故障排除 AWS HealthLake - AWS HealthLake
数据存储操作导入操作FHIR APIs自然语言处理集成SQL 集成

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

故障排除 AWS HealthLake

以下主题针对您在使用、或 HealthLake 控制台时可能遇到的错误和问题提供了疑难解答建议。 AWS CLI AWS SDKs如果您发现本节中未列出的问题，请使用本页右侧边栏上的 “提供反馈” 按钮进行举报。

数据存储操作

问题：当我尝试创建 HealthLake 数据存储时，我收到以下错误：

AccessDeniedException: Insufficient Lake Formation permission(s): Required Database on Catalog

2022 年 11 月 14 日， HealthLake 更新了创建新数据存储所需的 IAM 权限。有关更多信息，请参阅 配置要使用的 IAM 用户或角色 HealthLake（IAM 管理员）。

问题：使用创建 HealthLake 数据存储时 AWS SDKs，数据存储创建状态会返回异常或未知状态。

如果您的调用DescribeFHIRDatastore或 ListFHIRDatastores API 调用返回异常或未知数据存储状态，请将您的 AWS SDK 更新到最新版本。

导入操作

问题： HealthLake 如果我的数据不是 FHIR R4 格式，我还能使用吗？

只有 FHIR R4 格式的数据可以导入到 HealthLake 数据存储中。有关可以帮助将现有健康数据转换为 FHIR R4 格式的合作伙伴列表，请参阅AWS HealthLake 合作伙伴。

问题：为什么我的 FHIR 导入任务失败了？

成功的导入任务将生成一个.ndjson格式为结果（输出日志）的文件夹，但是，单个记录可能无法导入。发生这种情况时，将生成第二个FAILURE文件夹，其中包含未能导入的记录清单。有关更多信息，请参阅 使用导入 FHIR 数据 AWS HealthLake。

要分析导入任务失败的原因，请使用 DescribeFHIRImportJob API 进行分析 JobProperties。建议采取以下措施：

  • 如果状态为FAILED且存在消息，则失败与作业参数有关，例如输入数据大小或输入文件数量超出 HealthLake 配额。

  • 如果导入任务状态为COMPLETED_WITH_ERRORS，请查看清单文件manifest.json，以了解哪些文件未成功导入。

  • 如果导入任务状态为FAILED，但消息不存在，请前往任务输出位置访问清单文件manifest.json。

对于每个输入文件，都有失败输出文件，其中包含任何未能导入的资源的输入文件名。响应包含与输入数据位置相对应的行号 (lineID)、FHIR 响应对象 (UpdateResourceResponse) 和响应的状态码 (StatusCode)。

示例输出文件可能类似于以下内容：

{"lineId":3, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"1 validation error detected: Value 'Patient123' at 'resourceType' failed to satisfy constraint: Member must satisfy regular expression pattern: [A-Za-z]{1,256}"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":5, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"This property must be an simple value, not a com.google.gson.JsonArray","location":["/EffectEvidenceSynthesis/name"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@telecom'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@gender'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@birthDate'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@address'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@maritalStatus'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@multipleBirthBoolean'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Unrecognised property '@communication'","location":["/EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"warning","code":"processing","diagnostics":"Name should be usable as an identifier for the module by machine processing applications such as code generation [name.matches('[A-Z]([A-Za-z0-9_]){0,254}')]","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.status': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.population': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.exposure': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.exposureAlternative': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Profile http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/EffectEvidenceSynthesis, Element 'EffectEvidenceSynthesis.outcome': minimum required = 1, but only found 0","location":["EffectEvidenceSynthesis"]},{"severity":"information","code":"processing","diagnostics":"Unknown extension http://synthetichealth.github.io/synthea/disability-adjusted-life-years","location":["EffectEvidenceSynthesis.extension[3]"]},{"severity":"information","code":"processing","diagnostics":"Unknown extension http://synthetichealth.github.io/synthea/quality-adjusted-life-years","location":["EffectEvidenceSynthesis.extension[4]"]}]}, "statusCode":400}
{"lineId":7, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"2 validation errors detected: Value at 'resourceId' failed to satisfy constraint: Member must satisfy regular expression pattern: [A-Za-z0-9-.]{1,64}; Value at 'resourceId' failed to satisfy constraint: Member must have length greater than or equal to 1"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":9, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Missing required id field in resource json"}]}, "statusCode":400}
{"lineId":15, UpdateResourceResponse:{"jsonBlob":{"resourceType":"OperationOutcome","issue":[{"severity":"error","code":"processing","diagnostics":"Invalid JSON found in input file"}]}, "statusCode":400}

上面的示例显示，输入文件中相应输入行的第 3、4、7、9、15 行出现故障。对于每行，解释如下：

  • 在第 3 行，响应解释了输入文件第 3 行中resourceType提供的内容无效。

  • 在第 5 行，响应说明输入文件的第 5 行存在 FHIR 验证错误。

  • 在第 7 行，响应解释说，作为输入resourceId提供的存在验证问题。

  • 在第 9 行，响应说明输入文件必须包含有效的资源 ID。

  • 在第 15 行，输入文件的响应是该文件不是有效的 JSON 格式。

FHIR APIs

问题：如何对 FHIR RESTful APIs 实施授权？

确定数据存储授权策略要使用的。

要使用创建 Sigv4 授权 适用于 Python (Boto3) 的 AWS SDK，请创建一个类似于以下示例的脚本。

import boto3
import requests
import json
from requests_auth_aws_sigv4 import AWSSigV4
 
# Set the input arguments
data_store_endpoint = 'https://healthlake.us-east-1.amazonaws.com/datastore/<datastore id>/r4//'
resource_path = "Patient"
requestBody = {"resourceType": "Patient", "active": True, "name": [{"use": "official","family": "Dow","given": ["Jen"]},{"use": "usual","given": ["Jen"]}],"gender": "female","birthDate": "1966-09-01"}
region = 'us-east-1'
 
#Frame the resource endpoint
resource_endpoint = data_store_endpoint+resource_path
session = boto3.session.Session(region_name=region)
client = session.client("healthlake")
 
# Frame authorization
auth = AWSSigV4("healthlake", session=session)
 
# Call data store FHIR endpoint using SigV4 auth

r = requests.post(resource_endpoint, json=requestBody, auth=auth, )
print(r.json())

问题：为什么在使用客户托管的 KMS 密钥加密的数据存储中使用 FHIR RESTful APIs 时会收到AccessDenied错误？

用户或角色需要拥有客户托管密钥和 IAM 策略的权限才能访问数据存储。用户必须拥有使用客户托管密钥所需的 IAM 权限。如果用户撤销或取消了授予使用客户托管的 KMS 密钥 HealthLake 权限的授权，则 HealthLake 会返回AccessDenied错误。

HealthLake 必须拥有访问客户数据、加密导入到数据存储的新 FHIR 资源以及在请求时解密 FHIR 资源的权限。有关更多信息，请参阅AWS KMS 权限疑难解答。

问题： HealthLake 使用 10MB 文档的 FH POST IR API 操作返回了错误。413 Request Entity Too Large

AWS HealthLake 同步创建和更新 API 限制为 5MB，以避免延迟和超时增加。您可以使用批量导入 API 使用Binary资源类型提取最大 164MB 的大型文档。

自然语言处理集成

问题：如何开启 HealthLake集成的自然语言处理功能？

自 2022 年 11 月 14 日起， HealthLake 数据存储的默认行为发生了变化。

当前数据存储：所有当前 HealthLake 的数据存储都将停止对 base64 DocumentReference 编码的资源使用自然语言处理 (NLP)。这意味着不会使用 NLP 分析新资源，也不会根据资源类型中的文本生成新DocumentReference资源。DocumentReference对于现有DocumentReference资源，通过 NLP 生成的数据和资源将保留，但不会在 2023 年 2 月 20 日之后更新。

新数据存储：2023 年 2 月 20 日之后创建 HealthLake 的数据存储将不会对 base64 DocumentReference 编码的资源执行自然语言处理 (NLP)。

要启用 HealthLake NLP 集成，请使用AWS Support Center Console创建支持案例。要创建您的案例，请登录您的 AWS 账户，然后选择创建案例。要了解有关创建案例和案例管理的更多信息，请参阅支持 用户指南中的创建支持案例和案例管理。

问题：>如何找到无法通过集成 NLP 处理的DocumentReference资源？

如果DocumentReference资源无效，则 HealthLake 提供表示验证错误的扩展名，而不是在综合医疗 NLP 输出中提供。要查找在 NLP 处理过程中导致验证错误的DocumentReference资源，您可以使用带有搜索键cm-decoration-status和搜索值 VALIDATION_ERROR HealthLake 的 FHIR search 函数。此搜索将列出导致验证错误的所有DocumentReference资源，以及描述错误性质的错误消息。那些存在验证错误的DocumentReference资源中扩展字段的结构将类似于以下示例。

"extension": [
          {
              "extension": [
                  {
                      "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
                      "valueString": "VALIDATION_ERROR"
                  },
                  {
                      "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
                      "valueString": "Resource led to too many nested objects after NLP operation processed the document. 10937 nested objects exceeds the limit of 10000."
                  }
              ],
              "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"
          }
    ]
注意

如果 NLP 装饰创建的嵌套对象超过 10,000 个，也会出现 A VALIDATION_ERROR。发生这种情况时，必须先将文档拆分成较小的文档，然后再进行处理。

SQL 集成

问题：为什么我在添加新的数据湖管理员permissions error: lakeformation:PutDataLakeSettings时会获得 Lake Formation？

如果您的 IAM 用户或角色包含AWSLakeFormationDataAdmin AWS 托管策略，则无法添加新的数据湖管理员。您将收到一条包含以下内容的错误：

User arn:aws:sts::111122223333:assumed-role/lakeformation-admin-user is not authorized to perform: lakeformation:PutDataLakeSettings on resource: arn:aws:lakeformation:us-east-2:111122223333:catalog:111122223333 with an explicit deny in an identity-based policy

需要使用 AWS 托管策略AdministratorAccess才能将 IAM 用户或角色添加为 AWS Lake Formation 数据湖管理员。如果您的 IAM 用户或角色也包含AWSLakeFormationDataAdmin该操作，则操作将失败。AWSLakeFormationDataAdmin AWS 托管策略包含对 La AWS ke Formation API 操作的明确拒绝PutDataLakeSetting。即使管理员拥有 AWS 使用AdministratorAccess托管策略的完全访问权限，也可能受到该AWSLakeFormationDataAdmin策略的限制。

问题：如何迁移现有 HealthLake 数据存储以使用 Amazon Athen a SQL 集成？

HealthLake 2022 年 11 月 14 日之前创建的数据存储可以正常运行，但无法在 Athena 中使用 SQL 进行查询。要使用 Athena 查询先前存在的数据存储，必须先将其迁移到新的数据存储。

将您的 HealthLake 数据迁移到新的数据存储

  1. 创建新的数据存储。

  2. 将数据从先前存在的存储桶导出到 Amazon S3 存储桶。

  3. 将数据从 Amazon S3 存储桶导入到新的数据存储中。

注意

将数据导出到 Amazon S3 存储桶需要支付额外费用。额外费用取决于您导出的数据的大小。

问题：为 SQL 集成创建新的 HealthLake 数据存储时，数据存储状态未改变Creating。

如果您尝试创建新的 HealthLake 数据存储，但您的数据存储状态未从 “正在创建” 发生变化，则需要更新 Athena 才能使用。 AWS Glue Data Catalog有关更多信息，请参阅亚马逊 Athena AWS 用户指南 step-by-step中的升级到 Glue 数据目录。

成功升级后 AWS Glue Data Catalog，您可以创建 HealthLake 数据存储。

要移除旧 HealthLake 的数据存储，请使用创建支持案例AWS Support Center Console。要创建您的案例，请登录您的 AWS 账户，然后选择创建案例。要了解更多信息，请参阅支持 用户指南中的创建支持案例和案例管理。

问题：将数据导入新数据存储后，Athena 控制台无法正常工作 HealthLake

将数据导入新的 HealthLake 数据存储后，这些数据可能无法立即使用。这是为了留出时间将数据提取到 Apache Iceberg 表中。请稍后再试。

问题：如何将 Athena 中的搜索结果连接到其他服务？ AWS

AWS 与其他服务共享来自 Athena 的搜索结果时，当您将搜索结果json_extract[1]用作 SQL 搜索查询的一部分时，可能会出现问题。要修复此问题，必须更新到CATVAR。

在尝试创建保存结果、表（静态）或视图（动态）时，您可能会遇到此问题。