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Esegui il ciclo di vita in un flusso di lavoro HealthOmics
È possibile tenere traccia dell'avanzamento di una corsa monitorando lo stato dell'esecuzione. HealthOmics aggiorna lo stato di esecuzione man mano che l'esecuzione procede nel suo ciclo di vita.
È possibile recuperare lo stato di esecuzione utilizzando uno dei seguenti metodi:
La HealthOmics console visualizza lo stato di ogni esecuzione sulla Runs pagina.
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L'operazione GetRun API restituisce lo stato di esecuzione corrente.
È possibile monitorare lo stato dell'esecuzione utilizzando EventBridge gli eventi. Per ulteriori informazioni, consulta Utilizzo EventBridge con AWS HealthOmics.
Argomenti
Valori dello stato di esecuzione
Quando si avvia una corsa, HealthOmics imposta lo stato dell'esecuzione suPending. Man mano che l'esecuzione procede nel suo ciclo di vita, HealthOmics aggiorna il valore dello stato in base all'avanzamento corrente.
Nota
Non sono previsti addebiti durante uno stato di esecuzione diverso da In esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta la prossima sezione.
HealthOmics supporta i seguenti valori di stato di esecuzione:
- Pending (In attesa)
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La corsa è in coda, in attesa di inizio. Le esecuzioni in genere rimangono in sospeso per un breve periodo prima di iniziare.
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Le esecuzioni possono rimanere in sospeso più a lungo se si inviano più lavori contemporaneamente.
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Le esecuzioni rimangono in sospeso dopo che l'account ha raggiunto il numero massimo di esecuzioni simultanee.
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Un'esecuzione rimane in sospeso se fa parte di un gruppo di esecuzioni che ha raggiunto uno dei valori massimi relativi alle risorse.
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È possibile modificare le priorità delle esecuzioni in modo che le esecuzioni specifiche in coda inizino prima delle altre. Per ulteriori informazioni sulla priorità di esecuzione, vedere. Priorità di esecuzione
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- Avvio in corso
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HealthOmics crea l'esecuzione e fornisce le risorse necessarie per l'esecuzione (ad esempio lo storage temporaneo e il nodo del motore).
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HealthOmics fornisce lo storage temporaneo di esecuzione all'inizio dell'esecuzione e defornisce lo storage di esecuzione quando l'esecuzione è in fase di arresto.
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- In esecuzione
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Un'esecuzione rimane nello stato In esecuzione durante il processo di importazione, l'elaborazione di ogni attività e il processo di esportazione.
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HealthOmics importa i file di input nel file system temporaneo di archiviazione di esecuzione. I file di input sono di sola lettura, per evitare che le attività modifichino gli input in altre attività di un flusso di lavoro.
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Durante l'esportazione dei file, HealthOmics esporta i file di output dal file system run storage alla posizione S3.
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HealthOmics invia i registri di esecuzione e i registri delle attività CloudWatch in tempo reale mentre lo stato di esecuzione è In esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta Effettua il login CloudWatch .
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- In arresto
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Dopo il completamento del processo di esportazione, l'esecuzione passa allo stato Arresto.
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HealthOmics defornisce tutte le risorse (inclusi il file system run storage e il nodo del motore).
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- Completato
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L'esecuzione passa a Completed dopo aver HealthOmics completato il deprovisioning delle risorse.
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HealthOmics ha completato tutte le attività di esecuzione ed esportato i dati di output senza errori.
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Gli output di esecuzione sono disponibili nella posizione di output URI di Amazon S3 specificata. Per WDL e CWL, HealthOmics genera un file di riepilogo dell'output di esecuzione, che fornisce informazioni su. HealthOmics esegui uscite
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I registri del manifesto di esecuzione finale e i registri del motore (se applicabili) sono disponibili in. CloudWatch
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Per le esecuzioni che supportano nuovi tentativi di attività, un'esecuzione con lo stato Completata può includere una o più attività non riuscite. Se un nuovo tentativo di operazione ha avuto esito positivo per ogni operazione non riuscita, HealthOmics passa l'esecuzione a Completata. HealthOmics assegna un nuovo ID di attività a ogni nuovo tentativo, in modo che l'esecuzione includa l'attività IDs relativa ai tentativi falliti e al tentativo completato.
