Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Dapatkan informasi run

Setelah memulai proses, Anda dapat mengambil status, konfigurasi, dan detail tingkat tugas menggunakan API. HealthOmics Halaman ini menjelaskan cara:

Dapatkan status dan detail lari

Gunakan operasi GetRun API untuk memeriksa status dan mengambil detail dari proses tertentu. Anda memerlukan ID run, yang dikembalikan saat Anda memulai proses.

aws omics get-run --id run_id

Responsnya mencakup status run, detail alur kerja, informasi akselerator, dan stempel waktu. Status lari yang mungkin adalah:

Saat dijalankanCOMPLETED, Anda dapat menemukan file keluaran di bucket keluaran Amazon S3, di folder yang dinamai sesuai dengan ID run.

Contoh tanggapan

Contoh berikut menunjukkan respons untuk menjalankan alur kerja WDL pribadi dengan akselerator GPU:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Bidang kunci dalam respons

Contoh respons untuk menjalankan Nextflow dengan pengaturan engine

Untuk proses Nextflow yang dimulai dengan pengaturan engine, GetRun respons menyertakan engineSettings peta yang mencerminkan nilai yang diterapkan pada proses. Contoh berikut menunjukkan proses yang dimulai dengan versi mesin yang disematkan dan dua profil.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

engineSettingsBidang dikembalikan hanya untuk alur kerja Alur Berikutnya. Untuk alur kerja WDL dan CWL, bidang ini tidak ada dalam respons. Untuk informasi selengkapnya, lihat Tentukan pengaturan mesin Nextflow.

Daftar semua berjalan

Gunakan operasi ListRuns API untuk melihat semua proses yang berjalan di akun Anda:

aws omics list-runs

Respons mengembalikan daftar paginasi run dengan informasi ringkasan termasuk run ID, nama, status, dan stempel waktu. Gunakan --starting-token parameter untuk mengambil halaman tambahan.

Buat daftar tugas dalam proses

Gunakan operasi ListRunTasks API untuk melihat semua tugas diselesaikan dalam proses tertentu:

aws omics list-run-tasks --id run_id

Respons mengembalikan daftar tugas dengan status, alokasi sumber daya, dan informasi waktu.

Dapatkan detail tugas

Gunakan operasi GetRunTask API untuk mendapatkan informasi terperinci tentang tugas tertentu dalam proses:

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

Responsnya mencakup detail tingkat tugas seperti CPU, alokasi memori, gambar kontainer, dan status tugas.

Jalankan metadata di CloudWatch

Setelah proses selesai, HealthOmics kirimkan metadata run ke CloudWatch Log di bawah aliran:

manifest/run/run_id/run_uuid

Manifes mencakup konfigurasi run lengkap, parameter input, intisari sumber daya, dan detail tingkat tugas. Berikut ini adalah contoh manifes:

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

Untuk informasi selengkapnya tentang log yang tersedia CloudWatch untuk HealthOmics dijalankan, lihatPemantauan HealthOmics dengan CloudWatch Log.