Membuat toko HealthOmics urutan - AWS HealthOmics
Membuat toko urutan menggunakan konsolMembuat toko urutan menggunakan CLIMemperbarui toko urutanMemperbarui tag set baca untuk penyimpanan urutanMengimpor file genom

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Membuat toko HealthOmics urutan

HealthOmics penyimpanan urutan mendukung penyimpanan file genom dalam format tidak selaras FASTQ (hanya gzip) dan. uBAM Ini juga mendukung format selaras BAM danCRAM.

File yang diimpor disimpan sebagai set baca. Anda dapat menambahkan tag ke set baca dan menggunakan kebijakan IAM untuk mengontrol akses ke set baca. Set baca yang selaras memerlukan genom referensi untuk menyelaraskan urutan genom, tetapi ini opsional untuk set baca yang tidak selaras.

Untuk menyimpan set baca, pertama-tama Anda membuat toko urutan. Saat membuat penyimpanan urutan, Anda dapat menentukan bucket Amazon S3 opsional sebagai lokasi fallback dan lokasi penyimpanan log akses S3. Lokasi fallback digunakan untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat set baca selama unggahan langsung. Lokasi fallback tersedia untuk toko urutan yang dibuat setelah 15 Mei 2023. Anda menentukan lokasi fallback saat Anda membuat toko urutan.

Anda dapat menentukan hingga lima tombol tag set baca. Saat Anda membuat atau memperbarui set baca dengan kunci tag yang cocok dengan salah satu kunci ini, tag set baca disebarkan ke objek Amazon S3 yang sesuai. Tag sistem yang dibuat oleh HealthOmics disebarkan secara default.

Membuat toko urutan menggunakan konsol

Untuk membuat toko urutan

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Di panel navigasi kiri, pilih Toko urutan.

  3. Pada halaman Create sequence store, berikan informasi berikut

    • Nama toko urutan - Nama unik untuk toko ini.

    • Deskripsi (opsional) - Deskripsi toko urutan ini.

  4. Untuk lokasi Fallback di S3, tentukan lokasi Amazon S3. HealthOmics menggunakan lokasi fallback untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat set baca selama unggahan langsung. Anda harus memberikan akses tulis HealthOmics layanan ke lokasi fallback Amazon S3. Untuk contoh kebijakan, lihat Konfigurasikan lokasi fallback.

    Lokasi fallback tidak tersedia untuk toko urutan yang dibuat sebelum 16 Mei 2023.

  5. (Opsional) Untuk tombol tag set Baca untuk propagasi S3, Anda dapat memasukkan hingga lima tombol set baca untuk disebarkan dari set baca ke Objek S3 yang mendasarinya. Dengan menyebarkan tag dari set baca ke objek S3, Anda dapat memberikan izin akses S3 berdasarkan pengguna and/or akhir tag untuk melihat tag yang disebarkan melalui operasi Amazon S3 API. getObjectTagging

    1. Masukkan satu nilai kunci di kotak teks. Konsol membuat kotak teks baru untuk menambahkan kunci berikutnya.

    2. (Opsional) Pilih Hapus untuk menghapus semua tombol.

  6. Di bawah Enkripsi Data, pilih apakah Anda ingin enkripsi data dimiliki dan dikelola oleh AWS atau menggunakan CMK yang dikelola pelanggan.

  7. (Opsional) Di bawah Akses data S3, pilih apakah akan membuat peran dan kebijakan baru untuk mengakses penyimpanan urutan melalui Amazon S3.

  8. (Opsional) Untuk pencatatan akses S3, pilih Enabled apakah Anda ingin Amazon S3 mengumpulkan catatan log akses.

    Untuk lokasi logging Access di S3, tentukan lokasi Amazon S3 untuk menyimpan log. Bidang ini hanya terlihat jika Anda mengaktifkan pencatatan akses S3.

