Las traducciones son generadas a través de traducción automática. En caso de conflicto entre la traducción y la version original de inglés, prevalecerá la version en inglés.
Llame a las variantes genéticas con bwa y bcftools en Deadline Cloud
El paquete de trabajo bwa, las llamadas a las variantes y combina los resultados en un archivo bcftools VCF. La canalización vuelve a implementar la canalización de tutoriales sobre llamadas de variantes de la HealthOmics WDL de AWS en Open Job Description.
El paquete muestra patrones que se aplican a otras cargas de trabajo científicas:
-
El software se entrega como paquetes de conda desde el canal bioconda, en lugar de estar integrado en las imágenes de los contenedores.
-
Fan-out en dos parámetros de tarea diferentes: la alineación se dispersa en las muestras y la llamada de variantes se dispersa en las regiones del genoma, con un paso de combinación a modo de recopilación.
-
Un entorno de trabajo que verifica que todas las herramientas necesarias estén activas
PATHuna vez por sesión e informa de los paquetes y canales exactos que se deben configurar si falta alguno.
El paquete requiere una granja con una flota de Linux, un entorno de cola conda con los canales configurados conda-forge bioconda en ese orden y la CLI de Deadline Cloud. Descargue los datos de muestra (aproximadamente 950 KB) y, a continuación, envíe:
python sample_inputs/fetch_test_data.py deadline bundle submit .
Los parámetros predeterminados (2 muestras, 4 regiones) generan 10 tareas. El archivo README abarca cómo crear tu propia cohorte, escalar la lista de regiones y los pasos que añadiría un análisis de producción. Para ver otros ejemplos de biociencias, consultePrediga las estructuras de las proteínas con ESMfold en Deadline Cloud, y. Ejecute simulaciones de dinámica molecular de GROMACS en Deadline Cloud Realice una proyección virtual con AutoDock Vina en Deadline Cloud
