Pemantauan HealthOmics dengan CloudWatch Log - AWS HealthOmics
Jenis log untuk HealthOmics alur kerjaLog masuk CloudWatch Log di Amazon S3 CloudWatch Log Interaktif di CLIMengakses CloudWatch Log dari konsol

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Pemantauan HealthOmics dengan CloudWatch Log

HealthOmics menghasilkan berbagai log untuk membantu Anda memahami dan memecahkan masalah proses Anda. Log tersedia di dua tempat: CloudWatch dan Amazon S3.

Secara default, proses telah mengaktifkan logging. Anda secara opsional dapat menonaktifkan logging untuk menjalankan dengan menyetel LogLevel = OFF startrun permintaan.

catatan

Untuk pembaruan layanan, konfigurasikan dan pantau Dashboard Personal Health Anda. Untuk informasi selengkapnya tentang cara mengelola dasbor, lihat Memulai dengan Dasbor AWS Health Anda.

Jenis log untuk HealthOmics alur kerja

HealthOmics menyediakan jenis log berikut untuk alur kerja:

  • Log mesin — Mesin alur kerja yang mendasarinya (Nextflow, WDL, dan CWL) menghasilkan log mesin untuk dijalankan. Log ini dapat membantu Anda memecahkan masalah definisi alur kerja.

  • Jalankan log manifes — Log ini memberikan informasi tingkat tinggi tentang setiap tugas yang dijalankan, seperti status tugas, waktu mulai, waktu berhenti, dan alasan gagal (jika tugas gagal).

    Jalankan log manifes juga melaporkan statistik pemanfaatan sumber daya yang dapat membantu untuk memahami peluang pengoptimalan sumber daya. Statistik ini meliputi:

    • CPUSAverage

    • CPUSMaksimum

    • cpusReserved

    • GPUSreserved

    • memoryAverageGiB

    • memoryMaximumGiB

    • memoryReservedGiB

    • RunningSeconds

  • Run logs — Run logs menyediakan status run secara keseluruhan dan waktu ketika tugas individu dimulai, berjalan, berhenti, dan selesai. Jalankan log juga memberi Anda visibilitas ke langkah-langkah impor dan ekspor file.

  • Log tugas — Log tugas memberikan informasi pencatatan terperinci tentang tugas individual dalam proses Anda. Output dalam log tugas Anda bergantung pada definisi tugas dan di mana Anda menggunakan pernyataan log dalam kode Anda. Jika log tugas Anda tidak memberikan tingkat wawasan yang Anda butuhkan, pertimbangkan untuk menambahkan pernyataan log tambahan ke definisi tugas Anda untuk menghasilkan log tugas yang lebih berwawasan.

  • Jalankan log cache - Jalankan log cache memberikan status keseluruhan cache run dan caching output tugas. Jalankan log cache memberi Anda visibilitas ke dalam klik dan kesalahan cache untuk setiap proses yang menggunakan caching.

  • Outputs.json — Untuk alur kerja WDL dan CWL, HealthOmics mengirimkan file yang dibuat mesin, bernama, ke bucket Amazon S3 Anda setelah proses selesai. outputs.json File ini mencakup daftar dan peta semua output untuk dijalankan.

Log masuk CloudWatch

Anda dapat menemukan log HealthOmics CloudWatch alur kerja di grup log berikut:/aws/omics/WorkflowLog. Selain itu, output dari operasi get-run API menyediakan aliran CloudWatch log ARNs untuk log mesin dan menjalankan log.

Secara default, AWS menyimpan CloudWatch Log tanpa batas. Anda dapat menyesuaikan kebijakan penyimpanan grup log untuk menetapkan periode retensi antara 10 tahun dan satu hari.

Tabel berikut memberikan ringkasan dari CloudWatch Log in HealthOmics.

Nama log Tersedia dalam CloudWatch Log Kapan log tersedia Format aliran log
Log mesin Ya, untuk proses yang gagal

Setelah lari selesai

 jalankan//mesin runID
Jalankan log manifes Ya

Setelah lari selesai

 manifest/lari//runIDrunUUID
Jalankan log Ya Secara real time lari/ runID
Log tugas Ya Secara real time jalankan// tugas/runIDtaskID
Jalankan log cache Ya Secara real time Runcache//runCacheIdrunCacheUUID
Outputs.json (WDL dan CWL) Tidak tidak berlaku T/A

Log di Amazon S3

Setelah proses selesai, log mesin dikirim ke bucket S3 Anda dan tersedia tanpa batas hingga Anda menghapusnya. Log ini terletak di direktori log dari URI keluaran S3 yang Anda tentukan untuk alur kerja.

Jalur ke direktori log memiliki format berikut:s3://{user_provided_path}/logs/.

Tabel berikut memberikan ringkasan HealthOmics log yang tersedia di bucket Amazon S3 Anda.

Nama log Tersedia di Amazon S3 Kapan log tersedia Jalur aliran log
Log mesin Ya Setelah lari selesai s3:///logs/engine.log user_provided_path
Outputs.json (WDL dan CWL) Ya

Setelah lari selesai

 s3:///user_provided_path/runID/logs/outputs.json runUUID
Jalankan log manifes, jalankan log, dan log tugas Tidak tidak berlaku T/A

CloudWatch Log Interaktif di CLI

Anda dapat melihat CloudWatch Log secara interaktif menggunakan perintah Live Tail dalam mode interaktif. Anda dapat melacak kemajuan run secara real time dan menentukan hingga 5 kata kunci untuk disorot di log:

aws logs start-live-tail  \
  --mode interactive  \
  --log-group-identifiers arn:aws:logs:region:account-ID:log-group:/aws/omics/WorkflowLog

Untuk informasi selengkapnya, lihat Memulai ekor langsung di Referensi AWS CLI Perintah.

Mengakses CloudWatch Log dari konsol

Untuk mengakses log untuk dijalankan, Anda dapat menautkan langsung ke log ini dari halaman Run details di HealthOmics konsol.

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Di panel navigasi kiri, pilih Runs.

  3. Pilih run dari tabel Runs.

  4. Di halaman run details, Anda dapat memilih salah satu tindakan ini:

    1. Dari Run summary, pilih View run logs. Konsol membuka log run di CloudWatch konsol.

    2. Dari Run summary, pilih Lihat log di Amazon S3. Konsol membuka folder log di konsol Amazon S3.

    3. Dari Jalankan tugas, pilih Lihat log, Lihat log jalankan, atau Lihat menjalankan log manifes untuk tugas. Konsol membuka log di CloudWatch konsol.

Anda juga dapat menavigasi ke log dari CloudWatch konsol:

  1. Buka CloudWatch konsol https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/.

  2. Dari menu sebelah kiri, pilih Grup log.

  3. Pilih grup /aws/omics/WorkflowLog.

    Jika daftar grup log panjang, Anda dapat memasukkan omics di kotak teks pencarian untuk mempersempit daftar.

  4. Saat halaman detail grup Log terbuka, pilih aliran log yang ingin Anda lihat. Konsol menampilkan peristiwa untuk aliran log ini.