プライベートワークフローのコンテナイメージ

独自の Amazon ECR イメージを使用する: Amazon ECR プライベートリポジトリでホストするイメージを参照できます。独自のプライベートリポジトリを作成するには、「Amazon Elastic Container Registry ユーザーガイド」の「Amazon ECR プライベートリポジトリの作成」を参照してください。

これらのイメージは、ワークフロー定義で直接参照したり、ワークフローパラメータとして渡したり、イメージマッピングでマッピングしたりできます。詳細については、「イメージマッピング」を参照してください。

プルスルーキャッシュがサポートするサードパーティーレジストリを使用する: Docker Hub、Quay、GitHub Container Registry、Amazon ECR Public など、プルスルーキャッシュ (PTC) がサポートするサードパーティーレジストリからイメージをプルできます。HealthOmics は自動的に同期します。詳細については、「プルスルーキャッシュでサポートされているサードパーティーレジストリの使用」を参照してください。

プルスルーキャッシュがサポートしていないサードパーティーレジストリを使用: Seqera、NVIDIA NGC、Google Container Registry、Google Artifact Registry など、PTC がサポートしていないレジストリのコンテナイメージを使用することもできます。詳細については、「プルスルーキャッシュでサポートされていないサードパーティーレジストリの使用」を参照してください。

リージョン – Amazon ECR リポジトリは、サービスを呼び出すアカウントと同じ AWS リージョンにあります。

クロスアカウントイメージ – ソースイメージリポジトリが適切なアクセス許可を提供している限り、別の がコンテナイメージを所有 AWS アカウント できます。詳細については、「クロスアカウント Amazon ECR アクセスのポリシー」を参照してください。

イメージ URIs – 実行を開始する前にアクセスを検証できるように、Amazon ECR コンテナイメージの Uniform Resource Identifier (URIs) をワークフローのパラメータとして定義することをお勧めします。これにより、リージョンパラメータを変更することで、新しいリージョンでワークフローを簡単に実行できます。

アクセス許可 – 実行中に Amazon ECR にアクセスするためのアクセス許可が必要です。HealthOmics が Amazon ECR にアクセスするための IAM アクセス許可を設定します。詳細については、「HealthOmics リソースのアクセス許可」を参照してください。以下のトピックも参照してください。

アーキテクチャ – HealthOmics は x86_64 コンテナをサポートしており、ARM コンテナをサポートしていません。ローカルマシンが Apple Mac などの ARM ベースである場合は、次のようなコマンドを使用して x86_64 コンテナイメージを構築します。

docker build --platform amd64 -t my_tool:latest .

エントリポイントとシェル – HealthOmics ワークフローエンジンは、ワークフロータスクで使用されるコンテナイメージへのコマンドオーバーライドとして bash スクリプトを挿入します。したがって、コンテナイメージは、bash シェルがデフォルトになるように、指定された ENTRYPOINT なしで構築する必要があります。

マウントされたパス – HealthOmics は、共有ファイルシステムを のコンテナタスクにマウントします/tmp。HealthOmics は、この場所でコンテナイメージに組み込まれているデータまたはツールを上書きします。

ワークフロー定義は、 の読み取り専用マウントを介してタスクで使用できます/mnt/workflow。

イメージサイズ – 最大コンテナイメージサイズHealthOmics ワークフローの固定サイズクォータについては、「」を参照してください。

料金 – リポジトリ内のイメージには、標準の Amazon ECR ストレージ料金が適用されます。認証情報を必要とするアップストリームレジストリの場合、Secrets Manager の料金も適用されます。

ベストプラクティス – のベストプラクティスガイダンスを確認してくださいコンテナイメージについてのベストプラクティス。