本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

Nextflow 工作流程定義詳細資訊

HealthOmics 支援 Nextflow DSL1 和 DSL2。如需詳細資訊，請參閱Nextflow 版本支援。

Nextflow DSL2 是以 Groovy 程式設計語言為基礎，因此參數是動態的，並且可以使用與 Groovy 相同的規則來強制類型。輸入 JSON 提供的參數和值可在工作流程的參數 (params) 映射中使用。

使用 nf-schema 和 nf-validation 外掛程式

HealthOmics 為 Nextflow 外掛程式提供下列支援：

指定儲存 URIs

使用 Amazon S3 或 HealthOmics URI 建構 Nextflow 檔案或路徑物件時，只要授予讀取存取權，就會將相符的物件提供給工作流程。允許 Amazon S3 URIs 使用字首或目錄。如需範例，請參閱 Amazon S3 輸入參數格式。

HealthOmics 支援在 Amazon S3 URIs 或 HealthOmics 儲存 URIs 中使用 glob 模式。在工作流程定義中使用 Glob 模式來建立 path或 file頻道。

使用時間指令設定任務持續時間上限

HealthOmics 提供可調整的配額 （請參閱 HealthOmics 服務配額)，以指定執行的最長持續時間。對於 Nextflow v23 和 v24 工作流程，您也可以使用 Nextflow 時間指令指定任務持續時間上限。

在新的工作流程開發期間，設定任務持續時間上限可協助您擷取失控任務和長時間執行的任務。

如需 Nextflow 時間指令的詳細資訊，請參閱 Nextflow 參考中的時間指令。

HealthOmics 提供下列對 Nextflow 時間指令的支援：

使用下列一或多個單位指定逾時持續時間：ms、mh、 s或 d。您可以在 Nextflow 組態檔案和工作流程定義中指定時間指示詞。下列清單顯示優先順序，從最低到最高優先順序：

下列範例顯示如何在 Nextflow 組態檔案中指定全域組態。它將全域逾時設定為 1 小時 30 分鐘：

process {
    time = '1h30m'
}     

下列範例顯示如何在工作流程定義的任務區段中指定時間指令。此範例會設定 3 天、5 小時和 4 分鐘的逾時。此值優先於組態檔案中的全域值，但不優先於my_label組態檔案中 的任務特定時間指令：

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

下列範例顯示如何根據名稱或標籤選擇器，在 Nextflow 組態檔案中指定任務特定的時間指令。此範例會設定 30 分鐘的全域任務逾時值。它會為任務設定 2 小時的值，myTask並為具有標籤 的任務設定 3 小時的值my_label。對於符合選取器的任務，這些值優先於全域值和工作流程定義中的值：

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

匯出任務內容

對於以 Nextflow 撰寫的工作流程，請定義 publishDir 指令，將任務內容匯出至輸出 Amazon S3 儲存貯體。如下列範例所示，將 publishDir 值設定為 /mnt/workflow/pubdir。若要將檔案匯出至 Amazon S3，檔案必須位於此目錄中。

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }