Riferimento ai file del genoma da una definizione di workflow

È possibile HealthOmics fare riferimento a un oggetto dell'archivio di riferimento con un URI come il seguente. Usa il tuo account ID reference store ID e reference ID dove indicato.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

Alcuni flussi di lavoro richiederanno sia SOURCE i INDEX file che per il genoma di riferimento. L'URI precedente è il formato abbreviato predefinito e per impostazione predefinita sarà il file SOURCE. Per specificare uno dei due file, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

L'utilizzo di un set di lettura della sequenza avrebbe uno schema simile, come mostrato.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

Alcuni set di lettura, come quelli basati su FASTQ, possono contenere letture accoppiate. Negli esempi seguenti, vengono denominati e. SOURCE1 SOURCE2 I formati come BAM e CRAM avranno solo un SOURCE1 file. Alcuni set di lettura conterranno file INDEX come i file bai orcrai. L'URI precedente è il formato abbreviato predefinito e per impostazione predefinita sarà il SOURCE1 file. Per specificare il file o l'indice esatto, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Di seguito è riportato un esempio di file JSON di input che utilizza due Omics Storage. URIs

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

Fai riferimento al file JSON di input in AWS CLI aggiungendolo --inputs file://<input_file.json> alla tua richiesta start-run.