストプラクティス」を参照してください。
