AWS HealthOmics toko varian dan toko anotasi tidak akan lagi dibuka untuk pelanggan baru mulai 7 November 2025. Jika Anda ingin menggunakan toko varian atau toko anotasi, daftar sebelum tanggal tersebut. Pelanggan yang sudah ada dapat terus menggunakan layanan seperti biasa. Untuk informasi selengkapnya, lihat perubahan ketersediaan toko AWS HealthOmics varian dan anotasi toko.
Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
Apa itu AWS HealthOmics?
AWS HealthOmics adalah layanan yang memenuhi syarat HIPAA yang mempercepat pengujian diagnostik klinis, penemuan obat, dan penelitian pertanian dengan sepenuhnya mengelola infrastruktur kompleks di balik alur kerja bioinformatika Anda. HealthOmics mendukung bahasa alur kerja standar industri (WDL, Nextflow, CWL) dan menskalakan infrastruktur bioinformatika dengan mulus untuk mendukung data dari puluhan ribu pengujian per hari—semuanya dengan biaya per sampel yang dapat diprediksi. HealthOmics menangani kompleksitas teknis seperti mengelola sumber daya komputasi dan memelihara mesin alur kerja sehingga Anda dapat fokus sepenuhnya pada terobosan ilmiah.
Topik
Pemberitahuan penting
HealthOmics dimaksudkan hanya untuk mentransfer, menyimpan, memformat, atau menampilkan data, dan untuk penyediaan infrastruktur dan dukungan konfigurasi untuk mengelola alur kerja. HealthOmics bukan pengganti saran medis profesional, diagnosis, atau perawatan, dan tidak dimaksudkan untuk menyembuhkan, mengobati, mengurangi, mencegah, atau mendiagnosis penyakit atau kondisi kesehatan apa pun. Anda bertanggung jawab untuk melembagakan tinjauan manusia sebagai bagian dari penggunaan apa pun AWS HealthOmics, termasuk terkait dengan produk pihak ketiga yang dimaksudkan untuk menginformasikan pengambilan keputusan klinis.
HealthOmics fitur
Kasus penggunaan primer untuk HealthOmics:
-
Diagnostik klinis — Membangun dan menskalakan alur kerja pengujian diagnostik dengan biaya yang dapat diprediksi dan infrastruktur yang dikelola sepenuhnya yang tumbuh seiring dengan volume pengujian Anda.
-
Penemuan obat — Mempercepat penelitian terapeutik dengan mengatur model fondasi biologis dalam skala besar, memungkinkan iterasi cepat di jutaan kandidat potensial.
-
Penelitian pertanian — Meningkatkan sifat tanaman seperti toleransi kekeringan dan ketahanan hama melalui alur kerja bertenaga AI yang meningkatkan ketahanan pangan dan produktivitas pertanian.
Manfaat utama dari HealthOmics:
-
Skalabilitas - Skala alur kerja di 100.000+ v bersamaan CPUs untuk mendukung puluhan ribu pengujian setiap hari dengan manajemen infrastruktur nol dan biaya per sampel yang dapat diprediksi.
-
Fokus pada sains, bukan infrastruktur — Gunakan bahasa alur kerja yang sudah dikenal dan APIs sementara AWS secara otomatis menangani orkestrasi infrastruktur dan manajemen data di belakang layar.
-
Menjaga kepatuhan — Jejak audit yang komprehensif, pelacakan sumber data, dan infrastruktur yang memenuhi syarat HIPAA yang dirancang untuk alur kerja klinis—semuanya out-of-the-box —mendukung pengembangan solusi yang memenuhi persyaratan peraturan.
HealthOmics terdiri dari tiga komponen utama:
-
HealthOmics alur kerja — Jalankan perhitungan bioinformatika pada infrastruktur yang disediakan dan diskalakan secara otomatis.
-
HealthOmics penyimpanan — Simpan dan bagikan petabyte data genomik secara efisien dengan biaya rendah per gigabase.
-
HealthOmics analitik — Siapkan data genomik untuk analisis multiomik dan multimodal.
Gunakan komponen ini secara independen atau gabungkan mereka untuk end-to-end solusi.
HealthOmics konsep
Topik ini mencakup definisi untuk konsep dan istilah kunci yang khusus untuk HealthOmics, untuk membantu Anda memahami terminologi yang HealthOmics digunakan panduan ini.
Alur kerja
Dengan HealthOmics Alur Kerja, Anda dapat memproses dan menganalisis data genomik Anda.
-
Alur kerja — Definisi keseluruhan dari proses ujung ke ujung termasuk parameter dan referensi ke alat. Definisi alur kerja dapat dinyatakan sebagai WDL, Nextflow, atau CWL. Setiap alur kerja yang dibuat memiliki pengenal unik.
-
Jalankan - Pemanggilan tunggal alur kerja. Run individual menggunakan data input yang Anda tentukan dan menghasilkan output. Setiap run yang dibuat memiliki pengenal unik.
-
Tugas — Proses individu dalam proses. HealthOmics Alur kerja menggunakan spesifikasi komputasi yang ditentukan ini untuk menjalankan tugas Anda. Setiap tugas memiliki pengenal unik.
-
Jalankan grup - Sekelompok run yang dapat Anda atur vCPU maks, durasi maks, atau run bersamaan maks untuk membantu membatasi sumber daya komputasi yang digunakan per proses. Anda dapat menentukan dan mengonfigurasi prioritas untuk menjalankan dalam grup run. Misalnya, Anda dapat menentukan bahwa menjalankan prioritas tinggi akan dilakukan sebelum prioritas yang lebih rendah, menciptakan antrian prioritas. Ini opsional untuk menggunakan Run Group, dan setiap Run Group memiliki pengenal unik.
