故障診斷 AWS HealthLake

下列主題提供使用、 AWS CLI AWS SDKs 或 HealthLake 主控台時可能遇到的錯誤和問題的疑難排解建議。如果您發現本節未列出的問題，請使用此頁面右側的提供意見回饋按鈕進行報告。

主題

資料存放區動作
匯入動作
FHIR APIs
NLP 整合
SQL 整合

資料存放區動作

問題：當我嘗試建立 HealthLake 資料存放區時，會收到下列錯誤：

AccessDeniedException: Insufficient Lake Formation permission(s): Required Database on Catalog

2022 年 11 月 14 日，HealthLake 更新了建立新資料存放區所需的 IAM 許可。如需詳細資訊，請參閱設定 IAM 使用者或角色以使用 HealthLake (IAM 管理員）。

問題：使用 AWS SDKs建立 HealthLake 資料存放區時，資料存放區建立狀態會傳回例外狀況或未知狀態。

如果您的 DescribeFHIRDatastore或 ListFHIRDatastores API 呼叫傳回例外狀況或未知的資料存放區狀態，請將 SDK 更新 AWS 為最新版本。

匯入動作

問題：如果我的資料不是 FHIR R4 格式，我是否仍然可以使用 HealthLake？

只有 FHIR R4 格式的資料可以匯入 HealthLake 資料存放區。如需可協助將現有運作狀態資料轉換為 FHIR R4 格式的合作夥伴清單，請參閱 AWS HealthLake 合作夥伴。

問題：為什麼我的 FHIR 匯入任務失敗？

成功的匯入任務將產生具有.ndjson格式結果（輸出日誌）的資料夾，不過，個別記錄可能無法匯入。發生這種情況時，會產生第二個FAILURE資料夾，其中包含無法匯入的記錄資訊清單。如需詳細資訊，請參閱使用匯入 FHIR 資料 AWS HealthLake。

若要分析匯入任務失敗的原因，請使用 DescribeFHIRImportJob API 來分析 JobProperties。建議使用下列項目：

如果狀態為 FAILED且訊息存在，則失敗與任務參數有關，例如輸入資料大小或輸入檔案的數量超出 HealthLake 配額。
如果匯入任務狀態為 COMPLETED_WITH_ERRORS，請檢查資訊清單檔案 manifest.json，以取得哪些檔案未成功匯入的資訊。
如果匯入任務狀態為 FAILED且訊息不存在，請前往任務輸出位置以存取資訊清單檔案 manifest.json。

對於每個輸入檔案，都有失敗輸出檔案，其中包含任何無法匯入之資源的輸入檔案名稱。回應包含對應於輸入資料位置的行號 (lineId)、FHIR 回應物件 (UpdateResourceResponse) 和回應的狀態碼 (statusCode)。

範例輸出檔案可能類似下列內容：


{"lineId":3, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"1 validation error detected: Value 'Patient123' at 'resourceType' failed to satisfy constraint: Member must satisfy regular expression pattern: [A-Za-z]{1,256}"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":5, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"This property must be an simple value, not a com.google.gson.JsonArray","location":["/EffectEvidenceSynthesis/name"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@telecom'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@gender'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@birthDate'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@address'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@maritalStatus'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@multipleBirthBoolean'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@communication'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"warning","code":"processing","diagnostics":"Name should be usable as an identifier for the module by machine processing applications such as code generation [name.matches('[A-Z]([A-Za-z0-9_]){0,254}')]","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.status': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.population': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.exposure': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.exposureAlternative': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.outcome': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"information","code":"processing","diagnostics":"Unknown extension http://synthetichealth.github.io/synthea/disability-adjusted-life-years","location":["EffectEvidenceSynthesis.extension[3]"]},{"severity":"information","code":"processing","diagnostics":"Unknown extension http://synthetichealth.github.io/synthea/quality-adjusted-life-years","location":["EffectEvidenceSynthesis.extension[4]"]}]}, "statusCode":400}
{"lineId":7, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"2 validation errors detected: Value at 'resourceId' failed to satisfy constraint: Member must satisfy regular expression pattern: [A-Za-z0-9-.]{1,64}; Value at 'resourceId' failed to satisfy constraint: Member must have length greater than or equal to 1"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":9, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Missing required id field in resource json"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":15, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Invalid JSON found in input file"}]}, "statusCode":400}

