CWL ワークフロー定義の詳細 - AWS HealthOmics

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CWL ワークフロー定義の詳細

Common Workflow Language または CWL で記述されたワークフローは、WDL および Nextflow で記述されたワークフローと同様の機能を提供します。Amazon S3 または HealthOmics ストレージ URIs を入力パラメータとして使用できます。

サブワークフローの secondaryFile で入力を定義する場合は、メインワークフローに同じ定義を追加します。

HealthOmics ワークフローはオペレーションプロセスをサポートしていません。CWL ワークフローのオペレーションプロセスの詳細については、CWL ドキュメントを参照してください。

既存の CWL ワークフロー定義ファイルを HealthOmics を使用するように変換するには、次の変更を行います。

  • すべての Docker コンテナ URIs Amazon ECR URIs。

  • すべてのワークフローファイルがメインワークフローで入力として宣言され、すべての変数が明示的に定義されていることを確認します。

  • すべての JavaScript コードが厳格モードの苦情であることを確認します。

CWL ワークフローは、使用するコンテナごとに定義する必要があります。固定 Amazon ECR URI を使用して dockerPull エントリをハードコードすることはお勧めしません。

以下は、CWL で記述されたワークフローの例です。


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

次のファイルはcopy.cwlタスクを定義します。


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

以下は、GPU 要件を使用して CWL で記述されたワークフローの例です。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []