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HealthOmics のワークフロー定義ファイル
ワークフロー定義を使用して、ワークフロー、実行、および実行内のタスクに関する情報を指定します。ワークフロー定義言語を使用して、1 つ以上のファイルにワークフロー定義を作成します。HealthOmics は、WDL、Nextflow、または CWL で記述されたワークフロー定義をサポートしています。
HealthOmics は、WDL ワークフロー定義に対して次の選択肢をサポートしています。
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WDL – 仕様に準拠した WDL エンジンを提供します。
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WDL lenient – Cromwell から移行されたワークフローを処理するように設計されています。お客様の Cromwell ディレクティブといくつかの非準拠ロジックをサポートしています。詳細については、「WDL lenient での暗黙的な型変換」を参照してください。
各ワークフロー言語の詳細については、以下の言語固有の詳細セクションを参照してください。
ワークフロー定義では、次のタイプの情報を指定します。
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Language version – ワークフロー定義の言語とバージョン。
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Compute and memory – ワークフロー内のタスクのコンピューティングとメモリの要件。
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Inputs – ワークフロータスクへの入力の場所。詳細については、「HealthOmics 実行入力」を参照してください。
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Outputs – タスクが生成する出力を保存する場所。
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Task resources – 各タスクのコンピューティングとメモリの要件。
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Accelerators – アクセラレーターなど、タスクに必要なその他のリソース。
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