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Creazione o aggiornamento di un flusso di lavoro
Per creare un flusso di lavoro privato, devi:
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Workflow definition file:Un file di definizione del flusso di lavoro scritto in WDLNextflow, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include inoltre le specifiche per le attività di esecuzione ed esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in
.zipformato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics.-
Puoi utilizzare Amazon Q CLI per creare e convalidare i tuoi file di definizione del flusso di lavoro in WDL, Nextflow e CWL. Per ulteriori informazioni, consulta le istruzioni di esempio per la CLI di Amazon Q e il tutorial sull'intelligenza artificiale generativa HealthOmics Agentic
su. GitHub
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(Optional) Parameter template file:Un file modello di parametro scritto in. JSON Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello dei parametri. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.
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Amazon ECR container images:Crea repository Amazon ECR privati per ogni contenitore utilizzato nel flusso di lavoro. Crea immagini di container per il flusso di lavoro e memorizzale in un repository privato oppure sincronizza il contenuto di un registro upstream supportato con il tuo repository privato ECR.
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(Optional) Sentieon licenses:Richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il software in flussi di lavoro privatiSentieon.
Per i file di definizione del flusso di lavoro più grandi di 4 MiB (compressi), scegli una di queste opzioni durante la creazione del flusso di lavoro:
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Carica in una cartella Amazon Simple Storage Service e specifica la posizione.
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Carica su un repository esterno (dimensione massima 1 GiB) e specifica i dettagli del repository.
Dopo aver creato un flusso di lavoro, è possibile aggiornare le seguenti informazioni sul flusso di lavoro con l'operazione: UpdateWorkflow
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Nome
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Descrizione
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Tipo di archiviazione predefinito
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Capacità di archiviazione predefinita (con ID del flusso di lavoro)
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File README.md
Per modificare altre informazioni nel flusso di lavoro, crea un nuovo flusso di lavoro o una nuova versione del flusso di lavoro.
Utilizza il controllo delle versioni del flusso di lavoro per organizzare e strutturare i flussi di lavoro. Le versioni consentono inoltre di gestire l'introduzione di aggiornamenti iterativi del flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni sulle versioni, consulta Creare una versione del flusso di lavoro.
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