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Realice una proyección virtual con AutoDock Vina en Deadline Cloud - Deadline Cloud

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Realice una proyección virtual con AutoDock Vina en Deadline Cloud

El paquete de trabajo virtual_screening_vina del GitHub sitio web usa Vina para analizar grandes bibliotecas de compuestos y AutoDock compararlas con una proteína objetivo. El paquete divide una biblioteca compuesta en fragmentos y los acopla en paralelo a una flota de trabajadores, luego agrega y clasifica los resultados según la afinidad de enlace.

El proceso consta de cuatro pasos:

  1. PrepareReceptor— Convierte la proteína PDB al formato PDBQT con Open Babel.

  2. SplitLibrary— Divide la biblioteca compuesta del SDF en N fragmentos.

  3. DockCompounds— Ejecuta N tareas de acoplamiento en paralelo (una por bloque). Cada tarea es idempotente y segura para la preferencia de Spot.

  4. ScoreAndRank— Reúne todos los resultados parciales en un CSV clasificado con los mejores resultados.

El paquete requiere una flota Linux x86_64 gestionada por servicios (se recomienda Spot), un entorno de cola conda con from y Vina. openbabel conda-forge AutoDock Instale Vina incorporando la receta de Cree un paquete de AutoDock Vina conda para Deadline Cloud conda en su canal S3 o instalando el binario mediante un script de configuración del host de la flota.

CompoundLibrary=chemblConfigúrala (predeterminada) para descargar y filtrar automáticamente las moléculas similares a las de los fármacos de ChemBL en el sitio EMBL-EBI web, o proporciona tu propio archivo SDF.

Desde el job_bundles directorio, envía el trabajo:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Para obtener más información sobre cómo crear el paquete AutoDock Vina conda, consulteCree un paquete de AutoDock Vina conda para Deadline Cloud.