上述範例顯示輸入檔案中對應輸入行的第 3、4、7、9、15 行失敗。對於每行，說明如下：

在第 3 行，回應說明輸入檔案第 3 行resourceType所提供的是無效的。
在第 5 行，回應說明輸入檔案的第 5 行中存在 FHIR 驗證錯誤。
在第 7 行，回應說明resourceId提供做為輸入時發生驗證問題。
在第 9 行，回應說明輸入檔案必須包含有效的資源 ID。
在第 15 行，輸入檔案的回應是檔案不是有效的 JSON 格式。

FHIR APIs

問題：如何實作 FHIR RESTful APIs的授權？

決定資料存放區授權策略要使用的。

若要使用建立 SigV4 授權適用於 Python (Boto3) 的 AWS SDK，請建立類似下列範例的指令碼。


import boto3
import requests
import json
from requests_auth_aws_sigv4 import AWSSigV4
 
# Set the input arguments
data_store_endpoint = 'https://healthlake.us-east-1.amazonaws.com/datastore/<datastore id>/r4//'
resource_path = "Patient"
requestBody = {"resourceType": "Patient", "active": True, "name": [{"use": "official","family": "Dow","given": ["Jen"]},{"use": "usual","given": ["Jen"]}],"gender": "female","birthDate": "1966-09-01"}
region = 'us-east-1'
 
#Frame the resource endpoint
resource_endpoint = data_store_endpoint+resource_path
session = boto3.session.Session(region_name=region)
client = session.client("healthlake")
 
# Frame authorization
auth = AWSSigV4("healthlake", session=session)
 
# Call data store FHIR endpoint using SigV4 auth

r = requests.post(resource_endpoint, json=requestBody, auth=auth, )
print(r.json())

問題：為什麼針對使用客戶受管 KMS 金鑰加密的資料存放區使用 FHIR RESTful APIs 時收到AccessDenied錯誤？

使用者或角色需要客戶受管金鑰和 IAM 政策的許可，才能存取資料存放區。使用者必須擁有使用客戶受管金鑰所需的 IAM 許可。如果使用者撤銷或淘汰授予 HealthLake 使用客戶受管 KMS 金鑰的許可，HealthLake 將傳回AccessDenied錯誤。

HealthLake 必須具備存取客戶資料的許可、加密匯入資料存放區的新 FHIR 資源，以及在請求時解密 FHIR 資源。如需詳細資訊，請參閱故障診斷 AWS KMS 許可。

問題：使用 10MB 文件的 FHIR POST API 操作向 HealthLake 傳回413 Request Entity Too Large錯誤。

AWS HealthLake 具有 5MB 的同步建立和更新 API 限制，以避免增加延遲和逾時。您可以使用大量匯入 API，使用 Binary 資源類型擷取最多 164MB 的大型文件。

NLP 整合

問題：如何開啟 HealthLake 整合的自然語言處理功能？

截至 2022 年 11 月 14 日，HealthLake 資料存放區的預設行為已變更。

目前的資料存放區：所有目前的 HealthLake 資料存放區都將停止使用 base64 編碼DocumentReference資源上的自然語言處理 (NLP)。這表示將不會使用 NLP 分析新DocumentReference資源，也不會根據資源類型中的文字產生新DocumentReference資源。對於現有DocumentReference資源，透過 NLP 產生的資料和資源仍會保留，但不會在 2023 年 2 月 20 日之後更新。

新資料存放區：2023 年 2 月 20 日之後建立的 HealthLake 資料存放區將不會對 base64 編碼DocumentReference的資源執行自然語言處理 (NLP)。

若要開啟 HealthLake NLP 整合，請使用建立支援案例AWS Support Center Console。若要建立您的案例，請登入您的 AWS 帳戶，然後選擇建立案例。若要進一步了解如何建立案例和案例管理，請參閱支援《使用者指南》中的建立支援案例和案例管理。

問題：＞如何尋找整合式 NLP 無法處理DocumentReference的資源？

如果DocumentReference資源無效，HealthLake 會提供表示驗證錯誤的延伸，而不是在整合的醫療 NLP 輸出中提供。若要尋找在 NLP 處理期間導致驗證錯誤DocumentReference的資源，您可以使用 HealthLake 的 FHIR search函數搭配搜尋索引鍵 cm-decoration-status 和搜尋值 VALIDATION_ERROR。此搜尋會列出導致驗證錯誤的所有DocumentReference資源，以及描述錯誤性質的錯誤訊息。這些DocumentReference資源中具有驗證錯誤的延伸欄位結構將類似下列範例。


