CWL 工作流程定義詳細資訊 - AWS HealthOmics

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CWL 工作流程定義詳細資訊

以通用工作流程語言或 CWL 編寫的工作流程提供與以 WDL 和 Nextflow 編寫的工作流程類似的功能。您可以使用 Amazon S3 或 HealthOmics 儲存 URIs做為輸入參數。

如果您在子工作流程的 secondaryFile 中定義輸入，請在主要工作流程中新增相同的定義。

HealthOmics 工作流程不支援操作程序。若要進一步了解 CWL 工作流程中的操作程序，請參閱 CWL 文件。

若要將現有的 CWL 工作流程定義檔案轉換為使用 HealthOmics，請進行下列變更：

  • 將所有 Docker 容器 URIs取代為 Amazon ECR URIs。

  • 請確保在主要工作流程中將所有工作流程檔案宣告為輸入，並明確定義所有變數。

  • 確保所有 JavaScript 程式碼都是嚴格模式投訴。

應該為每個使用的容器定義 CWL 工作流程。不建議以固定的 Amazon ECR URI 硬式編碼 dockerPull 項目。

以下是以 CWL 撰寫的工作流程範例。


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

下列檔案定義 copy.cwl任務。


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

以下是以 CWL 撰寫且具有 GPU 需求的工作流程範例。

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []