HealthOmics 中的工作流程定義檔案 - AWS HealthOmics

本文為英文版的機器翻譯版本,如內容有任何歧義或不一致之處,概以英文版為準。

HealthOmics 中的工作流程定義檔案

您可以使用工作流程定義來指定工作流程、執行和執行中任務的相關資訊。您可以使用工作流程定義語言,在一或多個檔案中建立工作流程定義。HealthOmics 支援以 WDL、Nextflow 或 CWL 撰寫的工作流程定義。

HealthOmics 支援下列 WDL 工作流程定義的選擇:

  • WDL – 提供符合規格的 WDL 引擎。

  • WDL lenient – 專為處理從 Cromwell 遷移的工作流程而設計。它支援客戶 Cromwell 指令和一些不符合的邏輯。如需詳細資訊,請參閱WDL lenient 中的隱含類型轉換

如需每個工作流程語言的詳細資訊,請參閱以下特定語言的詳細章節。

您可以在工作流程定義中指定下列類型的資訊:

  • Language version – 工作流程定義的語言和版本。

  • Compute and memory – 工作流程中任務的運算和記憶體需求。

  • Inputs – 工作流程任務的輸入位置。如需詳細資訊,請參閱HealthOmics 執行輸入

  • Outputs – 儲存任務產生的輸出的位置。

  • Task resources – 每個任務的運算和記憶體需求。

  • Accelerators – 任務所需的其他資源,例如加速器。