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取得執行資訊 - AWS HealthOmics
取得執行狀態和詳細資訊列出所有執行列出執行中的任務取得任務詳細資訊在 CloudWatch 中執行中繼資料

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

取得執行資訊

開始執行後，您可以使用 HealthOmics API 擷取其狀態、組態和任務層級詳細資訊。此頁面說明如何：

取得執行狀態和詳細資訊

使用 GetRun API 操作來檢查狀態並擷取特定執行的詳細資訊。您需要執行 ID，該 ID 會在您啟動執行時傳回。

aws omics get-run --id run_id
尋找執行 ID

您可以透過下列方式找到執行 ID：

  • 從 StartRun API 回應 – 在您啟動執行時傳回 id 欄位。

  • 從 HealthOmics 主控台 – 在執行頁面上，執行 ID 會顯示在執行清單的第一欄。

  • 從 ListRuns API – 列出您帳戶中的所有執行及其 IDs。

回應包含執行狀態、工作流程詳細資訊、加速器資訊和時間戳記。可能的執行狀態為：

狀態 說明
PENDING 執行已提交並正在等待啟動。
STARTING HealthOmics 正在佈建執行的資源。
RUNNING 執行正在主動執行任務。
COMPLETED 執行已成功完成。輸出檔案可在 Amazon S3 輸出位置使用。
FAILED 執行發生錯誤。請參閱 執行失敗原因。
CANCELLED 使用者已取消執行。

當執行為 時COMPLETED，您可以在 Amazon S3 輸出儲存貯體中以執行 ID 命名的資料夾中找到輸出檔案。

回應範例

下列範例顯示使用 GPU 加速器完成執行私有 WDL 工作流程的回應：

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

回應中的金鑰欄位

欄位 說明
uuid 執行的通用唯一識別符。除了 之外outputUri， 也可用於追蹤輸出資料的寫入位置。
status 目前的執行狀態 （請參閱上表）。
workflowType 工作流程是 PRIVATE還是 READY2RUN。
accelerators 使用的加速器類型 （例如 GPU)，如適用。
digest 工作流程定義的 SHA-256 摘要。
creationTime 提交執行時。
startTime 當執行開始執行時。
stopTime 執行完成或已取消時。
engineSettings 套用至執行的引擎設定。只有 Nextflow 工作流程才會傳回此欄位。如果您為 WDL 或 CWL 工作流程指定引擎設定，則會無提示地忽略這些設定，且此欄位不會出現在GetRun回應中。請參閱 指定 Nextflow 引擎設定。

使用引擎設定進行 Nextflow 執行的範例回應

對於以引擎設定啟動的 Nextflow 執行，GetRun回應包含反映套用至執行之值的engineSettings映射。下列範例顯示從固定引擎版本和兩個設定檔開始的執行。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

只有 Nextflow 工作流程才會傳回 engineSettings 欄位。對於 WDL 和 CWL 工作流程，此欄位不存在於回應中。如需詳細資訊，請參閱指定 Nextflow 引擎設定。

列出所有執行

使用 ListRuns API 操作來查看您帳戶中的所有執行：

aws omics list-runs

回應會傳回執行的分頁清單，其中包含執行 ID、名稱、狀態和時間戳記等摘要資訊。使用 --starting-token 參數擷取其他頁面。

列出執行中的任務

使用 ListRunTasks API 操作來查看在特定執行中完成的所有任務：

aws omics list-run-tasks --id run_id

回應會傳回任務清單及其狀態、資源配置和時間資訊。

取得任務詳細資訊

使用 GetRunTask API 操作取得執行中特定任務的詳細資訊：

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

回應包含任務層級詳細資訊，例如 CPU、記憶體配置、容器映像和任務狀態。

在 CloudWatch 中執行中繼資料

執行完成後，HealthOmics 會將執行中繼資料傳送至串流下的 CloudWatch Logs：

manifest/run/run_id/run_uuid

資訊清單包含完整的執行組態、輸入參數、資源摘要和任務層級詳細資訊。以下是資訊清單的範例：

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

如需 CloudWatch for HealthOmics 執行中可用日誌的詳細資訊，請參閱 使用 CloudWatch Logs 監控 HealthOmics。

注意

即使您從 HealthOmics 移除執行，也不會從 CloudWatch Logs 刪除執行中繼資料。 HealthOmics 您可以使用 CloudWatch 存取透過 HealthOmics API 不再提供的執行中繼資料。