Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Mulailah berlari HealthOmics

Saat Anda memulai menjalankan, Anda menentukan sumber daya yang dialok HealthOmics asikan untuk dijalankan. Pengaturan berikut tersedia:

Memulai menjalankan menggunakan konsol

Wizard Start run memiliki empat langkah:

Untuk memulai lari

Langkah 1: Tentukan rincian run

Berikan pengaturan berikut:

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 2.

Langkah 2: Tambahkan nilai parameter

Pada halaman ini, masukkan nilai parameter untuk dijalankan, atau pilih nilai yang telah ditentukan yang disediakan oleh penulis alur kerja.

Saat Anda memilih alur kerja Nextflow untuk memulai menjalankan, bagian tambahan untuk pengaturan mesin Nextflow dan profil Nextflow muncul di bagian atas langkah ini. Untuk detail lengkap tentang pengaturan ini (nilai yang didukung, perilaku, dan prioritas profil), lihatTentukan pengaturan mesin Nextflow.

Jalankan nilai parameter

Berikan parameter run. Anda dapat mengunggah file JSON atau memasukkan nilainya secara manual. File JSON berisi nama yang tepat dari setiap parameter input dan nilai untuk parameter.

HealthOmics mendukung tipe JSON berikut untuk nilai parameter.

Untuk informasi selengkapnya, lihat HealthOmics jalankan masukan dan Mengelola ukuran parameter run.

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 3.

Langkah 3: Tambahkan grup run, jalankan cache, dan tag

Semua pengaturan di halaman ini bersifat opsional.

Pilih Berikutnya untuk melanjutkan ke Langkah 4.

Langkah 4: Tinjau dan mulai jalankan

Tinjau konfigurasi run dari semua langkah sebelumnya. Untuk mengubah pengaturan, pilih Edit di sebelah langkah yang relevan. Saat Anda siap, pilih Mulai jalankan.

Memulai menjalankan menggunakan API

Gunakan operasi StartRun API untuk membuat dan memulai menjalankan.

Mulai lari dasar

Contoh berikut menentukan ID alur kerja, peran layanan, dan URI keluaran. Contoh ini mengatur mode retensi keREMOVE. Untuk informasi selengkapnya tentang mode retensi, lihatJalankan mode retensi untuk HealthOmics berjalan.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

Sebagai tanggapan, Anda mendapatkan output berikut. uuidIni unik untuk dijalankan, dan bersama dengan outputUri dapat digunakan untuk melacak di mana data output ditulis.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opsi API umum

Sertakan file parameter

Jika template parameter untuk alur kerja mendeklarasikan parameter yang diperlukan, Anda dapat memberikan file JSON lokal dari input saat Anda memulai menjalankan alur kerja. File JSON berisi nama yang tepat dari setiap parameter input dan nilai untuk parameter.

Referensikan file JSON input di AWS CLI dengan menambahkan --parameters file://<input_file.json> ke start-run permintaan Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat jenis JSON yang didukung untuk nilai parameter di Langkah 2: Tambahkan nilai parameter danHealthOmics jalankan masukan.

Berikan ID permintaan

Anda dapat memberikan yang unik requestId untuk setiap lari. ID permintaan adalah token idempotensi yang HealthOmics digunakan untuk menangkap permintaan duplikat. Itu tidak akan memulai proses jika ID permintaan adalah duplikat dari proses sebelumnya.

