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CWL ワークフロー定義の詳細

Common Workflow Language または CWL で記述されたワークフローは、WDL および Nextflow で記述されたワークフローと同様の機能を提供します。Amazon S3 または HealthOmics ストレージ URIs を入力パラメータとして使用できます。

サブワークフローの secondaryFile で入力を定義する場合は、メインワークフローに同じ定義を追加します。

HealthOmics ワークフローはオペレーションプロセスをサポートしていません。CWL ワークフローのオペレーションプロセスの詳細については、CWL ドキュメントを参照してください。

ベストプラクティスは、使用するコンテナごとに個別の CWL ワークフローを定義することです。固定 Amazon ECR URI を使用して dockerPull エントリをハードコードしないことをお勧めします。

HealthOmics を使用するように CWL ワークフローを変換する

既存の CWL ワークフロー定義を HealthOmics を使用するように変換するには、次の変更を行います。

を使用してタスクの再試行をオプトアウトする omicsRetryOn5xx

HealthOmics は、サービスエラー (5XX HTTP ステータスコード) が原因でタスクが失敗した場合、タスクの再試行をサポートします。デフォルトでは、HealthOmics は失敗したタスクを最大 2 回再試行します。HealthOmics でのタスクの再試行の詳細については、「」を参照してくださいタスクの再試行。

サービスエラーのタスク再試行をオプトアウトするには、ワークフロー定義で omicsRetryOn5xx ディレクティブを設定します。このディレクティブは、要件またはヒントに基づいて定義できます。移植性のヒントとして ディレクティブを追加することをお勧めします。

requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false     

要件はヒントを上書きします。タスク実装が、囲みワークフローの要件によっても提供されるヒントでリソース要件を提供する場合、囲み要件が優先されます。

ワークフローの異なるレベルに同じタスク要件が表示される場合、HealthOmics は からの最も具体的なエントリを使用します requirements (またはhints、 にエントリがない場合は )requirements。次のリストは、HealthOmics が構成設定を適用するために使用する優先順位を、優先順位が最も低いものから最も高いものまで示しています。

次の例は、ワークフローのさまざまなレベルで omicsRetryOn5xxディレクティブを設定する方法を示しています。この例では、ワークフローレベルの要件がワークフローレベルのヒントを上書きします。タスクレベルとステップレベルの要件設定は、ヒント設定を上書きします。

class: Workflow
# Workflow-level requirement and hint
requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false  # The value in requirements overrides this value 

steps:
  task_step:
    # Step-level requirement
    requirements:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    # Step-level hint
    hints:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    run:
      class: CommandLineTool
      # Task-level requirement
      requirements:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false
      # Task-level hint
      hints:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false      
    

例

以下は、CWL で記述されたワークフローの例です。

cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl            
    

次のファイルはcopy.cwlタスクを定義します。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"      

以下は、GPU 要件を使用して CWL で記述されたワークフローの例です。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []