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Creazione di flussi di lavoro privati in HealthOmics
I flussi di lavoro privati dipendono da una varietà di risorse create e configurate prima di creare il flusso di lavoro:
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Workflow definition file:Un file di definizione del flusso di lavoro scritto in WDLNextflow, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include inoltre le specifiche per le attività di esecuzione ed esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in
.zipformato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro.-
Puoi utilizzare Amazon Q CLI per creare e convalidare i tuoi file di definizione del flusso di lavoro in WDL, Nextflow e CWL. Per ulteriori informazioni, consulta le istruzioni di esempio per la CLI di Amazon Q e il tutorial sull'intelligenza artificiale generativa HealthOmics Agentic
su. GitHub
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(Optional) Parameter template file:Un file modello di parametro scritto in. JSON Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello dei parametri. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.
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Amazon ECR container images:Crea un repository Amazon ECR privato per il flusso di lavoro. Crea immagini di container nel repository privato o sincronizza il contenuto di un registro upstream supportato con il tuo repository privato Amazon ECR.
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(Optional) Sentieon licenses:Richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il software in flussi di lavoro privatiSentieon.
Facoltativamente, è possibile eseguire un linter sulla definizione del flusso di lavoro prima o dopo la creazione del flusso di lavoro. L'linterargomento descrive i linter disponibili in. HealthOmics
