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HealthOmics integrazione del flusso di lavoro con repository basati su Git
Quando crei un flusso di lavoro (o una versione del flusso di lavoro), fornisci una definizione del flusso di lavoro per specificare informazioni sul flusso di lavoro, sulle esecuzioni e sulle attività. HealthOmics può recuperare la definizione del flusso di lavoro come archivio.zip (archiviato localmente o in un bucket Amazon S3) o da un repository basato su Git supportato.
L' HealthOmics integrazione con i repository basati su Git consente le seguenti funzionalità:
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Creazione diretta di flussi di lavoro da istanze pubbliche, private e autogestite.
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Integrazione di file README e modelli di parametri del flusso di lavoro dai repository.
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Support per GitHub e GitLab repository Bitbucket.
Utilizzando un repository basato su Git, eviti i passaggi manuali di download dei file di definizione del flusso di lavoro e dei file modello dei parametri di input, la creazione di un archivio.zip e quindi l'archiviazione temporanea su S3. Ciò semplifica la creazione di flussi di lavoro per scenari come i seguenti esempi:
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Vuoi iniziare rapidamente a utilizzare un flusso di lavoro open source comune, come nf-core. HealthOmicsrecupera automaticamente tutti i file di definizione del flusso di lavoro e dei modelli dei parametri di input dal repository nf-core in poi GitHub e utilizza questi file per creare il nuovo flusso di lavoro.
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Stai utilizzando un flusso di lavoro pubblico da GitHub e saranno disponibili alcuni nuovi aggiornamenti. È possibile creare facilmente una nuova versione del HealthOmics flusso di lavoro utilizzando la definizione aggiornata del flusso di lavoro GitHub come origine. Gli utenti del flusso di lavoro possono scegliere tra il flusso di lavoro originale o la nuova versione del flusso di lavoro che hai creato.
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Il tuo team sta creando una pipeline proprietaria che non è pubblica. Conservi il codice in un repository git privato e usi questa definizione di flusso di lavoro per i tuoi flussi di lavoro. HealthOmics Il team aggiorna frequentemente la definizione del flusso di lavoro come parte di un ciclo di vita iterativo di sviluppo del flusso di lavoro. È possibile creare facilmente nuove versioni del flusso di lavoro in base alle esigenze dal proprio archivio privato.
Argomenti
Repository basati su Git supportati
HealthOmics supporta repository pubblici e privati per i seguenti provider basati su Git:
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GitHub
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GitLab
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Bitbucket
HealthOmics supporta repository autogestiti per i seguenti provider basati su Git:
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GitHubEnterpriseServer
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GitLabSelfManaged
HealthOmics supporta l'uso di connessioni tra account per GitHub, e Bitbucket. GitLab Configura le autorizzazioni condivise tramite AWS Resource Access Manager. Per un esempio, consulta Connessioni condivise nella guida per l'CodePipeline utente.
Configura le connessioni a repository di codice esterni
Connect i tuoi flussi di lavoro a repository basati su Git utilizzando AWS. CodeConnection HealthOmics utilizza questa connessione per accedere ai tuoi repository di codice sorgente.
Nota
Il CodeConnections servizio AWS non è disponibile nella regione TLV. Per questa regione, configura le connessioni IAD del servizio per creare flussi di lavoro o versioni del flusso di lavoro da un repository.
Creazione di una connessione
Prima di creare connessioni, segui le istruzioni in Configurazione delle connessioni nella Guida per l'utente degli strumenti della Developer Console.
Per creare una connessione, segui le istruzioni riportate in Creare una connessione nella Developer Console Tools User Guide.
Configura l'autorizzazione per la connessione
È necessario autorizzare la connessione utilizzando il OAuth flusso del provider. Assicurati che lo stato della connessione sia valido AVAILABLE prima di utilizzarla.
Per esempi, consulta il post del blog Come creare un AWS HealthOmics flusso di lavoro dal contenuto in Git
Accesso agli archivi autogestiti
Per configurare le connessioni a un repository GitLab autogestito, utilizza un token di accesso personale di amministrazione durante la creazione di un host. La successiva creazione della connessione accede a Oauth con l'account del cliente.
L'esempio seguente configura una connessione a un repository autogestito: GitLab
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Configura l'accesso al token di accesso personale di un utente amministratore.
Per configurare un PAT in un repository GitLab autogestito, vedi Token di accesso personali in Docs.
GitLab -
Creazione di un host
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Vai a >Impostazioni>Connessioni. CodePipeline
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Scegli la scheda Host, quindi scegli Crea host.
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Configura i campi seguenti:
Inserisci il nome dell'host
Per il tipo di provider, scegli GitLab Self Managed
Inserisci l'URL dell'host
Inserisci le informazioni sul VPC se l'host è definito in un VPC
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Scegli Create Host, che crea l'host nello stato PENDING.
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Per completare la configurazione, scegli Configura host.
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Inserisci il Personal Access Token (PAT) di un utente amministratore, quindi scegli Continua.
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Crea la connessione
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Scegli Crea connessioni nella scheda Connessioni.
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Per il tipo di provider, seleziona GitLab Autogestito.
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In Impostazioni di connessione > Inserisci il nome della connessione, inserisci l'URL dell'host che hai creato in precedenza.
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Se l'istanza GitLab autogestita è accessibile solo tramite un VPC, configura i dettagli del VPC.
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Scegli Aggiorna connessione in sospeso. La finestra modale ti reindirizza alla pagina di accesso. GitLab
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Inserisci il nome utente e la password per l'account cliente e completa il processo di autorizzazione.
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Per la prima configurazione, scegli Authorize AWS Connector for Gitlab Self Managed.
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Quote relative a repository di codice esterni
Per HealthOmics l'integrazione con gli archivi di codice esterni, è prevista una dimensione massima per un repository, ogni file di repository e ogni file README. Per informazioni dettagliate, vedi HealthOmics quote a dimensione fissa per il flusso di lavoro.
Autorizzazioni IAM richieste
Aggiungi le seguenti azioni alla tua policy IAM basata sull'identità:
"codeconnections:CreateConnection", "codeconnections:GetConnection", "codeconnections:GetHost", "codeconnections:ListConnections", "codeconnections:UseConnection"