  9. Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk toko urutan ini. Tag ini terpisah dari tag set baca yang disetel selama import/tag pembaruan set baca

Setelah Anda membuat toko, itu siap untukMengimpor file genom.

Membuat toko urutan menggunakan CLI

Dalam contoh berikut, ganti sequence store name dengan nama yang Anda pilih untuk toko urutan Anda.

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"

Anda menerima respons berikut di JSON, yang menyertakan nomor ID untuk penyimpanan urutan yang baru dibuat.

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}

Anda juga dapat melihat semua toko urutan yang terkait dengan akun Anda dengan menggunakan list-sequence-storesperintah, seperti yang ditunjukkan pada berikut ini.

aws omics list-sequence-stores

Anda menerima tanggapan berikut.

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}

Anda dapat menggunakan get-sequence-storeuntuk mempelajari lebih lanjut tentang penyimpanan urutan dengan menggunakan ID-nya, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut:

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID

Anda menerima tanggapan berikut:

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}

Setelah pembuatan, beberapa parameter toko juga dapat diperbarui. Ini dapat dilakukan melalui Console atau updateSequenceStore operasi API.

Memperbarui toko urutan

Untuk memperbarui toko urutan, ikuti langkah-langkah ini:

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Di panel navigasi kiri, pilih Toko urutan.

  3. Pilih toko urutan untuk diperbarui.

  4. Di panel Detail, pilih Edit.

  5. Pada halaman Edit detail, Anda dapat memperbarui bidang berikut:

    • Nama toko urutan - Nama unik untuk toko ini.

    • Deskripsi - Deskripsi toko urutan ini.

    • Lokasi mundur di S3, tentukan lokasi Amazon S3. HealthOmics menggunakan lokasi fallback untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat set baca selama unggahan langsung.

    • Baca tombol tag set untuk propagasi S3 Anda dapat memasukkan hingga lima tombol set baca untuk disebarkan ke Amazon S3.

    • (Opsional) Untuk pencatatan akses S3, pilih Enabled apakah Anda ingin Amazon S3 mengumpulkan catatan log akses.

      Untuk lokasi logging Access di S3, tentukan lokasi Amazon S3 untuk menyimpan log. Bidang ini hanya terlihat jika Anda mengaktifkan pencatatan akses S3.

    • Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk toko urutan ini.

Memperbarui tag set baca untuk penyimpanan urutan

Untuk memperbarui tag set baca atau bidang lain untuk penyimpanan urutan, ikuti langkah-langkah berikut:

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Di panel navigasi kiri, pilih Toko urutan.

  3. Pilih toko urutan yang ingin Anda perbarui.

  4. Pilih tab Detail.

  5. Pilih Edit.

  6. Tambahkan tag set baca baru atau hapus tag yang ada, sesuai kebutuhan.

  7. Perbarui nama, deskripsi, lokasi fallback, atau akses data S3, sesuai kebutuhan.

  8. Pilih Simpan perubahan.

Mengimpor file genom

Untuk mengimpor file genom ke penyimpanan urutan, ikuti langkah-langkah ini:

Untuk mengimpor file genomik

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Di panel navigasi kiri, pilih Toko urutan.

  3. Pada halaman Sequence store, pilih toko urutan yang ingin Anda impor file Anda.

  4. Pada halaman penyimpanan urutan individual, pilih Impor file genom.

  5. Pada halaman Tentukan detail impor, berikan informasi berikut

    • Peran IAM - Peran IAM yang dapat mengakses file genom di Amazon S3.

    • Genom referensi - Genom referensi untuk data genomik ini.

  6. Pada halaman Tentukan manifes impor, tentukan informasi berikut File manifes. File manifes adalah file JSON atau YAMG yang menjelaskan informasi penting dari data genomik Anda. Untuk informasi tentang file manifes, lihatMengimpor set baca ke toko HealthOmics urutan.

  7. Klik Buat pekerjaan impor.