Jika Anda menggunakan infrastruktur (seperti fungsi Lambda atau fungsi langkah) untuk mengatur proses start, praktik terbaik adalah memberikan ID permintaan unik untuk setiap StartRun permintaan. Ini memastikan bahwa jika infrastruktur Anda secara tidak sengaja memulai proses yang sudah dimulai, tidak HealthOmics akan memulai proses duplikat.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Pilih versi alur kerja

Anda dapat menentukan versi alur kerja untuk dijalankan. Jika Anda tidak menentukan versi, HealthOmics mulai menjalankan dengan versi alur kerja default.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Mengganti jenis penyimpanan run

Anda dapat mengganti jenis penyimpanan run default yang ditetapkan dalam alur kerja.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Mengaktifkan penyimpanan sementara

Untuk mengaktifkan penyimpanan sementara untuk menjalankan, setel --scratch-storage-mode ke LOCAL saat Anda memulai menjalankan. HealthOmics memasang volume penyimpanan lokal khusus di /tmp untuk setiap instance tugas alur kerja.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Untuk menonaktifkan penyimpanan sementara untuk proses tertentu (misalnya, untuk mengisolasi kegagalan), set --scratch-storage-mode el ke. SHARED

Untuk informasi selengkapnya, lihat Penyimpanan singkat untuk HealthOmics tugas alur kerja.

Untuk pengaturan mesin Nextflow (versi mesin, profil, parser sintaks), lihat. Tentukan pengaturan mesin Nextflow

Tentukan pengaturan mesin Nextflow

Untuk alur kerja Nextflow, Anda dapat meneruskan engineSettings peta dalam permintaan StartRun API untuk mengontrol perilaku mesin tanpa mengubah kode sumber alur kerja Anda. Di konsol, pengaturan ini tersedia di Langkah 2: Tambahkan nilai parameter sebagai bagian terpisah yang muncul untuk alur kerja Nextflow.

Kunci yang didukung

Penjepitan versi mesin Nextflow

Anda dapat memilih versi mesin Nextflow tertentu untuk menjalankan alur kerja Anda, memungkinkan migrasi terkontrol di seluruh versi mesin. Penggantian versi run-time memastikan bahwa bahkan ketika definisi alur kerja menentukan versi melalui konfigurasi atau profilnya, versi mesin yang Anda tentukan pada waktu berjalan diutamakan. Ini memungkinkan Anda untuk menguji alur kerja yang sama di beberapa versi mesin tanpa memodifikasi kode sumber alur kerja.

Versi yang didukung: 22.04.0 (atau 22.04), 23.10.0 (atau 23.10), 24.10.8 (atau 24.10), 25.10.0 (atau 25.10), dan 26.04.0 (atau 26.04). Format versi lengkap dan pendek diterima.

API dan CLI

Gunakan engineVersion kunci di--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Konsol

DiLangkah 2: Tambahkan nilai parameter, pilih versi dari dropdown versi mesin di bagian pengaturan mesin Nextflow.

Profil Nextflow

Profil Nextflow diberi nama set pengaturan eksekusi yang ditentukan dalam alur kerja Anda. nextflow.config Anda dapat mengaktifkan satu atau beberapa profil pada waktu berjalan untuk menerapkan pengaturan khusus lingkungan (misalnya, pengembangan, pengujian, atau produksi) tanpa memodifikasi kode sumber alur kerja.

API dan CLI

Gunakan profile kunci masuk--engine-settings. Tentukan beberapa profil sebagai daftar yang dipisahkan koma:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Konsol

DiLangkah 2: Tambahkan nilai parameter, bagian profil Nextflow muncul di bawah pengaturan mesin. Pilih satu atau beberapa profil dari dropdown Pilih profil. Konsol menampilkan urutan aplikasi profil. Untuk menghapus profil, pilih × di sebelah namanya.

Urutan aplikasi profil

Saat Anda menentukan beberapa profil, urutan aplikasi tergantung pada versi mesin Nextflow dan parser sintaks:

Prioritas konfigurasi

Nextflow menyelesaikan parameter dalam urutan berikut, dengan lapisan yang lebih baru menggantikan yang sebelumnya:

Jaringan VPC

Anda dapat menjalankan alur kerja di Virtual Private Cloud (VPC), yang memungkinkan akses ke internet publik, lalu lintas lintas wilayah, dan komunikasi dengan sumber daya di VPC Anda.

Untuk mengaktifkan jaringan VPC:

Lihat informasi yang lebih lengkap di Menghubungkan HealthOmics alur kerja ke VPC.