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在 HealthOmics 中建立私有工作流程
私有工作流程取決於您在建立工作流程之前建立和設定的各種資源:
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Workflow definition file: 以 WDL、 Nextflow或 撰寫的工作流程定義檔案CWL。工作流程定義會指定使用工作流程之執行的輸入和輸出。它還包含工作流程執行和執行任務的規格,包括運算和記憶體需求。工作流程定義檔案必須為
.zip格式。如需詳細資訊,請參閱工作流程定義檔案。-
您可以使用 Amazon Q CLI 在 WDL、Nextflow 和 CWL 中建置和驗證工作流程定義檔案。如需詳細資訊,請參閱 GitHub 上 Amazon Q CLI 的範例提示和 HealthOmics Agentic 生成式 AI 教學
課程。
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(Optional) Parameter template file: 在 中寫入的參數範本檔案JSON。建立 檔案以定義執行參數,或 HealthOmics 會為您產生參數範本。如需詳細資訊,請參閱 HealthOmics 工作流程的參數範本檔案。
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Amazon ECR container images: 為工作流程建立私有 Amazon ECR 儲存庫。在私有儲存庫中建立容器映像,或同步支援的上游登錄檔內容與您的 Amazon ECR 私有儲存庫。
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(Optional) Sentieon licenses: 請求Sentieon授權以在私有工作流程中使用Sentieon軟體。
或者,您可以在建立工作流程之前或之後,在工作流程定義上執行 linter。linter 主題說明 HealthOmics 中可用的 linter。