HealthOmics 入門 - AWS HealthOmics

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HealthOmics 入門

若要開始使用 HealthOmics,請確定您已正確設定 HealthOmics 的 IAM 許可和角色

在 HealthOmics 主控台中使用 Ready2Run 工作流程

下列練習示範如何使用 Ready2Run 工作流程。Ready2Run 工作流程已預先設定執行工作流程所需的參數和工具參考。工作流程發佈者提供範例資料,因此您不需要建立自己的資料。

  1. 開啟 HealthOmics 主控台

  2. 選取左上方的導覽窗格 (≡),然後選取 Ready2Run 工作流程

  3. Ready2Run 工作流程頁面上,選擇ESMFold for up to 800 residues工作流程。主控台會開啟該工作流程的詳細資訊頁面。

  4. 詳細資訊索引標籤提供工作流程的相關資訊。若要試用工作流程,請在頁面右上角選取開始執行

  5. 指定執行詳細資訊頁面中,輸入執行名稱。

  6. 輸入或選取執行輸出的 Amazon S3 位置。

  7. 針對執行中繼資料保留模式,選擇是否要保留或移除 Runmeta 資料。

  8. 服務角色面板中,選擇建立並使用新的服務角色

  9. 選擇下一步

  10. 新增參數值頁面上,選擇使用 Ready2Run 測試資料執行工作流程

  11. 選擇下一步

  12. 檢閱您的輸入,然後選擇開始執行

Amazon Q CLI 的範例提示

Amazon Q CLI 可以使用 AWS HealthOmics 自然語言命令在 中執行基因體工作流程和分析任務。下列範例提示可讓您建立工作流程、管理執行和分析基因體資料。如需 HealthOmics 的詳細資訊和範例提示,請參閱 GitHub 上的 HealthOmics Agentic 生成式 AI 教學課程。

  • 「建立將在 HealthOmics 上執行main.wdl的 WDL 1.1 工作流程檔案。工作流程會將參考基因體做為輸入和一組 fastq 檔案。它會使用 BWA 為參考基因體編製索引,然後將每對 fastq 檔案映射至參考。最後,將每個映射的 BAM 合併到單一 BAM 檔案,並輸出此檔案及其 bai 索引。」

  • 「封裝工作流程並在 HealthOmics 中建立工作流程」

  • 「更新 input.json 檔案以使用來自我的 Amazon S3 儲存貯體的真實檔案omics-my-bucket-with-genome-data」(提供特定的 Amazon S3 儲存貯體位置,或讓 Amazon Q 探索)

  • 「在 Amazon ECR 儲存庫中尋找合適的容器並更新 input.json 以使用這些容器」

  • 「尋找或建立適當的 IAM 角色以在執行工作流程時使用」

  • 「為我的工作流程建立執行快取」

  • 「在 HealthOmics 中執行工作流程」

  • 「檢查執行的狀態」

警告

使用 Amazon Q CLI 時,請先檢閱所有產生的內容和建議的動作,再繼續。提供意見回饋以改善回應品質,並符合您工作流程的需求。如需詳細資訊,請參閱 Amazon Q 的安全考量和最佳實務