使用 匯入 FHIR 資料 AWS HealthLake - AWS HealthLake

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使用 匯入 FHIR 資料 AWS HealthLake

建立 HealthLake 資料存放區後，下一步是從 Amazon Simple Storage Service (S3) 儲存貯體匯入檔案。您可以使用 AWS Management Console AWS CLI、 或 AWS SDKs啟動 FHIR 匯入任務。使用原生 AWS HealthLake 動作來啟動、描述和列出 FHIR 匯入任務。

重要

HealthLake 支援用於醫療保健資料交換的 FHIR R4 規格。如有需要，您可以與 AWS HealthLake 合作夥伴合作，在匯入之前將運作狀態資料轉換為 FHIR R4 格式。

啟動 FHIR 匯入任務時，您可以指定 Amazon S3 儲存貯體輸入位置、Amazon S3 儲存貯體輸出位置 （用於任務處理結果）、授予 HealthLake 存取 Amazon S3 儲存貯體的 IAM 角色，以及客戶擁有或 AWS 擁有的 AWS Key Management Service 金鑰。如需詳細資訊，請參閱設定匯入任務的許可。

注意

您可以將匯入任務排入佇列。非同步匯入任務會以 FIFO （先進先出） 方式處理。您可以像開始匯入任務一樣，將任務排入佇列。如果正在進行，它只會排入佇列。您可以在匯入任務進行時建立、讀取、更新或刪除 FHIR 資源。

HealthLake 會為每個 FHIR 匯入任務產生manifest.json檔案。檔案說明 FHIR 匯入任務的成功和失敗。HealthLake 會將manifest.json檔案輸出到啟動 FHIR 匯入任務時指定的 Amazon S3 儲存貯體。日誌檔案會組織成兩個資料夾，名為 SUCCESS和 FAILURE。使用 manifest.json 檔案做為故障匯入任務疑難排解的第一步，因為它提供每個檔案的詳細資訊。

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
設定匯入的驗證層級

啟動 FHIR 匯入任務時，您可以選擇指定ValidationLevel要套用至每個資源的 。 AWS HealthLake 目前支援下列驗證層級：

  • strict：資源會根據資源的設定檔元素進行驗證，如果沒有設定檔，則為 R4 規格。這是 的預設驗證層級 AWS HealthLake。

  • structure-only：資源會根據 R4 驗證，忽略任何參考的設定檔。

  • minimal：最少驗證資源，忽略某些 R4 規則。搜尋/分析所需的結構檢查失敗的資源將更新為包含稽核警告。

使用minimal驗證層級匯入時，可能會在名為 的資料夾中產生其他日誌檔案SUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES。即使搜尋相關驗證檢查失敗，此資料夾日誌檔案中的資源仍會擷取至您的資料存放區。這表示 FHIR 資源的某些層面根據 FHIR 無效，格式不正確的欄位可能無法搜尋。這些資源將extension附加 至描述上述失敗的 。

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