Penyimpanan
Penyimpanan data dipisahkan menjadi penyimpanan urutan, untuk urutan genomik Anda dan informasi terkait, dan toko referensi, untuk semua genom referensi Anda. Istilah-istilah berikut menjelaskan implementasi yang khusus untuk HealthOmics.
-
Sequence store — Penyimpanan data untuk penyimpanan file genomik. Anda dapat memiliki satu atau lebih toko urutan di dalamnya HealthOmics. Izin akses dan AWS KMS enkripsi dapat diatur pada penyimpanan urutan untuk mengontrol siapa yang memiliki akses ke data.
-
Set baca — Set baca adalah abstraksi pembacaan genomik, yang disimpan dalam format FASTQ, BAM, atau CRAM. Set baca dapat diimpor ke toko urutan dan dianotasi dengan metadata. Anda dapat menerapkan izin untuk membaca set menggunakan kontrol akses berbasis atribut (ABAC).
-
Referensi — Referensi genom digunakan dengan pembacaan untuk mengidentifikasi di mana dalam genom pembacaan tertentu, atau kelompok pembacaan, dipetakan. Ini dalam format FASTA dan disimpan di toko referensi.
-
Toko referensi — Penyimpanan data untuk penyimpanan genom referensi. Anda dapat memiliki satu toko referensi di setiap akun dan wilayah.
Analitik
Anda dapat mengubah dan menganalisis data genomik Anda dengan HealthOmics Analytics. Buat toko varian atau toko anotasi untuk menyertakan informasi tambahan untuk kueri Anda.
-
Toko varian — penyimpanan data yang menyimpan data varian pada skala populasi. Toko varian mendukung input Genomic Variant Call Format (GvCF) dan VCF.
-
Penyimpanan anotasi — Penyimpanan data yang mewakili database anotasi, seperti dari file TSV/CSV, VCF, atau General Feature Format (). GFF3 Toko Anotasi dipetakan ke sistem koordinat yang sama dengan toko varian selama impor.
Layanan terkait
Layanan berikut bekerja dengan HealthOmics.
-
Amazon Elastic Container Registry - Setiap alur kerja pribadi menggunakan image Amazon ECR (dalam repositori Amazon ECR pribadi) untuk memuat semua executable, library, dan skrip yang diperlukan untuk menjalankan alur kerja.
-
Amazon Simple Storage Service - Amazon S3 menyediakan penyimpanan file untuk data Store dan Workflow.
-
AWS Lake Formation — Lake Formation mengelola akses data ke penyimpanan data Analytics Anda.
-
Amazon Athena — Gunakan Athena untuk melakukan kueri di toko Varian Anda.
-
Amazon SageMaker AI — Gunakan SageMaker AI untuk menjalankan HealthOmics tugas menggunakan notebook Jupyter.
-
GitHub connections— Gunakan koneksi untuk menghubungkan respoitori kode eksternal Anda ke alur kerja Anda. HealthOmics
Cara mengakses HealthOmics
Anda dapat mengakses AWS HealthOmics fitur menggunakan konsol manajemen, CLI, SDKs atau API.
-
AWS Management Console — Menyediakan antarmuka web yang dapat Anda gunakan untuk mengakses HealthOmics.
-
AWS Command Line Interface (AWS CLI) - Menyediakan perintah untuk serangkaian AWS layanan yang luas, termasuk AWS HealthOmics, dan didukung di Windows, macOS, dan Linux. Untuk informasi lebih lanjut tentang menginstal AWS CLI, lihat AWS Command Line Interface
. -
AWS SDKs — AWS menyediakan SDKs (Kit Pengembangan Perangkat Lunak) yang terdiri dari pustaka dan kode sampel untuk berbagai bahasa dan platform pemrograman (termasuk Java, Python, Ruby, .NET, iOS, dan Android). SDKs Menyediakan cara yang nyaman untuk digunakan secara HealthOmics terprogram. Untuk informasi selengkapnya, lihat Pusat Pengembang AWS SDK
. -
AWS API — Anda dapat menggunakan operasi API untuk mengakses dan mengelola secara HealthOmics terprogram. Untuk informasi lebih lanjut, lihat Referensi API HealthOmics .
Wilayah dan titik akhir untuk AWS HealthOmics
Untuk daftar lengkap wilayah dan titik akhir, lihat Referensi AWS Umum.
Selain AWS wilayah yang aktif secara default, ada juga Wilayah Opt-in yang perlu diaktifkan. Untuk mempelajari lebih lanjut tentang cara mengaktifkan atau menonaktifkan Wilayah, lihat Menentukan AWS Wilayah mana yang dapat digunakan akun Anda dalam panduan Manajemen AWS Akun.
Pelajari selengkapnya
Pelajari lebih lanjut HealthOmics dari lokakarya dan tutorial ini:
-
HealthOmics lokakarya — lokakarya HealthOmics ujung ke ujung
-
AWS sumber daya genomik - Repositori ECR Amazon publik
yang terkait dengan genomik -
Tutorial Python — Tutorial notebook Jupyter
tentang GitHub, yang mencakup HealthOmics penyimpanan, analitik, dan alur kerja
Menjadi akrab dengan HealthOmics alat tambahan yang AWS menyediakan:
-
HealthOmics Alat pembantu Amazon ECR - Alat pembantu Amazon ECR
untuk HealthOmics -
HealthOmics alat aktif GitHub — Alat untuk bekerja dengan HealthOmics
(Manajer transfer, pengurai URI, dijalankan ulang Omics, Run analyzer).
