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HealthOmics 入門
若要開始使用 HealthOmics,請確定您已正確設定 HealthOmics 的 IAM 許可和角色。
在 HealthOmics 主控台中使用 Ready2Run 工作流程
下列練習示範如何使用 Ready2Run 工作流程。Ready2Run 工作流程已預先設定執行工作流程所需的參數和工具參考。工作流程發佈者提供範例資料,因此您不需要建立自己的資料。
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開啟 HealthOmics 主控台
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選取左上方的導覽窗格 (≡),然後選取 Ready2Run 工作流程。
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在 Ready2Run 工作流程頁面上,選擇ESMFold for up to 800 residues工作流程。主控台會開啟該工作流程的詳細資訊頁面。
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詳細資訊索引標籤提供工作流程的相關資訊。若要試用工作流程,請在頁面右上角選取開始執行。
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在指定執行詳細資訊頁面中,輸入執行名稱。
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輸入或選取執行輸出的 Amazon S3 位置。
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針對執行中繼資料保留模式,選擇是否要保留或移除 Runmeta 資料。
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在服務角色面板中,選擇建立並使用新的服務角色。
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選擇下一步。
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在新增參數值頁面上,選擇使用 Ready2Run 測試資料執行工作流程。
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選擇下一步。
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檢閱您的輸入,然後選擇開始執行。
Amazon Q CLI 的範例提示
Amazon Q CLI 可以使用 AWS HealthOmics 自然語言命令在 中執行基因體工作流程和分析任務。下列範例提示可讓您建立工作流程、管理執行和分析基因體資料。如需 HealthOmics 的詳細資訊和範例提示,請參閱 GitHub 上的 HealthOmics Agentic 生成式 AI 教學
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「建立將在 HealthOmics 上執行
main.wdl
的 WDL 1.1 工作流程檔案。工作流程會將參考基因體做為輸入和一組 fastq 檔案。它會使用 BWA 為參考基因體編製索引,然後將每對 fastq 檔案映射至參考。最後,將每個映射的 BAM 合併到單一 BAM 檔案,並輸出此檔案及其 bai 索引。」 -
「封裝工作流程並在 HealthOmics 中建立工作流程」
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「更新 input.json 檔案以使用來自我的 Amazon S3 儲存貯體的真實檔案
omics-my-bucket-with-genome-data
」(提供特定的 Amazon S3 儲存貯體位置,或讓 Amazon Q 探索) -
「在 Amazon ECR 儲存庫中尋找合適的容器並更新 input.json 以使用這些容器」
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「尋找或建立適當的 IAM 角色以在執行工作流程時使用」
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「為我的工作流程建立執行快取」
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「在 HealthOmics 中執行工作流程」
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「檢查執行的狀態」
警告
使用 Amazon Q CLI 時,請先檢閱所有產生的內容和建議的動作,再繼續。提供意見回饋以改善回應品質,並符合您工作流程的需求。如需詳細資訊,請參閱 Amazon Q 的安全考量和最佳實務。