HealthOmics esegui uscite - AWS HealthOmics
Esegui il riepilogo dell'output per WDLEsegui il riepilogo dell'output per CWL

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HealthOmics esegui uscite

Al termine di un'esecuzione WDL o CWL, gli output includono un file di riepilogo dell'output (in formato JSON) che elenca tutti gli output prodotti dall'esecuzione. È possibile utilizzare il file di riepilogo dell'output per i seguenti scopi:

  • Determina a livello di codice i file di output generati dall'esecuzione.

  • Verifica che l'esecuzione abbia prodotto tutti gli output previsti.

Esegui il riepilogo dell'output per WDL

Al termine di un'esecuzione WDL, HealthOmics crea un file di riepilogo di output denominato. output.json

Per ogni output del flusso di lavoro, nel file è presente una key/value coppia corrispondente. La chiave contiene il nome del flusso di lavoro e il nome dell'output nel seguente formato:WorkflowName.output_name. Per l'output di un file, il valore è un URI S3 che punta alla posizione di output in S3 in cui è archiviato il file. Per un output Array [File], il valore è un array di S3. URIs

L'esempio seguente mostra il output.json file per un flusso di lavoro denominatoBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}

Se il flusso di lavoro produce output con tipi diversi da file (come String, Int, Float o Bool), il valore del campo è una primitiva JSON. Per esempio:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}

Esegui il riepilogo dell'output per CWL

Al termine di un'esecuzione CWL, HealthOmics crea un file di riepilogo dell'output denominato outputs.json nella seguente posizione:

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

Il file di riepilogo dell'output include un elenco di output. Ogni uscita è una key/value coppia, dove la chiave è il nome dell'output. Il valore è un oggetto che include le seguenti proprietà:

  • location: il percorso completo del file di output

  • basename — La parte del percorso relativa al nome del file

  • class — Il tipo di output, che in genere è File

  • size — La dimensione del file in byte

Nell'esempio seguente, il file output.json ha un elenco di due file di output.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}