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Realice una proyección virtual con AutoDock Vina en Deadline Cloud - Nube de plazos

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Realice una proyección virtual con AutoDock Vina en Deadline Cloud

El paquete de tareas AutoDockvirtual_screening_vina utiliza Vina para analizar grandes bibliotecas de compuestos comparándolas con una proteína diana. El paquete divide una biblioteca compuesta en fragmentos y los acopla en paralelo entre una flota de trabajadores, luego agrega y clasifica los resultados por afinidad de unión.

La canalización consta de cuatro pasos:

  1. PrepareReceptor— Convierte la proteína PDB al formato PDBQT con Open Babel.

  2. SplitLibrary— Divide la biblioteca de compuestos del SDF en N fragmentos.

  3. DockCompounds— Ejecuta N tareas de acoplamiento en paralelo (una por fragmento). Cada tarea es idempotente y segura para Spot Preemption.

  4. ScoreAndRank— Agrega todos los resultados fragmentados en un CSV clasificado con los mejores éxitos.

El paquete requiere una flota Linux x86_64 gestionada por servicios (se recomienda Spot), un entorno de colas conda con from y Vina. openbabel conda-forge AutoDock Instale Vina incorporando la receta de Cree un paquete AutoDock Vina conda para Deadline Cloud conda en su canal S3 o instalando el binario mediante un script de configuración de host de flota.

Configúrelo CompoundLibrary=chembl (predeterminado) para descargar y filtrar automáticamente moléculas similares a fármacos de ChEMBL, o proporcione su propio archivo SDF.

Desde el job_bundles directorio, envíe el trabajo:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Para obtener más información sobre la creación del paquete AutoDock Vina conda, consulteCree un paquete AutoDock Vina conda para Deadline Cloud.