Specifiche della definizione del flusso di lavoro CWL - AWS HealthOmics

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Specifiche della definizione del flusso di lavoro CWL

I flussi di lavoro scritti in Common Workflow Language, o CWL, offrono funzionalità simili ai flussi di lavoro scritti in WDL e Nextflow. Puoi utilizzare Amazon S3 o HealthOmics lo storage URIs come parametri di input.

Se definisci l'input in un SecondaryFile in un flusso di lavoro secondario, aggiungi la stessa definizione nel flusso di lavoro principale.

HealthOmics i flussi di lavoro non supportano i processi operativi. Per ulteriori informazioni sui processi operativi nei flussi di lavoro CWL, consultate la documentazione CWL.

Per convertire un file di definizione del flusso di lavoro CWL esistente da utilizzare HealthOmics, apportate le seguenti modifiche:

  • Sostituisci tutti i container Docker URIs con Amazon URIs ECR.

  • Assicurati che tutti i file del flusso di lavoro siano dichiarati come input nel flusso di lavoro principale e che tutte le variabili siano definite in modo esplicito.

  • Assicurati che tutto il JavaScript codice sia conforme alla modalità rigorosa.

I flussi di lavoro CWL devono essere definiti per ogni contenitore utilizzato. Non è consigliabile codificare la voce DockerPull con un URI Amazon ECR fisso.

Di seguito è riportato un esempio di flusso di lavoro scritto in CWL. 


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

Il file seguente definisce l'copy.cwlattività.


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

Di seguito è riportato un esempio di flusso di lavoro scritto in CWL con un requisito GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []