Ejecute simulaciones de dinámica molecular de GROMACS en Deadline Cloud

El paquete de tareas gromacs_md ejecuta un proceso de simulación de dinámica molecular de GROMACS, desde la estructura de la proteína bruta hasta la trayectoria analizada. La tubería se encarga de la preparación del sistema, la minimización de la energía, el NVT/NPT equilibrio, la densidad molecular de la producción y el análisis (RMSD, RMSF, radio de giro, enlaces de hidrógeno). Varias réplicas independientes se despliegan en paralelo a través del MaxReplicaIndex parámetro.

El paquete requiere una granja de Deadline Cloud con una flota Linux x86_64 gestionada por servicios (mínimo 4 vCPU) y un entorno de colas conda con from. gromacs conda-forge No se necesita un script de configuración de host ni una receta de conda personalizada.

El paquete incluye datos de muestra sobre la lisozima de clara de huevo de gallina (PDB: 1AKI) y los archivos de parámetros MDP que aparecen a continuación. sample_inputs/mdp/

Desde el directorio, envíe el trabajo: job_bundles

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Para ejecutar 10 réplicas independientes en paralelo:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"