使用导入 FHIR 数据 AWS HealthLake - AWS HealthLake

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使用导入 FHIR 数据 AWS HealthLake

创建 HealthLake 数据存储后，下一步是从 Amazon Simple Storage Service (S3) 存储桶导入文件。您可以使用 AWS Management Console、 AWS CLI或 AWS SDKs启动 FHIR 导入任务。使用本机 AWS HealthLake 操作启动、描述和列出 FHIR 导入任务。

重要提示

HealthLake 支持用于医疗保健数据交换的 FHIR R4 规范。如果需要，您可以与AWS HealthLake 合作伙伴合作，在导入之前将您的健康数据转换为 FHIR R4 格式。

启动 FHIR 导入任务时，您可以指定 Amazon S3 存储桶输入位置、Amazon S3 存储桶输出位置（用于任务处理结果）、授予 HealthLake 访问您的 Amazon S3 存储桶访问权限的 IAM 角色以及客户拥有或 AWS 拥有 AWS Key Management Service 的密钥。有关更多信息，请参阅 为导入任务设置权限。

注意

您可以对导入任务进行排队。异步导入任务以 FIFO（先入先出）方式处理。您可以像开始导入任务一样对任务进行排队。如果正在进行中，则只需排队即可。在导入任务进行期间，您可以创建、读取、更新或删除 FHIR 资源。

HealthLake 为每个 FHIR 导入任务生成一个manifest.json文件。该文件描述了 FHIR 导入任务的成功和失败。 HealthLake 将manifest.json文件输出到启动 FHIR 导入任务时指定的 Amazon S3 存储桶。日志文件分为两个文件夹，名为SUCCESS和FAILURE。使用该manifest.json文件作为对失败的导入任务进行故障排除的第一步，因为它提供了每个文件的详细信息。

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
为导入配置验证级别

启动 FHIR 导入任务时，您可以选择指定应用ValidationLevel于每个资源。 AWS HealthLake 目前支持以下验证级别：

  • strict：根据资源的配置文件元素对资源进行验证，如果不存在配置文件，则根据R4规格进行验证。这是的默认验证级别 AWS HealthLake。

  • structure-only：根据 R4 对资源进行验证，忽略任何引用的配置文件。

  • minimal：资源经过最低限度的验证，忽略了某些 R4 规则。未通过所需的结构检查的资源 search/analytics 将进行更新，以包括审计警告。

使用minimal验证级别导入时，可能会在名为的文件夹中生成其他日志文件SUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES。尽管与搜索相关的验证检查失败，但该文件夹日志文件中的资源仍被提取到您的数据存储中。根据 FHIR，这意味着您的 FHIR 资源的某些方面无效，并且可能无法搜索格式错误的字段。这些资源后面会有一个描述上述失败的extension附件。

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