HealthOmics ワークフロー定義の要件

タスクでは、入出力パラメータ、Amazon ECR コンテナリポジトリ、メモリや CPU 割り当てなどのランタイム仕様を定義する必要があります。

IAM ロールに必要なアクセス許可があることを確認します。

ワークフロー定義で出力ファイルを宣言します。中間実行ファイルを出力場所にコピーするには、それらをワークフロー出力として宣言します。

入力場所と出力場所は、ワークフローと同じリージョンにある必要があります。

HealthOmics ストレージワークフロー入力は ACTIVEステータスである必要があります。HealthOmics は ARCHIVEDステータスの入力をインポートせず、ワークフローが失敗します。Amazon S3 オブジェクト入力の詳細については、「」を参照してくださいHealthOmics 実行入力。

ZIP アーカイブに単一のワークフロー定義または「main」という名前のファイルが含まれている場合、ワークフローmainの場所はオプションです。

Amazon S3 またはローカルドライブからワークフローを作成する前に、ワークフロー定義ファイルとサブワークフローなどの依存関係の zip アーカイブを作成します。

ワークフロー内の Amazon ECR コンテナを Amazon ECR アクセス許可を検証するための入力パラメータとして宣言することをお勧めします。

/bin

Nextflow ワークフロー定義には、実行可能スクリプトを含む /bin フォルダを含めることができます。このパスには、タスクへの読み取り専用アクセスと実行可能アクセスがあります。これらのスクリプトに依存するタスクは、適切なスクリプトインタープリタで構築されたコンテナを使用する必要があります。ベストプラクティスは、インタプリタを直接呼び出すことです。例:

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow ベースのワークフロー定義には、パラメータ定義の抽象化やリソースプロファイルの処理に役立つ nextflow.config ファイルを含めることができます。複数の環境で Nextflow パイプラインの開発と実行をサポートするには、includeConfig ディレクティブを使用してグローバル設定に追加する HealthOmics 固有の設定を使用します。移植性を維持するには、次のコードを使用して HealthOmics で実行されている場合にのみ ファイルを含めるようにワークフローを設定します。

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics は、エンジン生成のダグ、トレース、実行レポートをサポートしていません。GetRun と GetRunTask API コールの組み合わせを使用して、トレースレポートと実行レポートに代わるものを生成できます。

Container image uri interpolation

HealthOmics では、DockerRequirement の dockerPull プロパティをインライン javascript 式にすることができます。 DockerRequirement 例:

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

これにより、ワークフローへの入力パラメータとしてコンテナイメージ URIs を指定できます。

Javascript expressions

Javascript 式はstrict mode準拠している必要があります。

Operation process

HealthOmics は CWL オペレーションプロセスをサポートしていません。