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Supporto della versione per i linguaggi HealthOmics di definizione del flusso di lavoro - AWS HealthOmics
Supporto per le versioni WDLSupporto per la versione CWLSupporto per le versioni di Nextflow

Le traduzioni sono generate tramite traduzione automatica. In caso di conflitto tra il contenuto di una traduzione e la versione originale in Inglese, quest'ultima prevarrà.

Supporto della versione per i linguaggi HealthOmics di definizione del flusso di lavoro

HealthOmics supporta i file di definizione del flusso di lavoro scritti in Nextflow, WDL o CWL. Le sezioni seguenti forniscono informazioni sul supporto delle HealthOmics versioni per queste lingue.

Supporto per le versioni WDL

HealthOmics supporta le versioni 1.0, 1.1 e la versione di sviluppo della specifica WDL.

Ogni documento WDL deve includere una dichiarazione di versione per specificare a quale versione (principale e secondaria) della specifica è conforme. Per ulteriori informazioni sulle versioni, vedere WDL versioning

Le versioni 1.0 e 1.1 delle specifiche WDL non supportano il tipo. Directory Per utilizzare il Directory tipo per input o output, impostate la versione su development nella prima riga del file:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Supporto per la versione CWL

HealthOmics supporta le versioni 1.0, 1.1 e 1.2 del linguaggio CWL.

È possibile specificare la versione della lingua nel file di definizione del flusso di lavoro CWL. Per ulteriori informazioni su CWL, consulta la guida per l'utente di CWL

Supporto per le versioni di Nextflow

HealthOmics supporta cinque versioni stabili di Nextflow. Nextflow in genere rilascia una versione stabile ogni sei mesi. HealthOmics non supporta le versioni mensili «edge».

HealthOmics supporta le funzionalità rilasciate in ogni versione, ma non le funzionalità di anteprima.

Versioni supportate

HealthOmics supporta le seguenti versioni di Nextflow:

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 e DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 (impostazione predefinita)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

  • Nextflow v25.10.0 DSL 2

  • Nextflow v26.04.0 DSL 2

Nota

Nextflow v26.04.0 utilizza il parser di sintassi strict (v2) per impostazione predefinita. Per utilizzare il parser precedente, imposta su all'avvio di una corsa. engineSettings.syntaxVersion v1 Per Nextflow v25.10.0 e versioni precedenti, non HealthOmics supporta la modalità di sintassi rigorosa e l'unico valore consentito è. v1

Separatamente, HealthOmics esegue il linter rigoroso Nextflow integrato durante la creazione del flusso di lavoro. Il linter si applica a tutte le versioni DSL2 (v22.04, v23.10, v24.10, v25.10 e v26.04). I flussi di lavoro DSL1 non sono collegati. I risultati di Lint vengono visualizzati nel campo della risposta. statusMessage GetWorkflow Per ulteriori informazioni, consulta Il flusso di lavoro si interrompe HealthOmics.

Per migrare il flusso di lavoro all'ultima versione supportata (v26.04.0), segui la guida all'aggiornamento di Nextflow. https://nextflow.io/docs/latest/migrations/26-04.html

Ci sono alcune modifiche importanti durante la migrazione a Nextflow v24, v25 o v26. Segui la guida alla migrazione di Nextflow. https://www.nextflow.io/docs/latest/migrations/index.html

Rileva ed elabora le versioni di Nextflow

HealthOmics rileva la versione DSL e la versione Nextflow specificate. Determina automaticamente la migliore versione di Nextflow da eseguire in base a questi input.

Versione DSL

HealthOmics rileva la versione DSL richiesta nel file di definizione del flusso di lavoro. Ad esempio, puoi specificare:. nextflow.enable.dsl=2

HealthOmics supporta DSL 2 per impostazione predefinita. Fornisce la retrocompatibilità con DSL 1, se specificato nel file di definizione del flusso di lavoro.

  • Se si specifica DSL 1, HealthOmics viene eseguito Nextflow v22.04 DSL1 (l'unica versione supportata che esegue DSL 1).

  • Se non specifichi una versione DSL o se HealthOmics non riesci ad analizzare le informazioni DSL per qualsiasi motivo (ad esempio errori di sintassi nel file di definizione del flusso di lavoro), il valore predefinito è DSL 2 ed esegue Nextflow v23.10.0. HealthOmics

  • Per aggiornare il flusso di lavoro da DSL 1 a DSL 2 per sfruttare le versioni e le funzionalità software più recenti di Nextflow, vedi Migrazione da DSL 1. https://nextflow.io/docs/latest/dsl1.html

Versioni Nextflow

HealthOmics rileva la versione Nextflow richiesta nel file di configurazione Nextflow (nextflow.config), se si fornisce questo file. Ti consigliamo di aggiungere la nextflowVersion clausola alla fine del file per evitare sostituzioni impreviste dalle configurazioni incluse. Per ulteriori informazioni, consulta Configurazione di Nextflow. https://nextflow.io/docs/latest/config.html

Puoi specificare una versione di Nextflow o un intervallo di versioni utilizzando la seguente sintassi:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics elabora le informazioni sulla versione di Nextflow come segue:

  • Se si utilizza = per specificare una versione esatta che HealthOmics supporta, HealthOmics utilizza quella versione.

  • Se si utilizza ! per specificare una versione esatta o un intervallo di versioni che non sono supportate, HealthOmics genera un'eccezione e non riesce l'esecuzione. Prendi in considerazione l'utilizzo di questa opzione se vuoi essere rigoroso con le richieste di versione e fallire rapidamente se la richiesta include versioni non supportate.

  • Se specifichi un intervallo di versioni, HealthOmics utilizza la versione con la preferenza più alta in quell'intervallo. L'ordine di preferenza dal più alto al più basso è v23.10.0, v22.04.0, v24.10.8, v25.10.0 e v26.04.0. Ad esempio:

    • Se l'intervallo copre HealthOmics v25.10.0 e v26.04.0, scegli v25.10.0.

    • Se l'intervallo copre la v24.10.8 e la v25.10.0, sceglie v24.10.8. HealthOmics

  • Se non è disponibile alcuna versione richiesta o se le versioni richieste non sono valide o non possono essere analizzate per nessun motivo:

    • Se hai specificato DSL 1, HealthOmics esegue Nextflow v22.04.

    • Altrimenti, esegue Nextflow v23.10.0. HealthOmics

È possibile sovrascrivere la versione Nextflow selezionata automaticamente impostandola nella richiesta. engineSettings.engineVersion StartRun Ciò collega l'esecuzione a una versione specifica di Nextflow indipendentemente dalla versione specificata nel file del flusso di lavoro. nextflow.config Per ulteriori informazioni, consulta Specifica le impostazioni del motore Nextflow.

Puoi recuperare le seguenti informazioni sulla versione di Nextflow utilizzata per ogni esecuzione HealthOmics :

  • I registri di esecuzione contengono informazioni sulla versione effettiva di Nextflow utilizzata per l'esecuzione HealthOmics .

  • HealthOmics aggiunge avvisi nei registri di esecuzione se non esiste una corrispondenza diretta con la versione richiesta o se è necessario utilizzare una versione diversa da quella specificata.

  • La risposta all'operazione GetRun API include un campo (engineVersion) con la versione effettiva di Nextflow HealthOmics utilizzata per l'esecuzione. Ad esempio:

    "engineVersion":"22.04.0"