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Specifiche della definizione del flusso di lavoro Nextflow

HealthOmics supporta Nextflow e. DSL1 DSL2 Per informazioni dettagliate, vedi Supporto per la versione Nextflow.

Nextflow si DSL2 basa sul linguaggio di programmazione Groovy, quindi i parametri sono dinamici e la coercizione dei tipi è possibile utilizzando le stesse regole di Groovy. I parametri e i valori forniti dall'input JSON sono disponibili nella mappa parameters () del flusso di lavoro. params

Utilizzo dei plugin nf-schema e nf-validation

HealthOmics fornisce il seguente supporto per i plugin Nextflow:

Specificare lo storage URIs

Quando un Amazon S3 o un HealthOmics URI viene utilizzato per costruire un file o un oggetto di percorso Nextflow, rende l'oggetto corrispondente disponibile per il flusso di lavoro, purché sia concesso l'accesso in lettura. L'uso di prefissi o directory è consentito per Amazon S3. URIs Per alcuni esempi, consulta Formati dei parametri di input di Amazon S3.

HealthOmics supporta l'uso di modelli glob in Amazon URIs S3 HealthOmics o Storage. URIs Usa i pattern Glob nella definizione del flusso di lavoro per la creazione dei path nostri canali. file

Impostazione della durata massima delle attività utilizzando le direttive temporali

HealthOmics fornisce una quota regolabile (vediHealthOmics quote di servizio) per specificare la durata massima di un'esecuzione. Per i flussi di lavoro Nextflow v23 e v24, puoi anche specificare la durata massima delle attività utilizzando le direttive temporali di Nextflow.

Durante lo sviluppo di nuovi flussi di lavoro, l'impostazione della durata massima delle attività consente di catturare attività inutili e attività di lunga durata.

Per ulteriori informazioni sulla direttiva time di Nextflow, consulta la direttiva time nel riferimento di Nextflow.

HealthOmics fornisce il seguente supporto per le direttive temporali di Nextflow:

Specificate la durata del timeout utilizzando una o più delle seguenti unità:ms,, s mh, o. d È possibile specificare le direttive temporali nel file di configurazione di Nextflow e nella definizione del flusso di lavoro. L'elenco seguente mostra l'ordine di precedenza, dalla priorità più bassa a quella più alta:

L'esempio seguente mostra come specificare la configurazione globale nel file di configurazione Nextflow. Imposta un timeout globale di 1 ora e 30 minuti:

process {
    time = '1h30m'
}     

L'esempio seguente mostra come specificare una direttiva temporale nella sezione delle attività della definizione del flusso di lavoro. Questo esempio imposta un timeout di 3 giorni, 5 ore e 4 minuti. Questo valore ha la precedenza sul valore globale nel file di configurazione, ma non ha la precedenza su una direttiva temporale specifica per l'attività nel file di configurazione: my_label

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

L'esempio seguente mostra come specificare le direttive temporali specifiche dell'attività nel file di configurazione Nextflow, in base ai selettori di nome o etichetta. Questo esempio imposta un valore di timeout globale dell'attività di 30 minuti. Imposta un valore di 2 ore per l'attività myTask e imposta un valore di 3 ore per le attività con etichettamy_label. Per le attività che corrispondono al selettore, questi valori hanno la precedenza sul valore globale e sul valore nella definizione del flusso di lavoro:

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

Esportazione del contenuto delle attività

Per i flussi di lavoro scritti in Nextflow, definisci una direttiva PublishDir per esportare il contenuto delle attività nel tuo bucket Amazon S3 di output. Come mostrato nell'esempio seguente, imposta il valore PublishDir su. /mnt/workflow/pubdir Per esportare file in Amazon S3, i file devono trovarsi in questa directory.

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }