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Specifiche della definizione del flusso di lavoro CWL

I flussi di lavoro scritti in Common Workflow Language, o CWL, offrono funzionalità simili ai flussi di lavoro scritti in WDL e Nextflow. Puoi utilizzare Amazon S3 o HealthOmics lo storage URIs come parametri di input.

Se definisci l'input in un SecondaryFile in un flusso di lavoro secondario, aggiungi la stessa definizione nel flusso di lavoro principale.

HealthOmics i flussi di lavoro non supportano i processi operativi. Per ulteriori informazioni sui processi operativi nei flussi di lavoro CWL, consultate la documentazione CWL.

La migliore pratica consiste nel definire un flusso di lavoro CWL separato per ogni contenitore utilizzato. Ti consigliamo di non codificare la voce DockerPull con un URI Amazon ECR fisso.

Converti i flussi di lavoro CWL da utilizzare HealthOmics

Per convertire una definizione di workflow CWL esistente da utilizzare HealthOmics, apportate le seguenti modifiche:

Disattiva la ripetizione dell'attività utilizzando omicsRetryOn5xx

HealthOmics supporta nuovi tentativi di attività se l'operazione non è riuscita a causa di errori di servizio (codici di stato HTTP 5XX). Per impostazione predefinita, HealthOmics tenta fino a due nuovi tentativi di un'operazione non riuscita. Per ulteriori informazioni su come ripetere l'operazione HealthOmics, vedere. Ritentativi di attività

Per disattivare la ripetizione dell'attività a causa di errori di servizio, configura la omicsRetryOn5xx direttiva nella definizione del flusso di lavoro. È possibile definire questa direttiva in base a requisiti o suggerimenti. Consigliamo di aggiungere la direttiva come suggerimento per la portabilità.

requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false     

I requisiti hanno la precedenza sui suggerimenti. Se l'implementazione di un'attività fornisce un fabbisogno di risorse nei suggerimenti che è fornito anche dai requisiti in un flusso di lavoro allegato, i requisiti di inclusione hanno la precedenza.

Se lo stesso requisito di attività viene visualizzato a livelli diversi del flusso di lavoro, HealthOmics utilizza la voce più specifica di requirements (ohints, se non sono presenti voci). requirements L'elenco seguente mostra l'ordine di precedenza HealthOmics utilizzato per applicare le impostazioni di configurazione, dalla priorità più bassa a quella più alta:

L'esempio seguente mostra come configurare la omicsRetryOn5xx direttiva a diversi livelli del flusso di lavoro. In questo esempio, il requisito a livello di flusso di lavoro ha la precedenza sui suggerimenti a livello di flusso di lavoro. Le configurazioni dei requisiti a livello di attività e fase hanno la precedenza sulle configurazioni dei suggerimenti.

class: Workflow
# Workflow-level requirement and hint
requirements:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false

hints:
  ResourceRequirement:
    omicsRetryOn5xx: false  # The value in requirements overrides this value 

steps:
  task_step:
    # Step-level requirement
    requirements:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    # Step-level hint
    hints:
      ResourceRequirement:
        omicsRetryOn5xx: false
    run:
      class: CommandLineTool
      # Task-level requirement
      requirements:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false
      # Task-level hint
      hints:
        ResourceRequirement:
          omicsRetryOn5xx: false      
    

Esempi

Di seguito è riportato un esempio di flusso di lavoro scritto in CWL.

cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl            
    

Il file seguente definisce l'copy.cwlattività.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"      

Di seguito è riportato un esempio di flusso di lavoro scritto in CWL con un requisito GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []