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HealthOmics 実行出力

WDL または CWL の実行が完了すると、出力には、実行によって生成されたすべての出力を一覧表示する出力概要ファイル (JSON 形式) が含まれます。出力概要ファイルは、次の目的で使用できます。

WDL の出力概要を実行する

WDL の実行が完了すると、HealthOmics は という名前の出力概要ファイルを作成しますoutput.json。

ワークフローの出力ごとに、 ファイルに対応するキーと値のペアがあります。キーには、ワークフロー名と出力名が の形式で含まれますWorkflowName.output_name。ファイル出力の場合、値はファイルが保存されている S3 の出力場所を指す S3 URI です。Array[File] 出力の場合、値は S3 URIs。

次の例は、 という名前のワークフローの output.json ファイルを示していますBWAMappingWorkflow。

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

ワークフローがファイル以外のタイプ (文字列、Int、Float、Bool など) の出力を生成する場合、フィールド値は JSON プリミティブです。例:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

CWL の出力概要を実行する

CWL 実行が完了すると、HealthOmics は次のoutputs.json場所に という名前の出力概要ファイルを作成します。

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

出力概要ファイルには出力のリストが含まれています。各出力はキーと値のペアで、キーは出力の名前です。値は、次のプロパティを含むオブジェクトです。

次の例では、output.json ファイルに 2 つの出力ファイルのリストがあります。

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}