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Nextflow ワークフロー定義の詳細

HealthOmics は Nextflow DSL1 と DSL2 をサポートしています。詳細については、「Nextflow バージョンのサポート」を参照してください。

Nextflow DSL2 は Groovy プログラミング言語に基づいているため、パラメータは動的であり、型強制は Groovy と同じルールを使用して可能です。入力 JSON によって提供されるパラメータと値は、ワークフローのパラメータ (params) マップで使用できます。

nf-schema および nf-validation プラグインの使用

HealthOmics は Nextflow プラグインに対して次のサポートを提供します。

ストレージ URIs指定

Amazon S3 または HealthOmics URI を使用して Nextflow ファイルまたはパスオブジェクトを作成すると、読み取りアクセスが付与されている限り、一致するオブジェクトがワークフローで使用できるようになります。Amazon S3 URIs では、プレフィックスまたはディレクトリを使用できます。例については「Amazon S3 入力パラメータ形式」を参照してください。

HealthOmics は、Amazon S3 URI または HealthOmics Storage URIs での glob パターンの使用をサポートしています。 URIs HealthOmics path または fileチャネルの作成には、ワークフロー定義で Glob パターンを使用します。

時間ディレクティブを使用した最大タスク期間の設定

HealthOmics は、実行の最大期間を指定するための調整可能なクォータを提供します (「」を参照HealthOmics サービスクォータ）。Nextflow v23 および v24 ワークフローでは、Nextflow 時間ディレクティブを使用して最大タスク期間を指定することもできます。

新しいワークフロー開発中、最大タスク期間を設定すると、実行可能なタスクと長時間実行されるタスクをキャッチするのに役立ちます。

Nextflow 時間ディレクティブの詳細については、Nextflow リファレンスの「時間ディレクティブ」を参照してください。

HealthOmics は、Nextflow 時間ディレクティブに対して次のサポートを提供します。

タイムアウト期間は、、ms、、mhまたは の 1 sつ以上の単位を使用して指定しますd。Nextflow 設定ファイルとワークフロー定義で時間ディレクティブを指定できます。次のリストは、優先度が最低から最高までの優先順位を示しています。

次の例は、Nextflow 設定ファイルでグローバル設定を指定する方法を示しています。グローバルタイムアウトを 1 時間 30 分に設定します。

process {
    time = '1h30m'
}     

次の例は、ワークフロー定義のタスクセクションでタイムディレクティブを指定する方法を示しています。この例では、タイムアウトを 3 日、5 時間、4 分に設定します。この値は、設定ファイルのグローバル値よりも優先されますが、設定ファイルの my_labelのタスク固有の時間ディレクティブよりも優先されません。

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

次の例は、名前またはラベルセレクタに基づいて、Nextflow 設定ファイルでタスク固有の時間ディレクティブを指定する方法を示しています。この例では、グローバルタスクのタイムアウト値を 30 分に設定します。タスクの値は 2 時間に設定myTaskし、ラベルが のタスクの値は 3 時間に設定しますmy_label。セレクターに一致するタスクの場合、これらの値はグローバル値とワークフロー定義の値よりも優先されます。

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

タスクコンテンツのエクスポート

Nextflow で記述されたワークフローの場合、タスクコンテンツを出力 Amazon S3 バケットにエクスポートする publishDir ディレクティブを定義します。次の例に示すように、publishDir 値を に設定します/mnt/workflow/pubdir。Amazon S3 にファイルをエクスポートするには、ファイルがこのディレクトリにある必要があります。

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }