使用 CloudWatch Logs 監控 HealthOmics - AWS HealthOmics
HealthOmics 工作流程的日誌類型CloudWatch 中的日誌 Amazon S3 中的日誌CLI 中的互動式 CloudWatch Logs從主控台存取 CloudWatch Logs

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

使用 CloudWatch Logs 監控 HealthOmics

HealthOmics 會產生各種日誌，協助您了解和疑難排解您的執行。日誌提供兩個位置：CloudWatch 和 Amazon S3。

根據預設， 執行已開啟記錄。您可以選擇性地關閉執行的記錄，方法是在startrun請求LogLevel = OFF中設定 。

注意

如需服務更新，請設定和監控您的個人運作狀態儀表板。如需如何管理儀表板的詳細資訊，請參閱 AWS Health Dashboard 入門。

HealthOmics 工作流程的日誌類型

HealthOmics 為工作流程提供下列類型的日誌：

  • 引擎日誌 – 基礎工作流程引擎 (Nextflow、WDL 和 CWL) 會產生執行的引擎日誌。這些日誌可協助您對工作流程定義問題進行疑難排解。

  • 執行資訊清單日誌 – 這些日誌提供有關每個執行任務的高階資訊，例如任務狀態、開始時間、停止時間和失敗原因 （如果任務失敗）。

    執行資訊清單日誌也會報告資源使用率統計資料，有助於了解資源最佳化機會。這些統計資料包括：

    • cpusAverage

    • cpusMaximum

    • cpusReserved

    • gpusReserved

    • memoryAverageGiB

    • memoryMaximumGiB

    • memoryReservedGiB

    • runningSeconds

  • 執行日誌 – 執行日誌提供整體執行狀態，以及個別任務開始、執行、停止和完成的時間。執行日誌也可讓您了解檔案匯入和匯出步驟。

  • 任務日誌 – 任務日誌提供執行中個別任務的詳細記錄資訊。任務日誌中的輸出取決於任務定義，以及您在程式碼中使用日誌陳述式的位置。如果您的任務日誌未提供您所需的洞見層級，請考慮將其他日誌陳述式新增至您的任務定義，以產生更深入的任務日誌。

  • 執行快取日誌 – 執行快取日誌提供執行快取的整體狀態和任務輸出的快取。執行快取日誌可讓您了解使用快取的每個執行的快取命中和未命中。

  • Outputs.json – 對於 WDL 和 CWL 工作流程，HealthOmics 會在執行完成後將名為 的引擎產生檔案交付outputs.json至您的 Amazon S3 儲存貯體。此檔案包含執行的所有輸出的清單和映射。

CloudWatch 中的日誌

您可以在下列日誌群組中找到 HealthOmics CloudWatch 工作流程日誌：/aws/omics/WorkflowLog。此外，get-run API 操作的輸出會提供引擎日誌和執行日誌的 CloudWatch 日誌串流 ARNs。

根據預設， 會無限期 AWS 保留 CloudWatch Logs。您可以調整日誌群組的保留政策，將保留期間設定為 10 年到 1 天。

下表提供 HealthOmics 中的 CloudWatch Logs 摘要。 HealthOmics

日誌名稱 可在 CloudWatch Logs 中使用 何時可使用日誌 日誌串流格式
引擎日誌 是，對於失敗的執行

執行完成後

 run/runID/engine
執行資訊清單日誌 是

執行完成後

 manifest/run/runID/runUUID
執行日誌 是 即時 run/runID
任務日誌 是 即時 run/runID/task/taskID
執行快取日誌 是 即時 runCache/runCacheId/runCacheUUID
Outputs.json (WDL 和 CWL) 否 N/A 無

Amazon S3 中的日誌

執行完成後，引擎日誌會交付到您的 S3 儲存貯體，並無限期提供，直到您將其刪除為止。這些日誌位於您為工作流程指定的 S3 輸出 URI 的日誌目錄中。

日誌目錄的路徑格式如下：s3://{user_provided_path}/logs/。

下表提供 Amazon S3 儲存貯體中可用的 HealthOmics 日誌摘要。

日誌名稱 在 Amazon S3 中提供 何時可使用日誌 日誌串流路徑
引擎日誌 是 執行完成後 s3：//user_provided_path/logs/engine.log
Outputs.json (WDL 和 CWL) 是

執行完成後

 s3：//user_provided_path/runID/runUUID/logs/outputs.json
執行資訊清單日誌、執行日誌和任務日誌 否 N/A 無

CLI 中的互動式 CloudWatch Logs

您可以使用互動式模式下的 Live Tail 命令，以互動方式檢視 CloudWatch Logs。您可以即時追蹤執行進度，並定義最多 5 個關鍵字以在日誌中反白顯示：

aws logs start-live-tail  \
  --mode interactive  \
  --log-group-identifiers arn:aws:logs:region:account-ID:log-group:/aws/omics/WorkflowLog

如需詳細資訊，請參閱《 AWS CLI 命令參考》中的啟動即時結尾。

從主控台存取 CloudWatch Logs

若要存取執行的日誌，您可以從 HealthOmics 主控台的執行詳細資訊頁面直接連結至這些日誌。

  1. 開啟 HealthOmics 主控台。

  2. 在左側導覽窗格中，選擇執行。

  3. 從執行資料表中選取執行。

  4. 在執行詳細資訊頁面中，您可以選擇下列任何動作：

    1. 從執行摘要中，選擇檢視執行日誌。主控台會在 CloudWatch 主控台中開啟執行日誌。

    2. 在執行摘要中，選擇在 Amazon S3 中檢視日誌。主控台會在 Amazon S3 主控台中開啟日誌資料夾。

    3. 在執行任務中，選擇檢視日誌、檢視執行日誌或檢視任務的執行資訊清單日誌。主控台會在 CloudWatch 主控台中開啟日誌。

您也可以從 CloudWatch 主控台導覽至日誌：

  1. 開啟 CloudWatch 主控台 https：//https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/。

  2. 從左側功能表中，選擇日誌群組。

  3. 選擇 /aws/omics/WorkflowLog 群組。

    如果日誌群組清單很長，您可以在搜尋文字方塊中輸入 omics 以縮小清單範圍。

  4. 當日誌群組詳細資訊頁面開啟時，選擇您要檢視的日誌串流。主控台會顯示此日誌串流的事件。