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HealthOmics ワークフローでライフサイクルを実行する
実行のステータスをモニタリングすることで、実行の進行状況を追跡できます。HealthOmics は、実行がライフサイクルを進むにつれて実行ステータスを更新します。
実行ステータスは、次のいずれかの方法を使用して取得できます。
HealthOmics コンソールには、各実行のステータスがRunsページに表示されます。
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GetRun API オペレーションは、現在の実行ステータスを返します。
EventBridge イベントを使用して実行ステータスをモニタリングできます。詳細については、「での EventBridge の使用 AWS HealthOmics」を参照してください。
実行ステータス値
実行を開始すると、HealthOmics は実行ステータスを に設定しますPending。実行がライフサイクルを進むにつれて、HealthOmics はステータス値を更新して現在の進行状況を反映します。
注記
Running 以外の実行ステータスでは料金は発生しません。詳細については、次のセクションを参照ください。
HealthOmics は、次の実行ステータス値をサポートしています。
- 保留中
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実行はキューにあり、開始を待っています。通常、実行は開始するまで短期間保留中のままになります。
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多数のジョブを同時に送信すると、実行は保留状態になることがあります。
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実行は、アカウントが同時実行の最大数に達した後も保留中のままになります。
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実行がリソースの最大値のいずれかに達した実行グループの一部である場合、実行は保留中のままになります。
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特定のキューに入れられた実行が他の実行よりも先に開始されるように、実行の優先順位を調整できます。実行優先度の詳細については、「」を参照してください実行優先度。
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- スタート
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HealthOmics は実行を作成し、実行に必要なリソース (一時実行ストレージやエンジンノードなど) をプロビジョニングします。
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HealthOmics は、実行の開始時に一時実行ストレージをプロビジョニングし、実行が停止しているときに実行ストレージのプロビジョニングを解除します。
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- 実行中
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インポートプロセス、各タスクの処理、およびエクスポートプロセス中、実行は実行中ステータスのままになります。
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HealthOmics は、入力ファイルを一時実行ストレージファイルシステムにインポートします。入力ファイルは読み取り専用であり、タスクがワークフロー内の他のタスクへの入力を変更できないようにします。
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ファイルのエクスポート中、HealthOmics は実行ストレージファイルシステムから S3 の場所に出力ファイルをエクスポートします。
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HealthOmics は、実行ステータスが実行中の間、実行ログとタスクログを CloudWatch にリアルタイムで配信します。詳細については、「CloudWatch のログ 」を参照してください。
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- 停止中
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エクスポートプロセスが完了すると、実行は停止ステータスに移行します。
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HealthOmics は、すべてのリソース (実行ストレージファイルシステムとエンジンノードを含む) のプロビジョニングを解除します。
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- 完了
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HealthOmics がリソースのプロビジョニング解除を完了すると、実行は完了に移行します。
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HealthOmics はすべての実行タスクを完了し、エラーなしで出力データをエクスポートしました。
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実行出力は、指定された Amazon S3 URI 出力場所で使用できます。WDL および CWL の場合、HealthOmics は に関する情報を提供する実行出力概要ファイルを生成しますHealthOmics 実行出力。
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最終実行マニフェストログとエンジンログ (該当する場合) は、CloudWatch で入手できます。
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タスクの再試行をサポートする実行の場合、完了ステータスの実行には、失敗した 1 つ以上のタスクを含めることができます。失敗したタスクごとにタスクの再試行が成功する限り、HealthOmics は実行を完了に移行します。HealthOmics は各再試行に新しいタスク ID を割り当てるため、実行には失敗した試行と完了した試行のタスク IDs が含まれます。
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- 失敗
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HealthOmics で 1 つ以上のエラーが発生し、すべての実行タスクを完了できませんでした。
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HealthOmics がリソースのプロビジョニングを解除している間、失敗した実行は停止ステータスに移行します。
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- Cancelled (キャンセル)
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ユーザーが実行をキャンセルするリクエストを開始しました。
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HealthOmics は実行中のタスクを停止し、すべてのリソースのプロビジョニングを解除します。
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ユーザーが実行をキャンセルしても、HealthOmics は実行出力データをエクスポートしません。キャンセルされた実行の中間ファイルにアクセスすることはできません。
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アカウントでは、キャンセル前に実行中のステータス中に実行が消費したタスクとリソースに対して料金が発生します。
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保留中または開始中のステータスで実行をキャンセルした場合、料金は発生しません。
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タスクの再試行
実行中にタスクが失敗した場合、HealthOmics は次の状況でタスクを再度再試行します。
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WDL ワークフローの場合、HealthOmics は、サービスエラー (5XX HTTP ステータスコード) が原因でタスクが失敗したときにタスクの再試行をサポートします。
デフォルトでは、HealthOmics は失敗したタスクを最大 2 回再試行します。WDL 定義ファイルを設定することで、タスクの再試行をオプトアウトできます。設定の例については、「HealthOmics ワークフロー定義のタスクリソース」を参照してください。
Nextflow ワークフローでは、ワークフロー定義でタスクの再試行条件を設定できます。
実行内のすべてのタスクが最終的に完了した場合、再試行が必要であっても、HealthOmics は実行を完了に移行します。
HealthOmics は各再試行に新しいタスク ID を割り当てるため、実行には失敗した試行と完了した試行のタスク IDs が含まれます。
実行ステータスの料金への影響
実行ステータスが実行中の場合、アカウントで料金が発生することがあります。他の実行ステータスでは料金は発生しません。たとえば、実行が開始または停止中の場合、リソースには料金はかかりません。
Running ステータスの実行には、次の請求への影響があります。
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実行ステータスが実行中である間は、アカウントで実行ストレージファイルシステムの使用量に対して料金が発生します。実行ストレージタイプの詳細については、「」を参照してくださいHealthOmics ワークフローでストレージタイプを実行する。
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アカウントでは、ワークフロー定義の各タスクに指定したコンピューティングリソースとメモリリソース、およびタスク期間に基づいて、実行中のタスクに対して料金が発生します。詳細については、「HealthOmics タスクのコンピューティングとメモリの要件」を参照してください。
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各タスクの最小請求しきい値は 1 分です。タスクを 1 分未満実行した場合、最低 1 分間の使用に対して料金が発生します。可能であれば、小さなタスクをグループ化してコストを最適化します。タスクをグループ化すると、複数のシーケンシャルタスクのスピンアップを回避できるため、実行時間も短縮されます。
HealthOmics の料金の詳細については、HealthOmics の料金
