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Guida introduttiva con HealthOmics
Per iniziare HealthOmics, assicurati di aver configurato correttamente le autorizzazioni e i ruoli IAM per HealthOmics.
Utilizzo di un flusso di lavoro Ready2Run nella console HealthOmics
L'esercizio seguente mostra come utilizzare un flusso di lavoro Ready2Run. Un flusso di lavoro Ready2Run è preconfigurato con i parametri e i riferimenti agli strumenti necessari per eseguire il flusso di lavoro. L'editore del workflow fornisce dati di esempio, quindi non è necessario creare dati propri.
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Apri la HealthOmics console
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Seleziona il pannello di navigazione (≡) in alto a sinistra e seleziona Ready2Run Workflows.
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Nella pagina Flussi di lavoro Ready2Run, scegli il flusso di lavoro. ESMFold for up to 800 residues La console apre la pagina dei dettagli per quel flusso di lavoro.
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La scheda dei dettagli fornisce informazioni sul flusso di lavoro. Per provare il flusso di lavoro, seleziona Avvia esecuzione in alto a destra della pagina.
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Nella pagina Specificare i dettagli della corsa, inserisci un nome di esecuzione.
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Inserisci o seleziona una posizione Amazon S3 per l'output di esecuzione.
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Per la modalità di conservazione dei metadati Run, scegli se conservare o rimuovere i metadati runmeta.
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Nel pannello Ruolo di servizio, scegli Crea e usa un nuovo ruolo di servizio.
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Scegli Next (Successivo).
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Nella pagina Aggiungi valori dei parametri, scegli Esegui flusso di lavoro con dati di test Ready2Run.
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Scegli Next (Successivo).
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Controlla i dati immessi, quindi scegli Avvia esecuzione.
Esempi di istruzioni per Amazon Q CLI
La CLI di Amazon Q può eseguire flussi di lavoro genomici e attività di analisi utilizzando comandi in AWS HealthOmics linguaggio naturale. I seguenti prompt di esempio consentono di creare flussi di lavoro, gestire esecuzioni e analizzare dati genomici. Per ulteriori informazioni e suggerimenti di esempio, consulta il tutorial sull'intelligenza artificiale generativa di HealthOmics Agentic su. HealthOmics
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«Crea un file di workflow WDL 1.1 su cui verrà eseguito.
main.wdlHealthOmics Il flusso di lavoro utilizzerà un genoma di riferimento come input e coppie di file fastq. Indicizzerà il genoma di riferimento utilizzando BWA e quindi mapperà ogni coppia di file fastq sul riferimento. Infine unisci ogni BAM mappato in un singolo file BAM e restituisci questo file e il suo indice bai.» -
«Package del workflow e crealo in HealthOmics»
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«Aggiorna il file inputs.json per utilizzare file reali dal mio bucket Amazon S3" (
omics-my-bucket-with-genome-datafornisci una posizione specifica per il bucket Amazon S3 o lascia che Amazon Q esplori) -
«Trova contenitori adatti nei miei repository Amazon ECR e aggiorna inputs.json per utilizzarli»
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«Trova o crea un ruolo IAM adatto da utilizzare durante l'esecuzione del flusso di lavoro»
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«Crea una cache di esecuzione per il mio flusso di lavoro»
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«Esegui il flusso di lavoro in HealthOmics»
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«Controlla lo stato della corsa»
avvertimento
Quando lavori con Amazon Q CLI, esamina tutti i contenuti generati e le azioni proposte prima di procedere. Fornisci feedback per migliorare la qualità della risposta e soddisfare i requisiti del tuo flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni, consulta Considerazioni sulla sicurezza e best practice per Amazon Q.