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- Non riuscito
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HealthOmics ha rilevato uno o più errori e non è riuscito a completare tutte le attività di esecuzione.
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Un'esecuzione non riuscita passa allo stato di arresto mentre HealthOmics depredispone le risorse.
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- Annullato
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Un utente ha avviato una richiesta di annullamento dell'esecuzione.
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HealthOmics interrompe tutte le attività in esecuzione e predispone tutte le risorse.
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HealthOmics non esporta alcun dato di output di esecuzione quando un utente annulla un'esecuzione. Non hai accesso a nessun file intermedio per un'esecuzione annullata.
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All'account vengono addebitati i costi per le attività e le risorse utilizzate dall'esecuzione durante lo stato In esecuzione prima dell'annullamento.
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Non ci sono costi se si annulla un'esecuzione con lo stato In sospeso o In corso.
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Ritentativi di attività
HealthOmics supporta nuovi tentativi di attività per attività che non riescono a causa di errori di servizio (codici di stato HTTP 5XX).
Se alla fine tutte le attività in esecuzione vengono completate, anche se sono stati necessari nuovi tentativi, l'esecuzione HealthOmics passa a Completata. HealthOmics assegna un nuovo ID di attività a ogni nuovo tentativo, in modo che l'esecuzione includa l'attività IDs relativa ai tentativi falliti e al tentativo completato.
Il comportamento predefinito dei nuovi tentativi dipende dal linguaggio di definizione utilizzato dal flusso di lavoro. L'impostazione predefinita per Nextflow non prevede nuovi tentativi. Per WDL e CWL, HealthOmics tenta fino a due nuovi tentativi di un'operazione non riuscita, ma è possibile disattivare il nuovo tentativo per attività specifiche o per tutte le attività di un flusso di lavoro. Un nuovo tentativo di operazione è utile per risolvere gli errori di servizio intermittenti. Tuttavia, potresti prendere in considerazione la possibilità di rinunciare a un'attività idempotente.
Per informazioni specifiche su ciascun linguaggio di definizione del flusso di lavoro, consulta i seguenti argomenti:
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WDL — Configura il comportamento di ripetizione delle attività nella definizione del flusso di lavoro. Vedere Configurazione del comportamento di ripetizione delle attività WDL.
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Nextflow: configura il comportamento di ripetizione delle attività nel file di configurazione di Nextflow o nella definizione del flusso di lavoro. Vedi Configurare il comportamento di ripetizione delle attività di Nextflow.
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CWL — Configura il comportamento di ripetizione delle attività nella definizione del flusso di lavoro. Vedi Configurazione del comportamento di ripetizione delle attività CWL.
Implicazioni relative ai prezzi dello stato di esecuzione
Il tuo account può incorrere in addebiti mentre lo stato di esecuzione è In esecuzione. Non sono previsti addebiti durante nessun altro stato di esecuzione. Ad esempio, non è previsto alcun addebito per le risorse quando la corsa è in corso o interrotta.
Un'esecuzione con lo stato In esecuzione ha le seguenti implicazioni di fatturazione:
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All'account vengono addebitati costi per l'utilizzo del file system Run Storage mentre lo stato di esecuzione è In esecuzione. Per informazioni sui tipi di run storage, vedere. Esegui tipi di storage nei flussi HealthOmics di lavoro
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All'account vengono addebitati costi per l'esecuzione delle attività, in base alle risorse di calcolo e di memoria specificate per ciascuna attività nella definizione del flusso di lavoro e in base alla durata dell'attività. Per ulteriori informazioni, consulta Requisiti di calcolo e memoria per le attività HealthOmics .
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Ogni attività ha una soglia di fatturazione minima di un minuto. Se esegui un'attività per meno di un minuto, ti verrà addebitato un costo per almeno un minuto di utilizzo. Se possibile, raggruppa piccole attività per ottimizzare i costi. Il raggruppamento delle attività riduce anche i tempi di esecuzione evitando la creazione di più attività sequenziali.
Per ulteriori informazioni sui HealthOmics prezzi, consulta la pagina Prezzi. HealthOmics