"extension": [
          {
              "extension": [
                  {
                      "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
                      "valueString": "VALIDATION_ERROR"
                  },
                  {
                      "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
                      "valueString": "Resource led to too many nested objects after NLP operation processed the document. 10937 nested objects exceeds the limit of 10000."
                  }
              ],
              "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"
          }
    ]

注意

如果 NLP 裝飾建立超過 10，000 個巢狀物件，VALIDATION_ERROR也可能發生。發生這種情況時，文件必須在處理之前分割成較小的文件。

SQL 整合

問題：新增資料湖管理員permissions error: lakeformation:PutDataLakeSettings時，為什麼要取得 Lake Formation？

如果您的 IAM 使用者或角色包含 AWSLakeFormationDataAdmin AWS 受管政策，則無法新增資料湖管理員。您會收到包含下列項目的錯誤：


User arn:aws:sts::111122223333:assumed-role/lakeformation-admin-user is not authorized to perform: lakeformation:PutDataLakeSettings on resource: arn:aws:lakeformation:us-east-2:111122223333:catalog:111122223333 with an explicit deny in an identity-based policy

AdministratorAccess 需要 AWS 受管政策，才能將 IAM 使用者或角色新增為 AWS Lake Formation 資料湖管理員。如果您的 IAM 使用者或角色也包含 AWSLakeFormationDataAdmin 動作將會失敗。AWSLakeFormationDataAdmin AWS 受管政策包含 AWS Lake Formation API 操作的明確拒絕PutDataLakeSetting。即使是具有 AWS 使用 AdministratorAccess受管政策之完整存取權的管理員，也可以受到AWSLakeFormationDataAdmin政策的限制。

問題：如何遷移現有的 HealthLake 資料存放區以使用 Amazon Athena SQL 整合？

在 2022 年 11 月 14 日之前建立的 HealthLake 資料存放區可正常運作，但無法在 Athena 中使用 SQL 進行查詢。若要使用 Athena 查詢預先存在的資料存放區，您必須先將其遷移至新的資料存放區。

將 HealthLake 資料遷移至新的資料存放區

建立新的資料存放區。
從預先存在的資料匯出至 Amazon S3 儲存貯體。
從 Amazon S3 儲存貯體將資料匯入新的資料存放區。

注意

將資料匯出至 Amazon S3 儲存貯體會產生額外費用。額外費用取決於您匯出的資料大小。

問題：為 SQL 整合建立新的 HealthLake 資料存放區時，資料存放區狀態不會從變更Creating。

如果您嘗試建立新的 HealthLake 資料存放區，且資料存放區狀態並未從建立中變更，則需要更新 Athena 才能使用 AWS Glue Data Catalog。如需詳細資訊，請參閱《Amazon Athena AWS 使用者指南》中的step-by-step升級至 Glue Data Catalog。 Amazon Athena

成功升級後 AWS Glue Data Catalog，您可以建立 HealthLake 資料存放區。

若要移除舊的 HealthLake 資料存放區，請使用建立支援案例AWS Support Center Console。若要建立您的案例，請登入您的 AWS 帳戶，然後選擇建立案例。若要進一步了解，請參閱支援《使用者指南》中的建立支援案例和案例管理。

問題：Athena 主控台在將資料匯入新的 HealthLake 資料存放區後無法運作

將資料匯入新的 HealthLake 資料存放區後，資料可能無法立即使用。這是為了讓資料有時間擷取到 Apache Iceberg 資料表。請稍後重試。

問題：如何將 Athena 中的搜尋結果連接到其他 AWS 服務？

當您將 Athena 的搜尋結果與其他 AWS 服務共用時，當您使用 json_extract[1]做為 SQL 搜尋查詢的一部分時，可能會發生問題。若要修正此問題，您必須更新為 CATVAR。

嘗試建立儲存結果、資料表 （靜態）或檢視（動態）時，您可能會遇到此問題。

您的瀏覽器已停用或無法使用 Javascript。

您必須啟用 Javascript，才能使用 AWS 文件。請參閱您的瀏覽器說明頁以取得說明。

文件慣用形式

範例專案

使用 AWS SDKs